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- PDB-2vgj: Crystal structure of Actinomadura R39 DD-peptidase complexed with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vgj
タイトルCrystal structure of Actinomadura R39 DD-peptidase complexed with a peptidoglycan-mimetic cephalosporin
要素D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
キーワードHYDROLASE / CELL WALL BIOGENESIS/DEGRADATION / ANTIBIOTIC RESISTANCE / PEPTIDOGLYCAN SYNTHESIS / PROTEASE / SECRETED / CELL SHAPE / CARBOXYPEPTIDASE / PENICILLIN-BINDING / ACTINOMADURA / PEPTIDOGLYCAN / TRANSPEPTIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / response to antibiotic / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C, peptidase S13 / Peptidase S13, D-Ala-D-Ala carboxypeptidase C / D-Ala-D-Ala carboxypeptidase 3 (S13) family / D-tyrosyl-trna(Tyr) Deacylase; Chain: A; / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / 3-Layer(bba) Sandwich / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CEPHALOSPORIN / D-alanyl-D-alanine carboxypeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種ACTINOMADURA SP. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Sauvage, E. / kerff, F. / Herman, R. / Charlier, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of Complexes of Bacterial Dd-Peptidases with Peptidoglycan-Mimetic Ligands: The Substrate Specificity Puzzle.
著者: Sauvage, E. / Powell, A.J. / Heilemann, J. / Josephin, H.R. / Charlier, P. / Davies, C. / Pratt, R.F.
履歴
登録2007年11月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,47026
ポリマ－200,3354
非ポリマー3,13522
水9,368520
1
A: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8807
ポリマ－50,0841
非ポリマー7966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8556
ポリマ－50,0841
非ポリマー7725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8556
ポリマ－50,0841
非ポリマー7725
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8807
ポリマ－50,0841
非ポリマー7966
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)105.030, 93.250, 108.160
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
D-ALANYL-D-ALANINE CARBOXYPEPTIDASE / DD-PEPTIDASE / DD-CARBOXYPEPTIDASE


分子量: 50083.812 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ACTINOMADURA SP. (バクテリア) / 株: R39
参照: UniProt: P39045, serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase
#2: 化合物
ChemComp-REC / CEPHALOSPORIN / (2R)-2-[(R)-{[(6R)-6-amino-6-carboxyhexanoyl]amino}(carboxy)methyl]-5-methylidene-5,6-dihydro-2H-1,3-thiazine-4-carboxy lic acid


分子量: 387.408 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H21N3O7S / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 520 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.69 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年12月8日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. obs: 81439 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.59 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1W79

1w79


解像度: 2.4→16.03 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / SU ML: 0.207 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.395 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.248 4073 5 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.199 77111 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→16.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13394 0 182 520 14096
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.02113798
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6251.97818884
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.76551858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.01625.47574
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.682151920
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2141568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.22182
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0210708
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2150.25426
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.29096
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1720.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.294
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1370.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6781.59381
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.183214556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7334947
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.7414.54328
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.355 272
Rwork0.284 5639

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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