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- PDB-2vcy: Crystal Structure of 2-Enoyl Thioester Reductase of Human FAS II -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vcy
タイトルCrystal Structure of 2-Enoyl Thioester Reductase of Human FAS II
要素TRANS-2-ENOYL-COA REDUCTASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADP / POLYMORPHISM / MITOCHONDRION / FATTY ACID BIOSYNTHESIS / ENOYL THIOESTER REDUCTASE / LIPID SYNTHESIS / TRANSIT PEPTIDE
機能・相同性
機能・相同性情報


enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) / Beta oxidation of decanoyl-CoA to octanoyl-CoA-CoA / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / ceramide biosynthetic process / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / intracellular iron ion homeostasis / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily ...: / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Haapalainen, A.M. / Pudas, R. / Smart, O.S. / Wierenga, R.K.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural Enzymological Studies of 2-Enoyl Thioester Reductase of the Human Mitochondrial Fas II Pathway: New Insights Into its Substrate Recognition Properties.
著者: Chen, Z.J. / Pudas, R. / Sharma, S. / Smart, O.S. / Juffer, A.H. / Hiltunen, J.K. / Wierenga, R.K. / Haapalainen, A.M.
履歴
登録2007年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf
Remark 700 SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANS-2-ENOYL-COA REDUCTASE
B: TRANS-2-ENOYL-COA REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,50013
ポリマ－74,4442
非ポリマー1,05711
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2550 Å2
ΔGint-22.6 kcal/mol
Surface area35130 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)104.620, 104.620, 146.560
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.1475, 0.98019, 0.13221), (0.98673, 0.13666, 0.08772), (0.06791, 0.1434, -0.98733)-53.60578, 47.96128, -12.56546
2given(-0.1475, 0.98673, 0.06791), (0.98019, 0.13666, 0.1434), (0.13221, 0.08772, -0.98733)-54.3784, 47.79124, -9.52591

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要素

#1: タンパク質 TRANS-2-ENOYL-COA REDUCTASE / HSNRBF-1 / NRBF-1


分子量: 37221.859 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 31-373 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET23 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q9BV79, trans-2-enoyl-CoA reductase (NADPH)
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS CONSTRUCT DOES NOT CONTAIN MITOCHONDRIAL SIGNAL AND STARTS FROM RESIDUE ALA31.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8.5 / 詳細: 2M AMMONIUM SULFATE, 100 MM TRIS HCL, PH 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: BW7A / 波長: 0.9421
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月2日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: FIXED WITH DOUBLE CRYSTAL SI 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9421 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→33.79 Å / Num. obs: 32130 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 8.2 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.41→2.54 Å / 冗長度: 7.7 % / Rmerge(I) obs: 0.35 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER-TNT2.1.1精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1GUF

1guf


解像度: 2.41→33.79 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: RESIDUES 31-41 ARE NOT PRESENT IN THE STRUCTURE
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2674 1391 5.1 %RANDOM
Rwork0.2071 ---
obs0.2101 27176 84.43 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→33.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5056 0 55 290 5401

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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