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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2v64 | ||||||
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タイトル | Crystallographic structure of the conformational dimer of the Spindle Assembly Checkpoint protein Mad2. | ||||||
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![]() | CELL CYCLE / SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT / MAD2 / NUCLEUS / MITOSIS / APOPTOSIS / CELL DIVISION / PHOSPHORYLATION / CONFORMATIONAL DIMER | ||||||
機能・相同性 | ![]() mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / establishment of centrosome localization / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / nuclear pore nuclear basket / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling ...mitotic spindle assembly checkpoint MAD1-MAD2 complex / Inhibition of the proteolytic activity of APC/C required for the onset of anaphase by mitotic spindle checkpoint components / mitotic checkpoint complex / positive regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / establishment of centrosome localization / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / APC/C:Cdc20 mediated degradation of mitotic proteins / nuclear pore nuclear basket / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic sister chromatid segregation / negative regulation of mitotic cell cycle / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / RHO GTPases Activate Formins / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / negative regulation of protein catabolic process / mitotic spindle / kinetochore / spindle pole / Separation of Sister Chromatids / cell division / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Mapelli, M. / Massimiliano, L. / Santaguida, S. / Musacchio, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The MAD2 Conformational Dimer: Structure and Implications for the Spindle Assembly Checkpoint 著者: Mapelli, M. / Massimiliano, L. / Santaguida, S. / Musacchio, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 246.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 198.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1go4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24506.896 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1451.604 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: SEQUENCE SWYSYPPPQRAV / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物) #3: タンパク質 | 分子量: 23764.076 Da / 分子数: 3 / 断片: RESIDUES 2-108,118-205 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #4: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | N-TERMINAL HISTIDINE TAG IN CHAINS A, C, F. N-TERMINAL HISTIDINE TAG AND SUBSTITUTION OF RESIDUES ...N-TERMINAL HISTIDINE TAG IN CHAINS A, C, F. N-TERMINAL HISTIDINE TAG AND SUBSTITUTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 4.6 / 詳細: 0.1M NAACETATE PH 4.6, 3.5M NAFORMATE |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 287 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9333 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 37591 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.01 / Net I/σ(I): 16.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1GO4 解像度: 2.9→29.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2539666.54 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 33.5759 Å2 / ksol: 0.385076 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 39.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.021 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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