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万見
- PDB-2v5o: STRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-14 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v5o
タイトルSTRUCTURE OF HUMAN IGF2R DOMAINS 11-14
要素CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR
キーワードRECEPTOR / CATION INDEPENDENT MANNOSE 6-PHOSPHATE / MEMBRANE / LYSOSOME / TRANSPORT / BETA BARREL / PHOSPHORYLATION / FIBRONECTIN TYPE II / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR / GLYCOPROTEIN / TRANSMEMBRANE
機能・相同性
機能・相同性情報


clathrin coat / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / retromer complex binding / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / host-mediated activation of viral process / retinoic acid binding ...clathrin coat / Retrograde transport at the Trans-Golgi-Network / response to tetrachloromethane / insulin-like growth factor receptor activity / retromer complex binding / insulin-like growth factor binding / insulin-like growth factor II binding / trans-Golgi network transport vesicle / host-mediated activation of viral process / retinoic acid binding / lysosomal transport / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / nuclear envelope lumen / D-mannose binding / endocytic vesicle / G-protein alpha-subunit binding / animal organ regeneration / response to retinoic acid / transport vesicle / receptor-mediated endocytosis / secretory granule membrane / trans-Golgi network membrane / post-embryonic development / phosphoprotein binding / trans-Golgi network / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / liver development / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / late endosome / signaling receptor activity / spermatogenesis / early endosome / endosome membrane / endosome / positive regulation of apoptotic process / G protein-coupled receptor signaling pathway / Golgi membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / signal transduction / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Fibronectin, type II, collagen-binding / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) ...Fibronectin, type II, collagen-binding / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-independent mannose-6-phosphate receptor repeat / Cation-dependent Mannose-6-phosphate Receptor; Chain A / Mannose-6-phosphate receptor binding domain / Mannose-6-phosphate receptor binding domain superfamily / MRH domain / MRH domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Fibronectin type II domain / Fibronectin type II domain superfamily / Fibronectin type II domain / Fibronectin type-II collagen-binding domain signature. / Fibronectin type-II collagen-binding domain profile. / Fibronectin type 2 domain / Kringle-like fold / Distorted Sandwich / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cation-independent mannose-6-phosphate receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Brown, J. / Delaine, C. / Zaccheo, O.J. / Siebold, C. / Gilbert, R.J. / van Boxel, G. / Denley, A. / Wallace, J.C. / Hassan, A.B. / Forbes, B.E. / Jones, E.Y.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2008
タイトル: Structure and Functional Analysis of the Igf-II/Igf2R Interaction
著者: Brown, J. / Delaine, C. / Zaccheo, O.J. / Siebold, C. / Gilbert, R.J. / Van Boxel, G. / Denley, A. / Wallace, J.C. / Hassan, A.B. / Forbes, B.E. / Jones, E.Y.
履歴
登録2007年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年2月28日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name ..._entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain / _entity_src_gen.pdbx_host_org_variant
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Other / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0696
ポリマ－69,3341
非ポリマー7355
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)138.554, 69.247, 98.012
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.25, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CATION-INDEPENDENT MANNOSE-6-PHOSPHATE RECEPTOR / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II RECEPTOR / CI MAN-6-P RECEPTOR / CI-MPR / M6PR / INSULIN-LIKE GROWTH ...INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR II RECEPTOR / CI MAN-6-P RECEPTOR / CI-MPR / M6PR / INSULIN-LIKE GROWTH FACTOR 2 RECEPTOR / IGF-II RECEPTOR / M6P/IGF2 RECEPTOR / M6P/IGF2R / 300 KDA MANNOSE 6-PHOSPHATE RECEPTOR / MPR 300 / MPR300 / CD222 ANTIGEN


分子量: 69334.406 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAINS 11-14, RESIDUES 1508-2128 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 器官: PLACENTA / プラスミド: PEE14 / 細胞株 (発現宿主): CHO
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
Variant (発現宿主): LECR 3.2.8.1 / 参照: UniProt: P11717
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONFLICT INDICATED IN THE SEQADV RECORDS BELOW HAS BEEN DESCRIBED IN UNIPROT ENTRY P11717 UNDER ...THE CONFLICT INDICATED IN THE SEQADV RECORDS BELOW HAS BEEN DESCRIBED IN UNIPROT ENTRY P11717 UNDER REFERENCE WITH PUBMEDID: 2957598.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 63 %
結晶化pH: 6.4 / 詳細: 0.1 M MES PH6.4, 2.5% (W/V) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月15日 / 詳細: TOROIDAL MIRROR
放射モノクロメーター: DIAMOND (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 19919 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 92.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2V5N

2v5n


解像度: 2.91→28.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.892 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 56.509 / SU ML: 0.465 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.749 / ESU R Free: 0.449 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.304 1024 5.1 %RANDOM
Rwork0.257 ---
obs0.259 18893 99.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 65.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20 Å25.39 Å2
2---3.31 Å20 Å2
3---4.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.91→28.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4642 0 44 0 4686
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0224814
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1641.9726549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7825601
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.39523.418196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.57915775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.9741530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.2727
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023652
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21983
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23207
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1550.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1050.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.98 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.437 85 -
Rwork0.349 1342 -
obs--97.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.44271.8469-1.65457.1821-1.55385.6249-0.84291.334-0.3973-0.98180.47030.60561.0598-1.36120.37260.322-0.43680.0730.3733-0.2726-0.107141.156-9.214418.2047
210.20082.67962.68624.58640.56225.9668-0.00471.64850.2684-0.87250.13730.33430.0219-0.4619-0.13260.03120.06660.10380.23020.061-0.4456.380612.2869.704
39.38253.7949-0.78675.05520.64820.9335-0.09770.52860.03470.10440.0487-0.13920.00780.04930.049-0.32860.0246-0.0225-0.42540.0563-0.513966.078718.429136.4062
49.70190.2122-0.00977.3276-0.60467.4265-0.02520.57060.225-0.62280.08650.9809-0.01240.1558-0.0613-0.3137-0.0268-0.2001-0.50770.04850.074186.74856.517139.4484
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1516 - 1650
2X-RAY DIFFRACTION2A1651 - 1797
3X-RAY DIFFRACTION3A1798 - 1988
4X-RAY DIFFRACTION4A1989 - 2128

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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