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- PDB-2v2k: THE CRYSTAL STRUCTURE OF FDXA, A 7FE FERREDOXIN FROM MYCOBACTERIU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v2k
タイトルTHE CRYSTAL STRUCTURE OF FDXA, A 7FE FERREDOXIN FROM MYCOBACTERIUM SMEGMATIS
要素FERREDOXIN
キーワードELECTRON TRANSPORT / IRON / TRANSPORT / IRON-SULFUR / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / FE-S CLUSTER / METAL-BINDING / 7FE FERREDOXIN / ELECTRON TRANSFER / MYCOBACTERIUM SMEGMATIS / 4FE-4S CLUSTER INSTABILITY
機能・相同性
機能・相同性情報


3 iron, 4 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / electron transfer activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / 7Fe ferredoxin / : / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits ...: / 7Fe ferredoxin / : / 4Fe-4S binding domain / Alpha-Beta Plaits - #20 / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / FE3-S4 CLUSTER / Ferredoxin
類似検索 - 構成要素
生物種MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Ricagno, S. / de Rosa, M. / Aliverti, A. / Zanetti, G. / Bolognesi, M.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2007
タイトル: The Crystal Structure of Fdxa, a 7Fe Ferredoxin from Mycobacterium Smegmatis.
著者: Ricagno, S. / De Rosa, M. / Aliverti, A. / Zanetti, G. / Bolognesi, M.
履歴
登録2007年6月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年7月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FERREDOXIN
B: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,1077
ポリマ－22,8652
非ポリマー1,2425
水2,126118
1
A: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0243
ポリマ－11,4331
非ポリマー5922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: FERREDOXIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0834
ポリマ－11,4331
非ポリマー6513
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)54.581, 54.526, 135.382
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-2005-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 FERREDOXIN / 7-IRON FERREDOXIN


分子量: 11432.598 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 1-105 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) MYCOBACTERIUM SMEGMATIS (バクテリア) / 株: MC2 / 参照: UniProt: P00215
#2: 化合物
ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER


分子量: 295.795 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe3S4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細FERREDOXINS ARE IRON-SULFUR PROTEINS THAT TRANSFER ELECTRONS IN A WIDE VARIETY OF METABOLIC REACTIONS.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化pH: 5.5 / 詳細: AMMONIUM SULPHATE, MPD, SODIUM ACETATE, pH 5.50

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.931
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月26日
放射モノクロメーター: DIAMONDS CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 26692 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
MOSFLMデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H98

1h98


解像度: 1.6→67.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.047 / SU ML: 0.067 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.087 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. THIS ENTRY CONTAINS SOME ATOMS REFINED WITH ZERO OCCUPANCY FOR WHICH B-FACTORS HAVE BEEN REFINED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.202 1344 5 %RANDOM
Rwork0.165 ---
obs0.167 25306 98.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 18.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å20 Å2
2--2.49 Å20 Å2
3----1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→67.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1569 0 32 118 1719
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0221676
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0180.021062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5282.0052293
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.22332633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0645212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.87626.88377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.51215239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.664152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.7070.2250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021867
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02277
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2980.2393
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1840.21086
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1670.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.2650
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.276
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1240.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1920.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1740.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.131.51356
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.12821716
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.2233718
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1644.5552
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.289 105
Rwork0.261 1839
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.93540.9577-0.70510.8802-0.50774.5215-0.0195-0.1101-0.02550.0621-0.0552-0.06480.01880.02490.0746-0.06030.0043-0.0058-0.05210.0153-0.072720.056211.908722.1878
24.23140.7602-1.07071.1494-0.7233.7401-0.193-0.1445-0.4257-0.05250.0423-0.10320.4335-0.26170.1507-0.0103-0.04410.0265-0.06480.016-0.051315.55085.044821.6034
32.294-0.50511.06582.1459-2.07077.40290.1685-0.3750.0707-0.029-0.1229-0.08750.2385-0.4538-0.0456-0.0707-0.0310.02880.10450.0279-0.088810.82648.695932.5961
40.089-0.605-0.32684.14682.19261.2225-0.15020.07150.13540.0271-0.1534-0.18240.1432-0.22360.30360.0116-0.0089-0.00280.02490.01540.032321.48311.597514.631
516.5168-5.2046-9.8012.03424.837913.5818-0.1277-0.33310.1226-0.06230.0754-0.0102-0.12330.22330.05220.0192-0.0141-0.01490.03150.0054-0.001222.264714.301526.3929
61.9592-0.1871-0.37331.019-0.44772.4068-0.02330.0315-0.0755-0.04810.00970.00160.0789-0.07790.0136-0.0446-0.00380.0019-0.0701-0.0091-0.036219.565813.6859-7.5864
73.05210.3036-1.23270.931-0.3852.1650.08020.03270.25080.06590.0250.0035-0.2328-0.1169-0.1052-0.03460.02430.0102-0.0670.0068-0.026518.824622.4069-6.9487
80.66461.281-0.86362.5734-2.33545.4371-0.00210.1759-0.0292-0.12090.04330.1093-0.1045-0.224-0.0412-0.06710.0215-0.02020.04930.0246-0.036211.072519.9256-15.8261
98.6508-3.43840.2437.87260.58060.0773-0.10170.1135-0.12830.1129-0.0906-0.0185-0.07350.04290.19240.0174-0.00490.0130.00080.01650.034421.401313.2401-0.1249
1028.9756-7.798619.62072.356-3.823621.54590.10740.2632-0.39620.2189-0.0099-0.05770.0211-0.0345-0.09740.0094-0.00850.0065-0.0614-0.02310.023420.329510.7948-11.8632
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 55
2X-RAY DIFFRACTION2A56 - 86
3X-RAY DIFFRACTION3A87 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4A107
5X-RAY DIFFRACTION5A108
6X-RAY DIFFRACTION6B1 - 55
7X-RAY DIFFRACTION7B56 - 85
8X-RAY DIFFRACTION8B86 - 103
9X-RAY DIFFRACTION9B107
10X-RAY DIFFRACTION10B108

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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