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万見
- PDB-2v2g: Crystal Structure of the C45S mutant of the Peroxiredoxin 6 of Ar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2v2g
タイトルCrystal Structure of the C45S mutant of the Peroxiredoxin 6 of Arenicola Marina. Monoclinic form
要素PEROXIREDOXIN 6
キーワードOXIDOREDUCTASE / PEROXIREDOXINS / ANTIOXIDANT ENZYMES / ARENICOLA MARINA
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity / cell redox homeostasis / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain ...Antioxidant, Horf6; Chain A, domain 2 / Antioxidant, Horf6; Chain A, domain2 / 1-Cys peroxiredoxin / Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZOIC ACID / Peroxiredoxin 6
類似検索 - 構成要素
生物種ARENICOLA MARINA (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Smeets, A. / Declercq, J.P.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: The Crystal Structure of the C45S Mutant of Annelid Arenicola Marina Peroxiredoxin 6 Supports its Assignment to the Mechanistically Typical 2- Cys Subfamily without Any Formation of Toroid- Shaped Decamers.
著者: Smeets, A. / Loumaye, E. / Clippe, A. / Rees, J.F. / Knoops, B. / Declercq, J.P.
履歴
登録2007年6月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 650 HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR PROVIDED.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PEROXIREDOXIN 6
B: PEROXIREDOXIN 6
C: PEROXIREDOXIN 6
D: PEROXIREDOXIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,08012
ポリマ－103,2234
非ポリマー8578
水18,9341051
1
A: PEROXIREDOXIN 6
B: PEROXIREDOXIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0406
ポリマ－51,6112
非ポリマー4284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6070 Å2
ΔGint-45.4 kcal/mol
Surface area21510 Å2
手法PQS
2
C: PEROXIREDOXIN 6
D: PEROXIREDOXIN 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,0406
ポリマ－51,6112
非ポリマー4284
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area21400 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)127.246, 83.226, 98.349
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-2063-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.39612, 0.91688, 0.0493), (0.91678, 0.39195, 0.07673), (0.05103, 0.07559, -0.99583)-47.33209, 33.80177, -48.71864
2given(-0.99953, -0.0016, -0.03068), (0.00189, -0.99995, -0.00951), (-0.03067, -0.00957, 0.99948)-31.01743, 44.80171, -0.16619
3given(0.39516, -0.91841, -0.01904), (-0.91714, -0.39327, -0.06479), (0.05202, 0.04306, -0.99772)17.70544, 11.52191, -47.76283

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要素

#1: タンパク質
PEROXIREDOXIN 6 / PEROXIREDOXIN 6 OF ARENICOLA MARINA


分子量: 25805.670 Da / 分子数: 4 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ARENICOLA MARINA (無脊椎動物) / プラスミド: PQE-60 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q1AN22, peroxiredoxin
#2: 化合物
ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1051 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 45 TO SER ...ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN A, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN B, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN C, CYS 45 TO SER ENGINEERED RESIDUE IN CHAIN D, CYS 45 TO SER

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化pH: 5.5
詳細: RESERVOIR : BIS-TRIS 0.1M PH 5.5, PEG3350 25%(W/V), DTT 0.001M, AMMONIUM SULFATE 0.1M DROP 1UL PROTEIN AND 1 UL RESERVOIR

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979792
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日 / 詳細: TWO MIRRORS ARE USED FOR VERTICAL FOCUSSING
放射モノクロメーター: FIRST CRYSTAL FLAT AND N2 COOLED. SECOND ONE SAGITALLY BENT
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→14 Å / Num. obs: 131708 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: SUPERPOSITION OF PDB ENTRIES 1HD2 1NM3 1PRX 1QMV 1QQ2 1QXH 1TP9 1WE0 1X0R 1XCC 1ZYE 2CV4 2FEG

1hd2

1nm3

1prx

1qmv

1qq2

1qxh

1tp9

1we0

1x0r

1xcc

1zye

2cv4

2feg
PDB 未公開エントリ


解像度: 1.6→13.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 3.388 / SU ML: 0.058 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.076 / ESU R Free: 0.081 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 6651 5.1 %RANDOM
Rwork0.16 ---
obs0.162 125024 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→13.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6791 0 60 1051 7902
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0227010
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024895
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7731.9889496
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.021311989
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3275875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.09424.139273
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.508151220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.791540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.027650
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021318
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2160.21421
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.25182
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1770.23433
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.23466
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1460.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.7570.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2370.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1670.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3561.55618
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.56127118
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.82933056
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7854.52377
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.324 477
Rwork0.258 9026
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9548-0.40460.61881.55650.34891.4015-0.0556-0.14240.10950.2577-0.04450.2831-0.103-0.07880.1-0.1079-0.0060.0458-0.1577-0.0207-0.1539-15.67846.622-12.339
23.0105-1.5029-1.81963.74661.06311.7775-0.0473-0.1958-0.34890.283-0.0209-0.13640.24030.21090.0681-0.1133-0.0188-0.0119-0.12990.0321-0.12052.42421.436-17.971
31.8803-0.727-0.16481.6334-0.31641.46540.01890.1861-0.0683-0.1264-0.0648-0.06140.02310.0450.0458-0.1748-0.0187-0.0025-0.1376-0.006-0.21471.03336.764-33.701
44.4292-0.7894-1.49243.20671.54652.52390.06050.31160.1301-0.1947-0.11070.7324-0.2241-0.36320.0501-0.15220.0108-0.0397-0.0952-0.00740.0296-29.51743.202-28.741
52.2743-0.416-0.20391.44770.00211.25350.0024-0.2215-0.16420.2486-0.0656-0.02860.18330.01870.0631-0.0865-0.0319-0.0042-0.13470.0134-0.1771-15.043-1.725-12.462
63.5937-1.72482.1583.1134-1.1882.0608-0.0915-0.22860.38430.2577-0.0180.2503-0.2508-0.20030.1094-0.134-0.0270.017-0.1198-0.085-0.03-32.9423.56-18.432
71.8864-0.49820.39061.2960.28551.4910.04870.16950.0772-0.1325-0.090.10760.0502-0.03210.0413-0.1574-0.0243-0.0186-0.1251-0.033-0.1599-31.0688.365-34.266
84.8253-0.98071.40243.0502-1.39871.9481-0.00080.3519-0.0753-0.1938-0.0707-0.53090.20820.29730.0715-0.12070.01540.0417-0.1026-0.0165-0.0819-0.771.973-28.727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 154
2X-RAY DIFFRACTION2A155 - 220
3X-RAY DIFFRACTION3B2 - 154
4X-RAY DIFFRACTION4B155 - 219
5X-RAY DIFFRACTION5C2 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6C155 - 220
7X-RAY DIFFRACTION7D2 - 154
8X-RAY DIFFRACTION8D155 - 220

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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