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- PDB-2uzk: Crystal structure of the human FOXO3a-DBD bound to DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uzk
タイトルCrystal structure of the human FOXO3a-DBD bound to DNA
要素
  • 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
  • 5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
  • FORKHEAD BOX PROTEIN O3A
キーワードTRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION REGULATION / CHROMOSOMAL REARRANGEMENT / ACTIVATOR / APOPTOSIS / DNA-BINDING / WINGED HELIX / PROTO-ONCOGENE / FORKHEAD TRANSCRIPTION FACTORS / NUCLEAR PROTEIN / PHOSPHORYLATION / DNA-BINDING DOMAIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / mitochondrial transcription factor activity / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / RNA polymerase II transcription repressor complex / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cellular response to corticosterone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress ...positive regulation of muscle atrophy / initiation of primordial ovarian follicle growth / positive regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / mitochondrial transcription factor activity / RUNX3 regulates BCL2L11 (BIM) transcription / RNA polymerase II transcription repressor complex / FOXO-mediated transcription of cell cycle genes / cellular response to corticosterone stimulus / AKT phosphorylates targets in the nucleus / response to water-immersion restraint stress / ovulation from ovarian follicle / neuronal stem cell population maintenance / regulation of neural precursor cell proliferation / mitochondrial transcription / response to fatty acid / Signaling by NODAL / brain morphogenesis / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / oocyte maturation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / antral ovarian follicle growth / Deregulated CDK5 triggers multiple neurodegenerative pathways in Alzheimer's disease models / positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / response to starvation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / response to dexamethasone / Regulation of localization of FOXO transcription factors / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / negative regulation of neuron differentiation / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / Mitochondrial unfolded protein response (UPRmt) / canonical Wnt signaling pathway / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / cellular response to glucose starvation / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of autophagy / FLT3 Signaling / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / positive regulation of erythrocyte differentiation / negative regulation of cell migration / transcription coregulator binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / cellular response to glucose stimulus / MAPK6/MAPK4 signaling / beta-catenin binding / chromatin DNA binding / positive regulation of miRNA transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to amyloid-beta / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of neuron apoptotic process / regulation of translation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / cellular response to hypoxia / sequence-specific DNA binding / mitochondrial outer membrane / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / response to xenobiotic stimulus / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. ...FOXO protein, KIX-binding domain / KIX-binding domain of forkhead box O, CR2 / FOXO protein, transactivation domain / Transactivation domain of FOXO protein family / Fork head domain / Forkhead domain / Fork head domain profile. / FORKHEAD / Fork head domain conserved site 2 / Fork head domain signature 2. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Forkhead box protein O3
類似検索 - 構成要素
生物種HOMO SAPIENS (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Tsai, K.-L. / Sun, Y.-J. / Huang, C.-Y. / Yang, J.-Y. / Hung, M.-C. / Hsiao, C.-D.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Crystal Structure of the Human Foxo3A-Dbd/DNA Complex Suggests the Effects of Post-Translational Modification.
著者: Tsai, K.-L. / Sun, Y.-J. / Huang, C.-Y. / Yang, J.-Y. / Hung, M.-C. / Hsiao, C.-D.
履歴
登録2007年4月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年5月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary / Version format compliance
改定 1.22023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FORKHEAD BOX PROTEIN O3A
B: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
C: FORKHEAD BOX PROTEIN O3A
D: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*G)-3'
F: 5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9196
ポリマ－37,9196
非ポリマー00
水3,765209
1
A: FORKHEAD BOX PROTEIN O3A
B: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
E: 5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9603
ポリマ－18,9603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-23.2 kcal/mol
Surface area10450 Å2
手法PISA
2
C: FORKHEAD BOX PROTEIN O3A
D: 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*C)-3'
F: 5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*G)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9603
ポリマ－18,9603
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2580 Å2
ΔGint-17.4 kcal/mol
Surface area10210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.964, 41.964, 354.817
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 FORKHEAD BOX PROTEIN O3A / FORKHEAD IN RHABDOMYOSARCOMA-LIKE 1 / AF6Q21 PROTEIN


分子量: 11019.484 Da / 分子数: 2 / 断片: DNA-BINDING DOMAIN, RESIDUES 158-253 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: O43524
#2: DNA鎖 5'-D(*CP*TP*AP*TP*GP*TP*AP*AP*AP*CP*AP*AP*C)-3' / FOXO CONSENSUS BINDING SEQUENCE


分子量: 3943.613 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#3: DNA鎖 5'-D(*GP*TP*TP*GP*TP*TP*TP*AP*CP*AP*TP*AP*G)-3' / FOXO CONSENSUS BINDING SEQUENCE


分子量: 3996.619 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) HOMO SAPIENS (ヒト)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 209 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.5 % / 解説: NONE

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 詳細: MIRROR
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. obs: 9491 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 23 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 40.2
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2C6Y

2c6y


解像度: 2.7→24.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Data cutoff high absF: 25787.54 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: RESIDUES 157 AND 1157 ARE MET AND ALA, RESPECTIVELY. THESE TWO RESIDUES ARE GENERATED FORM VECTOR, NOT THE WILD TYPE FOXO3A AMINO ACIDS. THE SIDE CHAINS OF THESE RESIDUES 1242, 1243, 1245, ...詳細: RESIDUES 157 AND 1157 ARE MET AND ALA, RESPECTIVELY. THESE TWO RESIDUES ARE GENERATED FORM VECTOR, NOT THE WILD TYPE FOXO3A AMINO ACIDS. THE SIDE CHAINS OF THESE RESIDUES 1242, 1243, 1245, 1246, AND 1247 IN CHAIN D ARE DISAPPEARED. GLY RESIDUES ARE SUBSTITUTED FOR THESE RESIDUES IN THIS MODEL. RESIDUES 1248-1253 IN CHAIN D ARE DISORDERED, AND NOT DETERMINED IN THE MODEL.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.266 488 5.3 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 9125 94.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 247.326 Å2 / ksol: 0.283777 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 18.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.57 Å22.68 Å20 Å2
2--1.57 Å20 Å2
3----3.13 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.2 Å0.42 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→24.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1478 1054 0 209 2741
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg2.6
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d32.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d2.45
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.412
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.942.5
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.034 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 69 5.1 %
Rwork0.324 1273 -
obs--84.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAMDNA-RNA_REP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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