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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2uxl | ||||||
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タイトル | X-ray high resolution structure of the photosynthetic reaction center from Rb. sphaeroides at pH 10 in the neutral state, 2nd dataset | ||||||
![]() | (REACTION CENTER PROTEIN ...) x 3 | ||||||
![]() | PHOTOSYNTHESIS / CHLOROPHYLL / CARDIOLIPIN / METAL-BINDING / TRANSMEMBRANE / REACTION CENTER / ELECTRON TRANSPORT / IRON / MEMBRANE / MAGNESIUM / TRANSPORT / CHROMOPHORE / BINDING POSITIONS OF THE SECONDARY QUINONE QB / BACTERIOCHLOROPHYLL / PROTON TRANSLOCATION PATHWAYS | ||||||
機能・相同性 | ![]() plasma membrane-derived chromatophore membrane / plasma membrane light-harvesting complex / bacteriochlorophyll binding / photosynthesis, light reaction / electron transporter, transferring electrons within the cyclic electron transport pathway of photosynthesis activity / photosynthetic electron transport in photosystem II / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Koepke, J. / Diehm, R. / Fritzsch, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ph Modulates the Quinone Position in the Photosynthetic Reaction Center from Rhodobacter Sphaeroides in the Neutral and Charge Separated States. 著者: Koepke, J. / Krammer, E.M. / Klingen, A.R. / Sebban, P. / Ullmann, G.M. / Fritzsch, G. | ||||||
履歴 |
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Remark 700 | SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN ... SHEET THE SHEET STRUCTURE OF THIS MOLECULE IS BIFURCATED. IN ORDER TO REPRESENT THIS FEATURE IN THE SHEET RECORDS BELOW, TWO SHEETS ARE DEFINED. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 202.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 158 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2j8cC ![]() 2j8dC ![]() 2uwsC ![]() 2uwtC ![]() 2uwuC ![]() 2uwvC ![]() 2uwwC ![]() 2ux3C ![]() 2ux4C ![]() 2ux5C ![]() 2uxjC ![]() 2uxkC ![]() 2uxmC ![]() 1pcrS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-REACTION CENTER PROTEIN ... , 3種, 3分子 HLM
#1: タンパク質 | 分子量: 28066.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 10 NEUTRAL STATE / 由来: (天然) ![]() |
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#2: タンパク質 | 分子量: 31346.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 10 NEUTRAL STATE / 由来: (天然) ![]() |
#3: タンパク質 | 分子量: 34398.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PH 10 NEUTRAL STATE / 由来: (天然) ![]() |
-非ポリマー , 10種, 220分子 ![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/UQ2.gif)
![](data/chem/img/HTO.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BCL.gif)
![](data/chem/img/BPH.gif)
![](data/chem/img/UQ2.gif)
![](data/chem/img/HTO.gif)
![](data/chem/img/LDA.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/U10.gif)
![](data/chem/img/SPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / #5: 化合物 | ChemComp-BCL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-UQ2 / | #8: 化合物 | ChemComp-HTO / | #9: 化合物 | #10: 化合物 | ChemComp-FE / | #11: 化合物 | ChemComp-U10 / | #12: 化合物 | ChemComp-SPO / | #13: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.24 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 10 / 詳細: pH 10 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月13日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.96862 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 38279 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 70.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 17.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.88 Å / Rmerge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 71.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1PCR 解像度: 2.88→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / SU B: 10.124 / SU ML: 0.194 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.56 / ESU R Free: 0.309 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 5 RESIDUES OF THE M SUBUNIT C-TERM ARE MISSING, 10 RESIDUES EACH OF THE H SUBUNIT C- AND N-TERM ARE MISSING
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 51.07 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.88→119.52 Å
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拘束条件 |
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