[日本語] English
万見
- PDB-2uvo: High Resolution Crystal Structure of Wheat Germ Agglutinin in Com... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2uvo
タイトルHigh Resolution Crystal Structure of Wheat Germ Agglutinin in Complex with N-Acetyl-D-Glucosamine
要素AGGLUTININ ISOLECTIN 1
キーワードCARBOHYDRATE-BINDING PROTEIN / HEVEIN DOMAIN / CHITIN-BINDING / WHEAT GERM AGGLUTININ / CHITIN-BINDING PROTEIN / N-ACETYL-D- GLUCOSAMINE / WGA / GLCNAC / CHITIN / LECTIN / ANTIFUNGAL / PROTEIN-CARBOHYDRATE INTERACTION
機能・相同性
機能・相同性情報


chitin binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Endochitinase-like / Chitin-binding, type 1, conserved site / Chitin recognition protein / Chitin recognition or binding domain signature. / Chitin-binding type-1 domain profile. / Chitin binding domain / Chitin-binding, type 1 / Endochitinase-like superfamily / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / Agglutinin isolectin 1
類似検索 - 構成要素
生物種TRITICUM AESTIVUM (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Schwefel, D. / Wittmann, V. / Diederichs, K. / Welte, W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2010
タイトル: Structural Basis of Multivalent Binding to Wheat Germ Agglutinin.
著者: Schwefel, D. / Maierhofer, C. / Beck, J.G. / Seeberger, S. / Diederichs, K. / Moller, H.M. / Welte, W. / Wittmann, V.
履歴
登録2007年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年3月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Other / Polymer sequence
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity_poly / pdbx_database_status / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can ..._chem_comp.type / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_validate_symm_contact / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_validate_symm_contact.auth_atom_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 3.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
B: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
E: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
F: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,84626
ポリマ－68,4964
非ポリマー4,35022
水11,223623
1
A: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
B: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,64414
ポリマ－34,2482
非ポリマー2,39612
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area17940 Å2
手法PQS
2
E: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
F: AGGLUTININ ISOLECTIN 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,20212
ポリマ－34,2482
非ポリマー1,95410
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5850 Å2
ΔGint-41.1 kcal/mol
Surface area18040 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)44.390, 91.510, 94.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 82.00, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
AGGLUTININ ISOLECTIN 1 / WGA1 / ISOLECTIN A / WHEAT GERM AGGLUTININ


分子量: 17124.080 Da / 分子数: 4 / 断片: RESIDUES 27-197 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) TRITICUM AESTIVUM (コムギ) / 参照: UniProt: P10968
#2: 糖
ChemComp-NDG / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-acetyl-alpha-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / 2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE / N-アセチル-α-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 623 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 % / 解説: NONE
結晶化詳細: CRYSTALLIZATION BUFFER: 20 MM SODIUM ACETATE, 6 MM CACL2, 4 % ETHANOL RESERVOIR: 0.04 M POTASSIUM DIHYDROGEN PHOSPHATE, 16 % PEG 8000, 20 % GLYCEROL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→37.48 Å / Num. obs: 137253 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.87
反射 シェル解像度: 1.4→1.42 Å / 冗長度: 3.77 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.27 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0022精密化
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1WGT

1wgt


解像度: 1.4→93.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 2.223 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.062 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOLLOWING RESIDUES WERE MODELED IN ATERNATIVE CONFORMATIONS LYS A 33, LYS A 134, SER A 152, MET B 26, MET E 10, LEU E 16, LYS E 33, ALA E ...詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. FOLLOWING RESIDUES WERE MODELED IN ATERNATIVE CONFORMATIONS LYS A 33, LYS A 134, SER A 152, MET B 26, MET E 10, LEU E 16, LYS E 33, ALA E 53, MET F 10, MET F 26, SER F 91, ARG F 139. FOLLOWING RESIDUES WERE MODELED WITH OCCUPANCY LOWER THAN 1 BECAUSE OF RADIATION DAMAGE OR MISSING DENSITY DUE TO FLEXIBILITY GLU A 5, GLU B 5, GLU E 5, GLY E 171, GLU F 5, ASP F 135, GLY F 171.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.204 6879 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.182 130373 93.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20 Å20.12 Å2
2--0.41 Å20 Å2
3----0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→93.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4663 0 294 623 5580
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215190
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.17527012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4085707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.0625.337193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00115704
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.7831517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2672
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023977
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.270.22496
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2990.23612
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.10.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.299
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9261.53397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.26125121
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.34432051
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6544.51878
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 511
Rwork0.278 9907

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る