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- PDB-4ruw: The crystal structure of endonuclease/exonuclease/phosphatase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ruw
タイトルThe crystal structure of endonuclease/exonuclease/phosphatase from Beutenbergia cavernae DSM 12333
要素Endonuclease/exonuclease/phosphatase
キーワードHYDROLASE / METALLOENZYME / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / alpha/beta/alpha fold / ion / cytosolic
機能・相同性
機能・相同性情報


GPI anchor biosynthetic process / exonuclease activity / endonuclease activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Endonuclease/exonuclease/phosphatase family, ig-like domain / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endonuclease/exonuclease/phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Beutenbergia cavernae DSM 12333 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.281 Å
データ登録者Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of endonuclease/exonuclease/phosphatase from Beutenbergia cavernae DSM 12333
著者: Wu, R. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease/exonuclease/phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6414
ポリマ－46,3911
非ポリマー2503
水8,143452
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.995, 81.121, 46.854
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.91, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-827-

HOH

21A-865-

HOH

31A-931-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease/exonuclease/phosphatase


分子量: 46390.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Beutenbergia cavernae DSM 12333 (バクテリア)
株: DSM 12333 / 遺伝子: Bcav_3678 / プラスミド: MCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC
参照: UniProt: C5C3L1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; リン酸ジエステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 452 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.51 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M Sodium Acetate:HCl pH 4.6 8% (w/v) PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97924 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月14日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97924 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.28→50 Å / Num. all: 114702 / Num. obs: 114702 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 14.28 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 1.28→1.3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.0819 / Num. unique all: 5822 / Rsym value: 0.239 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1683)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.281→26.393 Å / SU ML: 0.08 / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 10.71 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1481 5770 5.03 %
Rwork0.1378 --
obs0.1383 114691 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.281→26.393 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2892 0 13 452 3357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083083
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2124239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.2531123
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.081485
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007576
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.281-1.32680.15956030.1235107891139298
1.3268-1.37990.15086040.12051098011584100
1.3799-1.44270.13965800.11191100311583100
1.4427-1.51880.13186300.10611095811588100
1.5188-1.61390.13755600.10751104311603100
1.6139-1.73850.12145950.10961102411619100
1.7385-1.91340.14625310.1211105211583100
1.9134-2.19020.1395690.131107611645100
2.1902-2.75890.15285960.14931107411670100
2.7589-26.39860.16135020.162999221042489

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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