PDB-2uux: Structure of the tryptase inhibitor TdPI from a tick

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2uux

タイトル

Structure of the tryptase inhibitor TdPI from a tick

要素

TRYPTASE INHIBITOR

キーワード

INHIBITOR / TRYPTASE INHIBITOR

機能・相同性

Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / serine-type endopeptidase inhibitor activity / Few Secondary Structures / Irregular / Tryptase inhibitor

機能・相同性情報

生物種

RHIPICEPHALUS APPENDICULATUS (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Siebold, C. / Paesen, G.C. / Harlos, K. / Peacey, M.F. / Nuttall, P.A. / Stuart, D.I.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: A Tick Protein with a Modified Kunitz Fold Inhibits Human Tryptase.
著者: Paesen, G.C. / Siebold, C. / Harlos, K. / Peacey, M.F. / Nuttall, P.A. / Stuart, D.I.

履歴

登録	2007年3月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2007年4月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年5月8日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2uux.cif.gz	37.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2uux.ent.gz	26.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2uux.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2uux_validation.pdf.gz	424.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2uux_full_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示
XML形式データ	2uux_validation.xml.gz	6.2 KB	表示
CIF形式データ	2uux_validation.cif.gz	7.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uux ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/uu/2uux	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2uuyC 2uuv C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6r5m-2 5ebx-d 3e8v-d 1ff4-d 2mhv-d 1vyc-d 1g25-d 6r5m-1 1k5r-d 1nxb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRYPTASE INHIBITOR

ヘテロ分子

6.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.676, 28.594, 30.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	TRYPTASE INHIBITOR / TRYPTASE INHIBITOR TDPI 分子量: 6049.021 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 44-96 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) RHIPICEPHALUS APPENDICULATUS (ダニ) / 参照: UniProt: Q1EG59
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.56 %
結晶化	詳細: 2.4 M AMMONIUM SULFATE 0.1 M TRIS-HCL, PH 8 20% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.934
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射	プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→20 Å / Num. obs: 10942 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(I): 1.5 / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.03 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 72

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.4→19.57 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 2.504 / SU ML: 0.045 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.224	451	5.1 %	RANDOM
R_work	0.168	-	-	-
obs	0.171	8454	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.47 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.53 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→19.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	415	0	10	78	503

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	457
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	328
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.671	1.973	620
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.947	3.021	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.58	5	54
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.288	20.526	19
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.756	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.337	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.096	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	495
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	105
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.197	0.2	330
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.199	0.2	212
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.082	0.2	267
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.273	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.263	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.159	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.124	1.5	339
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.611	2	436
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.568	3	231
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.898	4.5	184
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.44 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.226	30
R_work	0.185	508

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関連情報:EMDBヘッダ

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