PDB-2utg: STRUCTURE AND REFINEMENT OF THE OXIDIZED P21 FORM OF UTEROGLOBIN ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2utg

タイトル

STRUCTURE AND REFINEMENT OF THE OXIDIZED P21 FORM OF UTEROGLOBIN AT 1.64 ANGSTROMS RESOLUTION

要素

UTEROGLOBIN

キーワード

STEROID BINDING

機能・相同性

機能・相同性情報

phospholipase A2 inhibitor activity / steroid binding / signal transduction / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

手法

X線回折 / 解像度: 1.64 Å

データ登録者

Bally, R. / Delettre, J.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1989
タイトル: Structure and refinement of the oxidized P21 form of uteroglobin at 1.64 A resolution.
著者: Bally, R. / Delettre, J.

履歴

登録	1989年5月17日	処理サイト: BNL
改定 1.0	1989年10月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年3月25日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年11月29日	Group: Derived calculations / Other カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2utg.cif.gz	45.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2utg.ent.gz	30 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2utg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/2utg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ut/2utg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3m2m-8 3nv2-d 2v5v-2 3aq9-1 3qkd-2 1utg-1 3m2m-1 3esy-2 1fue-d 3esy-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UTEROGLOBIN

B: UTEROGLOBIN

15.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.560, 46.060, 37.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 120.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	UTEROGLOBIN 分子量: 7910.272 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / 参照: UniProt: P02779
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.91 %

結晶化

*PLUS

温度: 38 ℃ / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式
1	50 mM	Tris-HCl	1	drop
2	50 mM		1	drop	NaCl
3		ammonium sulfate	1	reservoir

-
データ収集

反射	*PLUS

-
解析

ソフトウェア

名称: PROLSQ / 分類: 精密化

精密化

R_factor obs: 0.19 / 最高解像度: 1.64 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 最高解像度: 1.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1096	0	0	165	1261

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	p_bond_d	0.058	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_d	0.108	0.1
X-RAY DIFFRACTION	p_angle_deg
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_d	0.109	0.1
X-RAY DIFFRACTION	p_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTION	p_mcbond_it	0.627	1
X-RAY DIFFRACTION	p_mcangle_it	1.041	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_scbond_it	0.693	1
X-RAY DIFFRACTION	p_scangle_it	1.129	1.5
X-RAY DIFFRACTION	p_plane_restr	0.029	0.05
X-RAY DIFFRACTION	p_chiral_restr	0.21	0.25
X-RAY DIFFRACTION	p_singtor_nbd	0.2	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_multtor_nbd	0.158	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_xhyhbond_nbd	0.199	0.5
X-RAY DIFFRACTION	p_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTION	p_planar_tor	4.8	10
X-RAY DIFFRACTION	p_staggered_tor	21	15
X-RAY DIFFRACTION	p_orthonormal_tor	22.2	15
X-RAY DIFFRACTION	p_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTION	p_special_tor

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.64 Å / Num. reflection obs: 8866 / σ(F): 2 / R_factor obs: 0.19

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 10.4 Å²

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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