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- PDB-3esy: E16KE61K Flavodoxin from Anabaena -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3esy
タイトルE16KE61K Flavodoxin from Anabaena
要素Flavodoxin
キーワードELECTRON TRANSPORT / ALPHA and BETA PROTEIN / Flavoprotein / FMN / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to iron ion starvation / electron transport chain / FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Flavodoxin, long chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold ...Flavodoxin, long chain / : / Flavodoxin, conserved site / Flavodoxin signature. / Flavodoxin domain / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Flavodoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Anabaena sp. (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Herguedas, B. / Martinez-Julvez, M. / Hermoso, J.A. / Goni, G. / Medina, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2009
タイトル: Flavodoxin: A compromise between efficiency and versatility in the electron transfer from Photosystem I to Ferredoxin-NADP(+) reductase
著者: Goni, G. / Herguedas, B. / Hervas, M. / Peregrina, J.R. / De la Rosa, M.A. / Gomez-Moreno, C. / Navarro, J.A. / Hermoso, J.A. / Martinez-Julvez, M. / Medina, M.
履歴
登録2008年10月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Flavodoxin
B: Flavodoxin
C: Flavodoxin
D: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,40010
ポリマ－75,3914
非ポリマー2,0106
水5,350297
1
A: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3963
ポリマ－18,8481
非ポリマー5482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3042
ポリマ－18,8481
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3042
ポリマ－18,8481
非ポリマー4561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Flavodoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3963
ポリマ－18,8481
非ポリマー5482
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.287, 74.823, 109.144
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Flavodoxin


分子量: 18847.660 Da / 分子数: 4 / 変異: E16K, E61K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anabaena sp. (バクテリア) / 株: PCC 7119 / プラスミド: pTrc99a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TG1 / 参照: UniProt: P0A3E0
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 32% PEG 4000, 0.2-0.3M magnesium chloride, 0.1M Tris/HCl pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.39→47.2 Å / Num. all: 24311 / Num. obs: 22468 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.078
反射 シェル解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.387 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
CNS精密化
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1FLV

1flv


解像度: 2.39→22.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / SU B: 19.204 / SU ML: 0.205 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.311 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25043 1748 7.2 %RANDOM
Rwork0.18627 ---
obs0.19096 22468 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 21.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.39→22.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5304 0 136 297 5737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0225542
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4961.977510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0955668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.38525.915284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.54415912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.0861516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2792
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.024228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22779
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.23714
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1980.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2090.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7031.53362
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.25225240
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.78132665
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8484.52270
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.393→2.455 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.409 111 -
Rwork0.262 1577 -
obs--96.84 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.6871 Å / Origin y: 19.4711 Å / Origin z: 68.8769 Å
111213212223313233
T0.0067 Å20.0179 Å2-0.0099 Å2--0.0147 Å20.0042 Å2--0.0014 Å2
L0.0316 °20.0033 °2-0.0755 °2-0.0318 °20.0292 °2--0.2243 °2
S0 Å °-0.0071 Å °-0.0047 Å °-0.0003 Å °-0.0046 Å °-0.0104 Å °-0.0122 Å °-0.008 Å °0.0046 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 169
2X-RAY DIFFRACTION1B2 - 169
3X-RAY DIFFRACTION1C2 - 169
4X-RAY DIFFRACTION1D2 - 169

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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