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万見
- PDB-2rup: Solution structure of rat P2X4 receptor head domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rup
タイトルSolution structure of rat P2X4 receptor head domain
要素P2X purinoceptor 4
キーワードTRANSPORT PROTEIN / P2X4 receptor / head domain / CANION TRANSPORT / METAL ION BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


Platelet homeostasis / sensory perception of touch / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / positive regulation of microglial cell migration / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / ligand-gated calcium channel activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of chemotaxis ...Platelet homeostasis / sensory perception of touch / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / positive regulation of microglial cell migration / purinergic nucleotide receptor signaling pathway / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / purinergic nucleotide receptor activity / ligand-gated calcium channel activity / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy / regulation of chemotaxis / response to fluid shear stress / ATP-gated ion channel activity / inorganic cation transmembrane transport / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / cellular response to zinc ion / relaxation of cardiac muscle / cellular response to ATP / response to ATP / parallel fiber to Purkinje cell synapse / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / ligand-gated monoatomic cation channel activity / behavioral response to pain / membrane depolarization / positive regulation of blood vessel endothelial cell migration / response to axon injury / regulation of cardiac muscle contraction / neuronal action potential / regulation of sodium ion transport / sensory perception of pain / nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to ischemia / excitatory postsynaptic potential / apoptotic signaling pathway / postsynaptic density membrane / terminal bouton / calcium ion transmembrane transport / regulation of blood pressure / calcium ion transport / vasodilation / cell junction / apical part of cell / cell body / monoatomic ion transmembrane transport / dendritic spine / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cadherin binding / copper ion binding / axon / signaling receptor binding / lysosomal membrane / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / signal transduction / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2X4 purinoceptor / : / ATP P2X receptors signature. / ATP P2X receptor / P2X purinoreceptor / P2X purinoreceptor extracellular domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
P2X purinoceptor 4
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Abe, Y. / Igawa, T. / Tsuda, M. / Inoue, K. / Ueda, T.
引用ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2015
タイトル: Solution structure of the rat P2X4 receptor head domain involved in inhibitory metal binding
著者: Igawa, T. / Abe, Y. / Tsuda, M. / Inoue, K. / Ueda, T.
履歴
登録2014年11月12日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年2月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22019年12月11日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2X purinoceptor 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,0671
ポリマ－6,0671
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 P2X purinoceptor 4 / P2X4 / ATP receptor / Purinergic receptor


分子量: 6066.719 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 111-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: P2rx4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51577
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC aliphatic
1312D 1H-13C HSQC aromatic
1413D CBCA(CO)NH
1513D C(CO)NH
1613D HNCO
1713D HNCA
1813D HN(CA)CB
1913D HN(CO)CA
11013D H(CCO)NH
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-15N TOCSY
11313D (H)CCH-TOCSY
11413D (H)CCH-COSY
11513D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] entity-1, 50 mM Urea-2, 10 mM sodium acetate-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMentity-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
50 mMUrea-21
10 mMsodium acetate-31
試料状態イオン強度: 0 / pH: 5 / 圧: ambient / 温度: 297 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1G ntert P.構造決定
CYANA2.1G ntert P.データ解析
CYANA2.1G ntert P.chemical shift assignment
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxchemical shift assignment
CYANA2.1Hokkaido University構造決定
CYANA2.1Hokkaido Universityデータ解析
CYANA2.1Hokkaido Universitychemical shift assignment
CYANA2.1G ntert P.構造決定
CYANA2.1G ntert P.データ解析
CYANA2.1G ntert P.chemical shift assignment
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxchemical shift assignment
CYANA2.1Hokkaido University構造決定
CYANA2.1Hokkaido Universityデータ解析
CYANA2.1Hokkaido Universitychemical shift assignment
CYANA2.1G ntert P.構造決定
CYANA2.1G ntert P.データ解析
CYANA2.1G ntert P.chemical shift assignment
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANA2.1Cornilescu, Delaglio and Baxchemical shift assignment
CYANA2.1Hokkaido University構造決定
CYANA2.1Hokkaido Universityデータ解析
CYANA2.1Hokkaido Universitychemical shift assignment
CYANA精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 211 / NOE intraresidue total count: 67 / NOE long range total count: 40 / NOE medium range total count: 22 / NOE sequential total count: 82 / Disulfide bond constraints total count: 3 / Hydrogen bond constraints total count: 11 / Protein phi angle constraints total count: 40 / Protein psi angle constraints total count: 40
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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