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万見
- PDB-2rol: Structural Basis of PxxDY motif recognition in SH3 binding -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rol
タイトルStructural Basis of PxxDY motif recognition in SH3 binding
要素
  • 12-meric peptide from T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain
  • Epidermal growth factor receptor kinase substrate 8-like protein 1
キーワードSPLICING/SIGNALING PROTEIN / EPS8L1 / CD3e / SH3 / Complex Structure / Alternative splicing / Coiled coil / Cytoplasm / SH3 domain / Immunoglobulin domain / Membrane / Phosphoprotein / Receptor / Transmembrane / SPLICING-SIGNALING PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex ...gamma-delta T cell receptor complex / T cell anergy / positive regulation of T cell anergy / positive regulation of cell-cell adhesion mediated by integrin / gamma-delta T cell activation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative thymic T cell selection / regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / alpha-beta T cell receptor complex / positive thymic T cell selection / signal complex assembly / positive regulation of ruffle assembly / positive regulation of cell-matrix adhesion / T cell receptor complex / smoothened signaling pathway / positive regulation of interleukin-4 production / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / dendrite development / alpha-beta T cell activation / Rho protein signal transduction / Generation of second messenger molecules / immunological synapse / PD-1 signaling / T cell receptor binding / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / positive regulation of T cell proliferation / negative regulation of smoothened signaling pathway / T cell costimulation / positive regulation of interleukin-2 production / positive regulation of calcium-mediated signaling / cerebellum development / T cell activation / apoptotic signaling pathway / calcium-mediated signaling / SH3 domain binding / ruffle membrane / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / transmembrane signaling receptor activity / cell-cell junction / Downstream TCR signaling / signaling receptor complex adaptor activity / T cell receptor signaling pathway / actin binding / cell body / protein-containing complex assembly / regulation of apoptotic process / adaptive immune response / dendritic spine / cell surface receptor signaling pathway / cadherin binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / external side of plasma membrane / negative regulation of gene expression / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Epidermal growth factor receptor kinase substrate, phosphotyrosine-binding domain / Eps8, SH3 domain / Epidermal growth factor receptor kinase substrate 8-like / SAM domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / EPS8 spectrin-like domain / Tensin/EPS8 phosphotyrosine-binding domain / Phosphotyrosine-binding domain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit ...Epidermal growth factor receptor kinase substrate, phosphotyrosine-binding domain / Eps8, SH3 domain / Epidermal growth factor receptor kinase substrate 8-like / SAM domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / EPS8 spectrin-like domain / Tensin/EPS8 phosphotyrosine-binding domain / Phosphotyrosine-binding domain / Ig-like domain on T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / CD3 protein, epsilon/gamma/delta subunit / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphorylated immunoreceptor signalling ITAM / ITAM motif mammalian type profile. / Immunoreceptor tyrosine-based activation motif / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / SH3 Domains / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / SH3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / Epidermal growth factor receptor kinase substrate 8-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Aitio, O. / Hellman, M. / Kesti, T. / Kleino, I. / Samuilova, O. / Tossavainen, H. / Paakkonen, K. / Saksela, K. / Permi, P.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Structural basis of PxxDY motif recognition in SH3 binding
著者: Aitio, O. / Hellman, M. / Kesti, T. / Kleino, I. / Samuilova, O. / Paakkonen, K. / Tossavainen, H. / Saksela, K. / Permi, P.
履歴
登録2008年4月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年3月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epidermal growth factor receptor kinase substrate 8-like protein 1
B: 12-meric peptide from T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,6962
ポリマ－8,6962
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Epidermal growth factor receptor kinase substrate 8-like protein 1 / Epidermal growth factor receptor pathway substrate 8-related protein 1 / EPS8-like protein 1


分子量: 7301.153 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPS8L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TE68
#2: タンパク質・ペプチド 12-meric peptide from T-cell surface glycoprotein CD3 epsilon chain / T-cell surface antigen T3/Leu-4 epsilon chain


分子量: 1394.550 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Synthetic construct; this sequence occurs naturally in humans.
参照: UniProt: P07766

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D iHNCACB
1813D iHNCA
1913D (H)CCH-COSY
11013D CC(CO)NH
11113D H(CCO)NH
11212D (HB)CB(CGCD)HD
11312D (HB)CB(CGCDCE)HE
11413D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY
11613D 1H-15N NOESY filteded/edited
11713D 1H-13C NOESY filtered/edited

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試料調製

詳細内容: 0.8mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Eps8L1SH3; 2.4mM CD3e peptide; 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMEps8L1SH3[U-98% 13C; U-98% 15N]1
2.4 mMCD3e peptide1
試料状態pH: 7.5 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber8Case, Darden, Cheatham, III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, and Kollm精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
SparkyGoddardデータ解析
VNMRVariancollection
VNMRVarian解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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