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万見
- PDB-2rn1: Liquid crystal solution structure of the kissing complex formed b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rn1
タイトルLiquid crystal solution structure of the kissing complex formed by the apical loop of the HIV TAR RNA and a high affinity RNA aptamer optimized by SELEX
要素
  • RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3')
  • RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')
キーワードRNA / RNA kissing complex / HIV TAR / High affinity RNA aptamer selected by SELEX / Liquid crystal NMR / GA base pair
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Van Melckebeke, H. / Devany, M. / Di Primo, C. / Beaurain, F. / Toulme, J. / Bryce, D.L. / Boisbouvier, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Liquid-crystal NMR structure of HIV TAR RNA bound to its SELEX RNA aptamer reveals the origins of the high stability of the complex
著者: Van Melckebeke, H. / Devany, M. / Di Primo, C. / Beaurain, F. / Bryce, D.L. / Boisbouvier, J.
履歴
登録2007年12月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3')
B: RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2802
ポリマ－10,2802
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)17 / 800structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*AP*GP*CP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*CP*UP*C)-3') / TAR


分子量: 5168.135 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*CP*UP*GP*GP*UP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*GP*C)-3') / TAR*GA


分子量: 5112.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Nucleotide synthesis

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D 1H-1H NOESY
1212D 1H-1H NOESY
1373D 1H-13C TROSY NOESY
3432D JNN-COSY
1573D (H)CCH-COSY
1683D (H)CCH-COSY
1773D HCN
1883D HCN
1972D intra base TOCSY
11083D 1H-13C TROSY NOESY
11182D intra base TOCSY
112813C-1H spin state selective experiments
113713C-1H spin state selective experiments
31442D JNN-COSY
115513C-1H spin state selective experiments
116613C-1H spin state selective experiments

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.3mM TAR, 1.3mM TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 100% D2O100% D2O
21.1mM TAR, 1.1mM TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.37mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TAR, 0.74mM TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.74mM TAR, 0.37mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
51.6mM TAR, 0.8mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 100% D2O100% D2O
60.5mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TAR, 1.0mM TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 100% D2O100% D2O
71.8mM TAR, 0.9mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 100% D2O100% D2O
81.8mM TAR, 0.9mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TAR*GA, 10mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 0.01mM EDTA, 0.4g/L sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMTAR1
1.3 mMTAR*GA1
10 mMsodium phosphate1
50 mMsodium chloride1
0.01 mMEDTA1
0.4 g/Lsodium azide1
1.1 mMTAR2
1.1 mMTAR*GA2
10 mMsodium phosphate2
50 mMsodium chloride2
0.01 mMEDTA2
0.4 g/Lsodium azide2
0.37 mMTAR[U-98% 13C; U-98% 15N]3
0.74 mMTAR*GA3
10 mMsodium phosphate3
50 mMsodium chloride3
0.01 mMEDTA3
0.4 g/Lsodium azide3
0.74 mMTAR4
0.37 mMTAR*GA[U-98% 13C; U-98% 15N]4
10 mMsodium phosphate4
50 mMsodium chloride4
0.01 mMEDTA4
0.4 g/Lsodium azide4
1.6 mMTAR5
0.8 mMTAR*GA[U-98% 13C; U-98% 15N]5
10 mMsodium phosphate5
50 mMsodium chloride5
0.01 mMEDTA5
0.4 g/Lsodium azide5
0.5 mMTAR[U-98% 13C; U-98% 15N]6
1.0 mMTAR*GA6
10 mMsodium phosphate6
50 mMsodium chloride6
0.01 mMEDTA6
0.4 g/Lsodium azide6
1.8 mMTAR7
0.9 mMTAR*GA[U-98% 13C; U-98% 15N]7
10 mMsodium phosphate7
50 mMsodium chloride7
0.01 mMEDTA7
0.4 g/Lsodium azide7
1.8 mMTAR8
0.9 mMTAR*GA[U-98% 13C; U-98% 15N]8
10 mMsodium phosphate8
50 mMsodium chloride8
0.01 mMEDTA8
0.4 g/Lsodium azide8
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1606.6ambient 298 K
2606.6ambient 283 K
3606.6ambient 278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
Felix2000Accelrys Software Inc.chemical shift assignment
Felix2000Accelrys Software Inc.解析
Insight IIAccelrys Software Inc.データ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Baxchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer, Baxpeak picking
Curves5.3Lavery, sklenar, 1989データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Xplor-NIH (Wimberly, 1992)
NMR constraintsNOE constraints total: 392
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 800 / 登録したコンフォーマーの数: 17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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