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万見
- PDB-2rkg: HIV-1 PR resistant mutant + LPV -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rkg
タイトルHIV-1 PR resistant mutant + LPV
要素PROTEASE RETROPEPSIN
キーワードHYDROLASE / resistence / insertion
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / endonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Retropepsin-like catalytic domain / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-AB1 / Pol protein / Pol protein
類似検索 - 構成要素
生物種human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Rezacova, P. / Brynda, J. / Kozisek, M. / Saskova, K. / Konvalinka, J.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2008
タイトル: Ninety-nine is not enough: molecular characterization of inhibitor-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease mutants with insertions in the flap region
著者: Kozisek, M. / Saskova, K.G. / Rezacova, P. / Brynda, J. / van Maarseveen, N.M. / De Jong, D. / Boucher, C.A. / Kagan, R.M. / Nijhuis, M. / Konvalinka, J.
履歴
登録2007年10月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEASE RETROPEPSIN
B: PROTEASE RETROPEPSIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6395
ポリマ－21,8262
非ポリマー8133
水2,612145
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area9330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.010, 62.010, 83.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPHEPHE2AA1 - 1001 - 100
21PROPROPHEPHE2BB1 - 1001 - 100
12AB1AB1AB1AB11BD501

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 PROTEASE RETROPEPSIN / E.C.3.4.23.16 / HIV-1 PROTEASE


分子量: 10912.771 Da / 分子数: 2
変異: L10F,I13V,G16A,K20M,V32I,E35EE,K43T,M46V,I47V,I54M,I64V,A71V,V82A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: type B / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pET like, T7 promotor driven / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: A0F7J4, UniProt: A0F6C5*PLUS, HIV-1 retropepsin
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-AB1 / N-{1-BENZYL-4-[2-(2,6-DIMETHYL-PHENOXY)-ACETYLAMINO]-3-HYDROXY-5-PHENYL-PENTYL}-3-METHYL-2-(2-OXO-TETRAHYDRO-PYRIMIDIN-1-YL)-BUTYRAMIDE / ABT-378 / LOPINAVIR


分子量: 628.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H48N4O5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 145 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: reservoir: 0.1M MES pH 5.5, 0.5M Ammonium Sulfate; drops: 2ul protein + 1ul reservoir Cpr=8mg/ml, 5-fold molar excess of LPV microseeding, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 17138 / Num. obs: 16989 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rsym value: 0.04 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.36 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.2精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: PDB entry 1U8G

1u8g


解像度: 1.8→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 6.732 / SU ML: 0.109 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24869 1212 7.2 %RANDOM
Rwork0.19138 ---
obs0.19523 15673 99.31 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.778 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å2-0.01 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1528 0 58 145 1731
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0221724
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3852.0272347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5335208
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.69224.68864
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.73715283
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.014158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2274
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021266
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.2833
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3160.21177
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1330.2112
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2450.245
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1430.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8961.51042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.35221652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7143773
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6514.5691
Refine LS restraints NCS

Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDDom-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
11398tight positional0.020.05
2246tight positional0.010.05
11381medium positional0.340.5
11398tight thermal0.170.5
2246tight thermal0.040.5
11381medium thermal0.682
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 84 -
Rwork0.24 1096 -
obs--94.25 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8754-0.75160.64512.0227-18.4312-0.0558-0.0180.15350.01450.0921-0.1298-0.5691-0.177-0.0363-0.1529-0.07180.0044-0.0879-0.0171-0.1768-12.91729.3412.104
21.116-0.17620.24542.77991.403410.68130.0113-0.0752-0.0026-0.12180.01440.1864-0.4087-0.4675-0.0257-0.1797-0.0494-0.0058-0.07970.0143-0.1809-18.88925.908-2.172
33.08222.2682.38843.02140.9413.4654-0.00150.001-0.10390.14090.065-0.17740.153-0.1048-0.0635-0.1687-0.0371-0.0255-0.1224-0.0232-0.1619-4.1425.7529.464
44.77981.12741.68420.90331.57273.09120.08280.0763-0.2392-0.0505-0.0455-0.02580.00010.1899-0.0374-0.1664-0.0356-0.0299-0.1217-0.014-0.1646-20.23516.429-9.408
51.67281.4808-2.70899.07236.481317.46320.0568-0.0809-0.54181.0637-0.1613-0.611.27310.25510.10440.0675-0.0175-0.1634-0.04560.01080.0335-1.73814.51213.715
68.1372-2.54623.68682.3727-5.372317.30690.37540.8975-0.8424-0.2051-0.4668-0.13710.86930.95370.0914-0.01680.0301-0.08460.0468-0.14530.0344-11.6778.723-13.512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 91 - 9
2X-RAY DIFFRACTION1AA87 - 10087 - 100
3X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 91 - 9
4X-RAY DIFFRACTION2BB89 - 10089 - 100
5X-RAY DIFFRACTION3AA10 - 3210 - 32
6X-RAY DIFFRACTION3AA64 - 8664 - 86
7X-RAY DIFFRACTION4BB10 - 3210 - 32
8X-RAY DIFFRACTION4BB64 - 8664 - 86
9X-RAY DIFFRACTION5AA33 - 6333 - 63
10X-RAY DIFFRACTION6BB33 - 6333 - 63

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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