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万見
- PDB-2rj2: Crystal Structure of the Sugar Recognizing SCF Ubiquitin Ligase a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2rj2
タイトルCrystal Structure of the Sugar Recognizing SCF Ubiquitin Ligase at 1.7 Resolution
要素F-box only protein 2
キーワードLIGASE / UBIQUITIN / SCF / UBIQUITIN LIGASE / LECTIN / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


extrinsic component of postsynaptic membrane / denatured protein binding / glycoprotein catabolic process / Neddylation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of protein ubiquitination / ERAD pathway ...extrinsic component of postsynaptic membrane / denatured protein binding / glycoprotein catabolic process / Neddylation / regulation of protein catabolic process at postsynapse, modulating synaptic transmission / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of protein ubiquitination / ERAD pathway / amyloid-beta binding / carbohydrate binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / dendritic spine / protein ubiquitination / negative regulation of cell population proliferation / glutamatergic synapse / endoplasmic reticulum / cytosol
類似検索 - 分子機能
F-box associated (FBA) domain / F-box only protein / F-box associated region / F-box-associated (FBA) domain profile. / F-box associated region / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Galactose-binding domain-like ...F-box associated (FBA) domain / F-box only protein / F-box associated region / F-box-associated (FBA) domain profile. / F-box associated region / F-box domain profile. / F-box-like domain superfamily / F-box-like / F-box domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / F-box only protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Vaijayanthimala, S. / Velmurugan, D. / Mizushima, T. / Yamane, T. / Yoshida, Y. / Tanaka, K.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of the Sugar Recognizing SCF Ubiquitin Ligase at 1.7 Resolution
著者: Vaijayanthimala, S. / Velmurugan, D. / Mizushima, T. / Yamane, T. / Yoshida, Y. / Tanaka, K.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural basis of sugar-recognizing ubiquitin ligase
著者: Mizushima, T. / Hirao, T. / Yoshida, Y. / Lee, S.J. / Chiba, T. / Iwai, K. / Yamaguchi, Y. / Kato, K. / Tsukihara, T. / Tanaka, K.
履歴
登録2007年10月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年1月25日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: F-box only protein 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2463
ポリマ－21,1521
非ポリマー942
水4,612256
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)61.760, 61.760, 115.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-544-

HOH

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要素

#1: タンパク質 F-box only protein 2


分子量: 21152.205 Da / 分子数: 1 / 断片: SBD DOMAIN. UNP residues 117-297 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fbxo2, Fbx2 / プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(RIL) / 参照: UniProt: Q80UW2, ubiquitin-protein ligase
#2: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 256 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THERE ARE DIFFERENCES BETWEEN THE REPORTED SEQRES AND THE DATABASE SEQUENCE. THE DEPOSITORS BELIEVE ...THERE ARE DIFFERENCES BETWEEN THE REPORTED SEQRES AND THE DATABASE SEQUENCE. THE DEPOSITORS BELIEVE THAT THESE RESIDUES ARE VALIANTS AT THE POSITIONS.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.6 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS, 0.1%(v/v) PEG 400, 0.01M NICKEL CHLORIDE, 1.7M AMMONIUM SULFATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年11月23日
放射モノクロメーター: Nickel filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→100 Å / Num. all: 27682 / Num. obs: 27682 / % possible obs: 97.4 % / Rsym value: 0.072
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / Rsym value: 0.241 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1UMH

1umh


解像度: 1.7→19.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 1.81 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.103 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21482 2749 10.1 %RANDOM
Rwork0.18533 ---
all0.18834 ---
obs0.18834 24567 95.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.937 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1497 0 2 256 1755
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0211536
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3041.9192083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5045184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.23623.97683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.08115238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0151510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2732
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.21033
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2320.2197
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0370.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1870.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1950.242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8661.5924
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.36121452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9863723
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0124.5631
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 184 -
Rwork0.331 1874 -
obs--99.09 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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