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万見
- PDB-3r26: Perrhenate Binding to Molybdate Binding Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3r26
タイトルPerrhenate Binding to Molybdate Binding Protein
要素Molybdate-binding periplasmic protein
キーワードPROTEIN BINDING
機能・相同性
機能・相同性情報


response to chromate / tungstate ion transport / ABC-type molybdate transporter activity / tungstate binding / molybdate ion binding / molybdate ion transport / molybdenum ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane
類似検索 - 分子機能
Molybdate ABC transporter, substrate-binding protein / : / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PERRHENATE / Molybdate-binding protein ModA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Aryal, B.P. / Brugarolas, P. / He, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2012
タイトル: Binding of ReO(4) (-) with an engineered MoO (4) (2-)-binding protein: towards a new approach in radiopharmaceutical applications.
著者: Aryal, B.P. / Brugarolas, P. / He, C.
履歴
登録2011年3月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Molybdate-binding periplasmic protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,6122
ポリマ－25,3621
非ポリマー2501
水2,036113
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.589, 81.589, 80.624
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Molybdate-binding periplasmic protein


分子量: 25361.736 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: modA, b0763, JW0746 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37329
#2: 化合物 ChemComp-REO / PERRHENATE / メタ過レニウム酸アニオン


分子量: 250.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: O4Re
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 113 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 27.5% PEG8000, 0.1M sodium acetate, 2.5M sodium perrhenate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 32457 / % possible obs: 84.4 % / 冗長度: 11.1 % / Net I/σ(I): 24.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 10.4 % / Mean I/σ(I) obs: 6.6 / Num. unique all: 1002 / % possible all: 84.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 3.88 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: (1) DATA WAS COLLECTED TO THE HIGHER RESOLUTION OF 1.59 A. HOWEVER, DATA BELOW 1.7 A HAD LOW COMPLETENESS (LESS THAN 55%), AND THE SIGNAL-TO-NOISE RATIO I/SIGMA(I) WAS SIGNIFICANTLY LOW (LESS ...詳細: (1) DATA WAS COLLECTED TO THE HIGHER RESOLUTION OF 1.59 A. HOWEVER, DATA BELOW 1.7 A HAD LOW COMPLETENESS (LESS THAN 55%), AND THE SIGNAL-TO-NOISE RATIO I/SIGMA(I) WAS SIGNIFICANTLY LOW (LESS THAN 1.5). THEREFORE THE DATA WAS SCALED TO 1.7 A. (2) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20535 1677 5.1 %RANDOM
Rwork0.17136 ---
obs0.17316 31184 95.09 %-
all-34562 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å2-0.15 Å20 Å2
2---0.31 Å20 Å2
3---0.46 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1743 0 5 113 1861
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0290.0221807
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.031.9612459
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1355237
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.1962570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.04515300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.933156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1910.2284
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211351
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2271.51165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.18721870
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6223642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.3774.5587
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.94331807
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free13.6343113
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded8.71331770
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 79 -
Rwork0.264 1539 -
obs--64.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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