PDB-2r9y: Structure of antiplasmin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r9y

タイトル

Structure of antiplasmin

要素

Alpha-2-antiplasmin

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / alpha2-antiplasmin / inhibitory serpin / plasmin inhibitor / Acute phase / Glycoprotein / Protease inhibitor / Secreted / Serine protease inhibitor / Sulfation / TOXIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Dissolution of Fibrin Clot / maintenance of blood vessel diameter homeostasis by renin-angiotensin / positive regulation of transforming growth factor beta production / fibrinogen complex / Platelet degranulation / negative regulation of plasminogen activation / collagen fibril organization / blood vessel morphogenesis / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of fibrinolysis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Law, R.H.P. / Sofian, T. / Kan, W.T. / Horvath, A.J. / Hitchen, C.R. / Langendorf, C.G. / Buckle, A.M. / Whisstock, J.C. / Coughlin, P.B.

引用

ジャーナル: Blood / 年: 2008
タイトル: X-ray crystal structure of the fibrinolysis inhibitor {alpha}2-antiplasmin
著者: Law, R.H.P. / Sofian, T. / Kan, W.T. / Horvath, A.J. / Hitchen, C.R. / Langendorf, C.G. / Buckle, A.M. / Whisstock, J.C. / Coughlin, P.B.

履歴

登録	2007年9月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2007年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r9y.cif.gz	89.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r9y.ent.gz	67.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r9y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hp7S 1iz2S 1qmnS 1yxaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3dru-3 6z1q-2 3q02-1 1lq8-2 2xn7-d 6f4u-d 6ssv-d 4dte-2 6hge-3 3dru-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (9) #126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Alpha-2-antiplasmin

48.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	115.679, 115.679, 100.533
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Alpha-2-antiplasmin / Alpha-2-plasmin inhibitor / Alpha-2-PI / Alpha-2-AP 分子量: 48611.160 Da / 分子数: 1 / 断片: Serpin domain plus C-terminus, UNP Residues 71-491 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Serpinf2, Pli / プラスミド: PET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61247
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Alpha-2-antiplasmin / Alpha-2-plasmin inhibitor / Alpha-2-PI / Alpha-2-AP

分子量: 48611.160 Da / 分子数: 1 / 断片: Serpin domain plus C-terminus, UNP Residues 71-491 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Serpinf2, Pli / プラスミド: PET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61247

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.21 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.9 詳細: 20% PEG 3350, O.2M MgSO4, 3% sucrose, 1.2% inositol, or 3% trehalose, pH 5.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2006年10月5日 / 詳細: osmic mirror
放射	モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→44.95 Å / Num. obs: 22284 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.147 / R_sym value: 0.059 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	最高解像度: 2.65 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.903 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / R_sym value: 0.381 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
CrystalClear		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entries 1IZ2, 1HP7, 1YXA, 1QMN

解像度: 2.65→44.95 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 15.637 / SU ML: 0.16 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.277 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21798	1139	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1843	-	-	-
obs	0.18605	21122	99.87 %	-
all	-	22284	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.436 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.21 Å²	1.1 Å²	0 Å²
2-	-	2.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→44.95 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2834	0	0	82	2916

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	2922
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.361	1.949	3992
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.755	5	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.973	24.24	125
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.598	15	455
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.955	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	464
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	2213
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1232
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	1970
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.125	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.199	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.119	3	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.091	5	2959
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.243	7	1178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.943	10	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.65→2.719 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.337	75	-
R_work	0.297	1556	-
obs	-	-	99.57 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	118.8176	19.0961	7.102	46.8417	0.853	22.9841	-1.1924	-5.5036	-0.8834	2.8982	1.8645	2.5119	0.789	-2.0108	-0.6721	0.3627	0.1617	0.4083	0.4847	0.4325	0.3007	43.514	3.213	12.91
2	6.2905	-0.6408	-1.441	3.8908	1.3606	1.2157	-0.1202	-0.2834	0.1659	0.2242	0.1204	-0.4881	-0.3095	0.2629	-0.0001	0.1181	-0.0161	-0.0167	0.0171	0.0422	0.2772	54.73	7.614	0.444
3	0.7632	1.0767	0.49	10.2902	-0.5977	0.5039	-0.038	0.062	-0.1641	-0.5704	0.2132	0.0335	0.1712	-0.0485	-0.1752	0.2621	-0.005	0.0569	0.0406	-0.013	0.1932	52.181	0.619	-5.383
4	7.401	-2.3141	2.3843	7.7533	-3.6692	4.8003	0.0283	-0.6298	-0.7652	0.3124	0.397	0.7911	0.5651	-0.6732	-0.4253	0.1452	-0.1379	0.0446	-0.0558	0.0212	0.2067	43.95	-0.659	4.026
5	0.8656	-1.4523	0.6244	19.1446	6.9974	8.6935	0.2578	-0.239	-0.1512	-1.0883	0.1665	0.9214	0.4127	-0.8282	-0.4242	0.0146	-0.1471	-0.1405	-0.0557	0.079	0.2728	38.088	2.376	-9.664
6	4.2944	1.02	2.2162	16.4993	0.8331	9.6	0.2105	0.0566	-0.3185	-1.4654	-0.0266	1.9885	0.9749	-1.1812	-0.1839	0.2061	-0.1235	-0.3773	-0.0936	-0.0037	0.4192	37.075	-9.801	-11.408
7	12.7882	0.0012	8.6298	17.3992	-7.4391	9.0049	0.814	0.6357	1.2903	-2.7248	-0.2097	0.3646	0.6378	-0.2294	-0.6043	0.5132	-0.0613	-0.5053	0.0486	-0.0629	0.2094	39.581	3.684	-21.807
8	0.383	-1.4976	0.3635	12.1268	1.4101	1.6239	0.1939	-0.1922	-0.1574	-1.2567	0.1987	0.5159	0.0549	-0.3372	-0.3926	0.1156	-0.0248	-0.0356	0.0718	0.0223	0.2593	41.565	13.899	-9.362
9	16.8916	-3.5098	-9.4837	2.0564	1.5143	5.9396	0.3369	-0.0183	1.0254	-0.3556	-0.0101	-0.106	-0.4403	0.1064	-0.3268	0.1343	0.0599	0.0004	-0.0014	0.001	0.2431	54.329	35.086	-14.556
10	2.3964	-0.255	0.5414	1.6011	-0.9495	5.4394	-0.0353	-0.0481	0.0543	0.1939	0.1577	0.0856	-0.1178	0.0457	-0.1224	0.104	0.0633	0.0257	0.0435	-0.0437	0.2233	49.302	29.376	1.439
11	8.9742	5.1574	-1.8682	7.6733	-2.1424	5.8362	-0.0919	-0.3602	0.231	-0.3942	-0.1437	-0.2044	-0.2914	0.5932	0.2356	0.1462	0.0699	0.0127	0.0862	0.016	0.1684	56.657	25.45	-2.627
12	11.8008	0.4043	-5.6324	10.4448	-1.6974	15.7845	0.1314	-0.9418	-0.6206	0.5887	-0.2878	-0.322	0.5602	0.8894	0.1564	0.0303	-0.0206	-0.092	-0.1164	0.0157	0.1288	57.558	18.588	4.027
13	4.4655	0.0088	-1.6228	14.7362	-13.7111	35.4336	-0.023	-0.5961	0.2924	1.0526	0.1895	0.4949	-1.9651	-0.2966	-0.1665	0.0203	0.0999	0.0284	-0.0027	-0.04	0.1316	47.137	35.098	5.611
14	5.9038	-14.3622	-2.3591	51.5604	10.5783	7.0281	0.5984	0.4468	-0.1981	-2.3977	-0.417	0.2532	0.1299	-0.206	-0.1814	0.081	0.026	0.0283	0.102	0.0198	0.07	48.152	19.574	-13.972
15	1.7893	-0.1174	-0.985	15.9965	0.7516	3.9901	0.2754	0.2404	-0.3042	-1.4473	-0.1637	-1.3256	0.2736	0.0571	-0.1117	0.2919	0.0677	0.0126	-0.1174	0.0259	0.1403	55.87	-6.437	-9.408
16	1.9817	-5.5545	-0.4494	20.2433	-0.3168	2.8575	0.2273	0.0088	-0.036	-0.9914	-0.0115	0.2999	0.6798	0.0319	-0.2158	0.236	-0.027	-0.1708	0.0384	0.0333	0.1757	46.972	-0.077	-12.968
17	5.9573	1.8888	3.805	5.1056	1.4044	9.7529	0.0857	-0.9221	0.4972	0.0953	-0.0137	0.8328	-0.7148	-0.6996	-0.072	0.042	0.0829	0.0517	0.0209	0.0569	0.2855	44.475	35.361	-0.98
18	8.9141	2.5714	-5.3965	2.4617	-3.6345	5.7772	0.0679	-0.0828	0.0299	0.2274	0.3381	0.0109	0.0794	-0.1739	-0.406	0.2028	0.0328	0.0212	0.0832	-0.0227	0.2333	51.25	20.994	-2.099
19	4.4599	0.2458	-1.1967	4.9214	-5.0207	9.4861	-0.0434	-0.4137	-0.4988	-0.2998	-0.1633	0.1457	0.7247	0.4099	0.2067	0.2157	0.07	-0.0112	0.0313	-0.0226	0.2011	49.609	15.592	-2.118
20	19.3365	6.9614	-3.2519	6.2265	-7.6042	13.2642	0.126	0.4626	1.1776	0.5761	0.287	1.1188	0	0	-0.4129	0.0846	0.0941	0.0014	0.0228	-0.0255	0.1206	57.675	32.241	-20.268

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	47 - 54
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	55 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	70 - 109
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	110 - 125
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	126 - 144
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	145 - 170
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	171 - 198
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	199 - 219
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	220 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	238 - 268
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	269 - 280
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	281 - 298
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	299 - 308
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	309 - 318
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	319 - 340
16	X-RAY DIFFRACTION	16	A	341 - 360
17	X-RAY DIFFRACTION	17	A	361 - 385
18	X-RAY DIFFRACTION	18	A	386 - 395
19	X-RAY DIFFRACTION	19	A	396 - 407
20	X-RAY DIFFRACTION	20	A	408 - 419

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)