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- PDB-4dte: Crystal structure of zebrafish plasminogen activator inhibitor-1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4dte
タイトルCrystal structure of zebrafish plasminogen activator inhibitor-1 (PAI-1)
要素Serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / Active serpin / zebarfish uPA
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of coagulation / negative regulation of vascular wound healing / negative regulation of plasminogen activation / serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily ...Antithrombin; Chain I, domain 2 / Antithrombin, subunit I, domain 2 / Alpha-1-antitrypsin; domain 1 / Alpha-1-antitrypsin, domain 1 / Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / Roll / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Plasminogen activator inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Johansen, J.S.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Protein conformational change delayed by steric hindrance from an N-linked glycan.
著者: Bager, R. / Johansen, J.S. / Jensen, J.K. / Stensballe, A. / Jendroszek, A. / Buxbom, L. / Sorensen, H.P. / Andreasen, P.A.
履歴
登録2012年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年4月10日Group: Other
改定 1.22013年8月7日Group: Database references
改定 1.32013年8月14日Group: Database references
改定 1.42013年8月21日Group: Database references / Structure summary
改定 1.52017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.62020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.72023年9月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.82024年11月27日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1
B: Serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,5144
ポリマ－84,0722
非ポリマー4422
水7,981443
1
A: Serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2572
ポリマ－42,0361
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2572
ポリマ－42,0361
非ポリマー2211
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.160, 73.770, 91.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Serpin peptidase inhibitor, clade E (nexin, plasminogen activator inhibitor type 1), member 1


分子量: 42035.961 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: serpine1
細胞株 (発現宿主): HUMAN EMBRYONIC KIDNEY CELLS (HEK-293)
細胞内の位置 (発現宿主): kidney / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: F1QRB8
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.92 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.1
詳細: 20% (w/v) PEG3350, 0.2 M NaCl, 0.1 M bis-Tris, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→59.15 Å / Num. all: 61074 / Num. obs: 60335 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 11.98
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.96-2.01195.5
2-2.07199.6
2.08-2.13199.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
xia2IIデータ削減
xia2IIデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3Q02

3q02


解像度: 1.96→44.747 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.58 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2189 2000 3.32 %
Rwork0.1736 --
obs0.1751 60303 98.83 %
all-61074 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.7527 Å20 Å25.2108 Å2
2---1.9212 Å20 Å2
3---6.6739 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→44.747 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5822 0 28 443 6293
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0195963
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7578049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.0872253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.131909
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091038
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9601-2.00910.32171380.26324014X-RAY DIFFRACTION96
2.0091-2.06340.31841430.25644155X-RAY DIFFRACTION100
2.0634-2.12410.30431430.244187X-RAY DIFFRACTION100
2.1241-2.19270.29021430.23034172X-RAY DIFFRACTION99
2.1927-2.2710.30561420.21284151X-RAY DIFFRACTION99
2.271-2.3620.29081430.20144150X-RAY DIFFRACTION99
2.362-2.46940.23911430.19564171X-RAY DIFFRACTION99
2.4694-2.59960.21911420.18634163X-RAY DIFFRACTION99
2.5996-2.76250.22811430.18164163X-RAY DIFFRACTION99
2.7625-2.97570.22751430.17464164X-RAY DIFFRACTION99
2.9757-3.27510.21061430.17064185X-RAY DIFFRACTION99
3.2751-3.74880.19891440.15244171X-RAY DIFFRACTION99
3.7488-4.72230.18561440.13484218X-RAY DIFFRACTION99
4.7223-44.7590.16771460.1544239X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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