PDB-2r9x: AmpC beta-lactamase with bound Phthalamide inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r9x

タイトル

AmpC beta-lactamase with bound Phthalamide inhibitor

要素

Beta-lactamase

キーワード

HYDROLASE / AmpC beta-lactamase / pthalamide / Antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Babaoglu, K. / Shoichet, B.K.

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Comprehensive mechanistic analysis of hits from high-throughput and docking screens against beta-lactamase.
著者: Babaoglu, K. / Simeonov, A. / Irwin, J.J. / Nelson, M.E. / Feng, B. / Thomas, C.J. / Cancian, L. / Costi, M.P. / Maltby, D.A. / Jadhav, A. / Inglese, J. / Austin, C.P. / Shoichet, B.K.

履歴

登録	2007年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r9x.cif.gz	173.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r9x.ent.gz	137.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r9x_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r9x_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	2r9x_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	2r9x_validation.cif.gz	53.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/2r9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pu2C 2pu4C 2r9wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2r9w-2 1l2s-2 4e3j-2 1fcn-1 3bls-2 6t3d-d 1llb-1 1mxo-1 4xux-d 2pu4-2 5ggw-1 1ke0-1 3o88-1 1xgi-2 1l0g-2 1pi4-1 1xgj-2 5wae-1 1ke3-1 1my8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactamase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
40.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.857, 76.737, 97.671
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 116.560, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-645- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase / Cephalosporinase 分子量: 39587.922 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ampC, ampA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P00811, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-WH6 / 2-[(1R)-2-carboxy-1-(naphthalen-1-ylmethyl)ethyl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindole-5-carboxylic acid 分子量: 403.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₃H₁₇NO₆
#4: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.11 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.7 詳細: 1.7M KiPO4, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.1 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.9 % / Av σ(I) over netI: 12.1 / 数: 173290 / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.73 / D res high: 1.9 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 60696 / % possible obs: 98.6

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.09	50	99.7	1	0.035	1.874	2.9
3.25	4.09	99.7	1	0.05	2.834	2.8
2.84	3.25	99.3	1	0.07	2.611	2.9
2.58	2.84	99.3	1	0.089	1.958	2.9
2.39	2.58	98.9	1	0.108	1.659	2.9
2.25	2.39	98.6	1	0.137	1.504	2.9
2.14	2.25	98.3	1	0.166	1.377	2.9
2.05	2.14	97.9	1	0.217	1.249	2.9
1.97	2.05	97.5	1	0.311	1.143	2.9
1.9	1.97	97	1	0.42	1.051	2.8

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 60696 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 2.9 % / R_merge(I) obs: 0.067 / Χ²: 1.731 / Net I/σ(I): 12.1

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.9-1.97	2.8	0.42	5931	1.051	1	97
1.97-2.05	2.9	0.311	5935	1.143	1	97.5
2.05-2.14	2.9	0.217	6028	1.249	1	97.9
2.14-2.25	2.9	0.166	6026	1.377	1	98.3
2.25-2.39	2.9	0.137	6042	1.504	1	98.6
2.39-2.58	2.9	0.108	6052	1.659	1	98.9
2.58-2.84	2.9	0.089	6129	1.958	1	99.3
2.84-3.25	2.9	0.07	6107	2.611	1	99.3
3.25-4.09	2.8	0.05	6176	2.834	1	99.7
4.09-50	2.9	0.035	6270	1.874	1	99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
REFMAC	5.2.0019	位相決定

精密化

解像度: 1.9→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.953 / SU B: 2.838 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.194	3088	5.1 %	RANDOM
R_work	0.159	-	-	-
obs	0.161	60677	98.43 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.093 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.55 Å²	0 Å²	0.52 Å²
2-	-	0.25 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5600	0	109	642	6351

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	6217
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	4156
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.963	8579
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.919	3.001	10189
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.909	5	809
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.684	24.783	276
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.12	15	1003
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.502	15	29
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6992
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	1287
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.194	0.2	4255
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	2964
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.084	0.2	2990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.302	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.336	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.261	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.194	1.5	4885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.176	1.5	1493
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.18	2	6105
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.039	3	3079
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.702	4.5	2426

LS精密化シェル

解像度: 1.903→1.952 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	210	-
R_work	0.207	4042	-
all	-	4252	-
obs	-	-	94.26 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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