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- PDB-2r9h: Crystal Structure of Q207C Mutant of CLC-ec1 in complex with Fab -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r9h
タイトルCrystal Structure of Q207C Mutant of CLC-ec1 in complex with Fab
要素
  • (Fab fragment) x 2
  • H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
キーワードMEMBRANE PROTEIN / CLC / antiporter / transporter / exchanger / disulfide / crosslink / Chloride / Inner membrane / Ion transport / Stress response / Transmembrane
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular stress response to acidic pH / chloride:proton antiporter activity / voltage-gated chloride channel activity / proton transmembrane transport / chloride transmembrane transport / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle ...Clc chloride channel / Clc chloride channel / Chloride channel, ClcA / Chloride channel, voltage gated / Chloride channel, core / Voltage gated chloride channel / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
H(+)/Cl(-) exchange transporter ClcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Nguitragool, W. / Miller, C.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Q207C Mutant of CLC-ec1 in complex with Fab
著者: Miller, C. / Nguitragool, W.
履歴
登録2007年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年10月2日Group: Source and taxonomy
改定 1.32017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年10月30日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
B: H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA
C: Fab fragment
D: Fab fragment
E: Fab fragment
F: Fab fragment
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)188,37310
ポリマ－188,2316
非ポリマー1424
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)233.099, 98.358, 171.922
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 131.770, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ARG / Beg label comp-ID: ARG / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 18 - 458 / Label seq-ID: 2 - 442

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

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要素

#1: タンパク質 H(+)/Cl(-) exchange transporter clcA / ClC-ec1


分子量: 47333.043 Da / 分子数: 2 / 変異: Q207C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: clcA, eriC / プラスミド: pASK90 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P37019
#2: 抗体 Fab fragment


分子量: 23693.918 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: 抗体 Fab fragment


分子量: 23088.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.5 %
結晶化温度: 295 K / 手法: シッティングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: Vapor diffusion: 3 uL of protein complex, 7 mg/ml, in 50 mM NaKTartrate, 5 mM Tris, 12.5 mM NaCl, 18.5% w/v PEG300, 25 mM glycine against 300 uL of 25 mM NaCl, 37% w/v PEG300, 50 mM glycine, ...詳細: Vapor diffusion: 3 uL of protein complex, 7 mg/ml, in 50 mM NaKTartrate, 5 mM Tris, 12.5 mM NaCl, 18.5% w/v PEG300, 25 mM glycine against 300 uL of 25 mM NaCl, 37% w/v PEG300, 50 mM glycine, pH 9.5, sitting drop, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9204 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9204 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 52974 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 2.227 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.214.80.4850840.696196.7
3.21-3.3460.37153090.78199.6
3.34-3.496.70.28752720.932199.9
3.49-3.6870.21153041.168199.9
3.68-3.917.10.1653031.553199.9
3.91-4.217.20.12253542.255199.9
4.21-4.637.20.09253033.109199.8
4.63-5.370.07953723.565199.8
5.3-6.676.90.07153443.65199.7
6.67-506.50.04853293.734197.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.1 Å49.18 Å
Translation3.1 Å49.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.913 / ESU R Free: 0.454 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28 2638 5 %RANDOM
Rwork0.261 ---
obs0.262 52493 99.27 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 105.226 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.29 Å20 Å2-0.8 Å2
2--3.2 Å20 Å2
3----0.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13217 0 4 0 13221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.02213391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9871.96218232
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.65851725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.17723.092469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.824152119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.4031563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.029941
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1920.26110
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3010.29277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1180.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1120.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0340.22
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1732TIGHT POSITIONAL0.020.05
1496LOOSE POSITIONAL0.465
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.18 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 179 -
Rwork0.338 3584 -
all-3763 -
obs--97.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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