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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2r82 | ||||||
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タイトル | Pyruvate phosphate dikinase (PPDK) triple mutant R219E/E271R/S262D adapts a second conformational state | ||||||
要素 | Pyruvate, phosphate dikinase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / phosphotransferase / conformational transition / swiveling domain / remote active sites / ATP-binding / Kinase / Magnesium / Metal-binding / Nucleotide-binding / Phosphorylation | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / pyruvate metabolic process / kinase activity / phosphorylation / ATP binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Clostridium symbiosum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å | ||||||
データ登録者 | Lim, K. / Read, R.J. / Chen, C.C. / Herzberg, O. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2007 タイトル: Swiveling domain mechanism in pyruvate phosphate dikinase. 著者: Lim, K. / Read, R.J. / Chen, C.C. / Tempczyk, A. / Wei, M. / Ye, D. / Wu, C. / Dunaway-Mariano, D. / Herzberg, O. #1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2002 タイトル: Pyruvate site of pyruvate phosphate dikinase: crystal structure of the enzyme-phosphonopyruvate complex, and mutant analysis 著者: Herzberg, O. / Chen, C. / Liu, S. / Tempczyk, A. / Howard, A. / Wei, M. / Ye, D. / Dunaway-Mariano, D. #2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996 タイトル: Swiveling-domain mechanism for enzymatic phosphotransfer between remote reaction sites 著者: Herzberg, O. / Chen, C. / Kapadia, G. / Mcguire, M. / Carroll, L.J. / Noh, S.J. / Dunaway-Mariano, D. #3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998 タイトル: Location of the phosphate binding site within Clostridium Symbiosum pyruvate phosphate dikinase 著者: Mcguire, M. / Huang, K. / Kapadia, G. / Herzberg, O. / Dunaway-Mariano, D. #4: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: Identification of the domain-domain docking sites within Clostridium Symbiosum pyruvate phosphate dikinase by amino acid replacement 著者: Wei, M. / Li, Z. / Ye, D. / Herzberg, O. / Dunaway-Mariano, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2r82.cif.gz | 162.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2r82.ent.gz | 129 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2r82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2r82_validation.pdf.gz | 438.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2r82_full_validation.pdf.gz | 449.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2r82_validation.xml.gz | 30.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2r82_validation.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/2r82 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1kblS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 96799.359 Da / 分子数: 1 / 変異: R219E, S262D, E271R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium symbiosum (バクテリア) 遺伝子: ppdK / プラスミド: pACYC184 D12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM101 / 参照: UniProt: P22983, pyruvate, phosphate dikinase |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 % |
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結晶化 | 温度: 303 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 50% saturated ammonium sulfate, 0.1 M Na Hepes, 28 mg/ml protein (in 20 mM imidazole (pH 6.5), 0.1 mM EDTA, 100 mM KCl, and 1mM DTT), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 303K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: SIEMENS / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | モノクロメーター: Harvard mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.6→50 Å / Num. all: 11406 / Num. obs: 11406 / % possible obs: 91 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.155 / Net I/σ(I): 6.1 |
反射 シェル | 解像度: 3.6→3.76 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.331 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 76.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 1KBL 解像度: 3.6→50 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.6→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 3.6→3.76 Å / Rfactor Rfree: 0.38 / Rfactor Rwork: 0.35 |