PDB-2r6o: Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiestera...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2r6o

タイトル

Crystal structure of putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase from Thiobacillus denitrificans

要素

Putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains)

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / diguanylate cyclase / GGDEF and EAL domains / Thiobacillus denitrificans / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / TRANSFERASE

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thiobacillus denitrificans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Chang, C. / Xu, X. / Zheng, H. / Savchenko, A. / Edwards, A.M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural insight into the mechanism of c-di-GMP hydrolysis by EAL domain phosphodiesterases.
著者: Tchigvintsev, A. / Xu, X. / Singer, A. / Chang, C. / Brown, G. / Proudfoot, M. / Cui, H. / Flick, R. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Galperin, M.Y. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F.

履歴

登録	2007年9月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年9月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2012年10月24日	Group: Database references

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2r6o.cif.gz	117.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2r6o.ent.gz	97.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2r6o.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2r6o_validation.pdf.gz	439 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2r6o_full_validation.pdf.gz	444.8 KB	表示
XML形式データ	2r6o_validation.xml.gz	23.6 KB	表示
CIF形式データ	2r6o_validation.cif.gz	35 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r6/2r6o	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3n3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3n3t-d 4la7-d 5fio-d 4nl1-1 4bwv-d 2b61-1 3vvm-d 1ms0-2 3aqe-d 3gay-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC7542

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#251 - 2020年11月アデニリルシクラーゼ (Adenylyl Cyclase) 類似性 (1) #133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains)

B: Putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains)

ヘテロ分子

65.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.051, 63.141, 173.282
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Putative diguanylate cyclase/phosphodiesterase (GGDEF & EAL domains) 分子量: 32876.148 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 487-758 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thiobacillus denitrificans (バクテリア) 株: ATCC 25259 / 遺伝子: Tbd_1265 / プラスミド: pET derivative / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) derivative / 参照: UniProt: Q3SJE6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 378 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.2M MgCl2, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月13日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 51848 / Num. obs: 50452 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.6 % / B_iso Wilson estimate: 27.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 39.67
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å / 冗長度: 8.5 % / R_merge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique all: 4585 / % possible all: 90.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→27.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 5.001 / SU ML: 0.081 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.132 / ESU R Free: 0.121 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21756	2554	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18829	-	-	-
all	0.1898	47788	-	-
obs	0.1898	47788	97.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.8 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.24 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.57 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→27.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3835	0	6	378	4219

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4039
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.968	5510
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.152	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.259	23.487	195
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.532	15	697
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.369	15	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3098
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	1840
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.297	0.2	2802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.127	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.282	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.139	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.739	1.5	2639
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.145	2	4093
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.014	3	1573
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.054	4.5	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.268	148	-
R_work	0.227	3164	-
obs	-	-	88.51 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.6426	6.2148	-2.2285	6.7173	-0.749	8.3943	0.3365	0.4852	0.5232	0.0059	-0.0031	0.3677	-0.7044	-1.1463	-0.3335	-0.0404	0.1027	0.0411	0.0368	0.0293	-0.1681	33.7039	39.7019	52.8224
2	5.1684	-0.2991	-2.609	1.0846	0.7427	2.7535	-0.0074	0.1079	0.015	0.1987	-0.0032	-0.2018	-0.0127	0.1481	0.0105	-0.075	0.0165	-0.0234	-0.0777	0.0128	-0.0443	56.0374	39.7657	38.5154
3	4.0102	0.0245	1.4511	7.3113	-0.5605	5.5691	0.1086	-0.2581	-0.1551	-0.2396	-0.0959	0.2382	0.1586	-0.1924	-0.0127	0.015	-0.0129	-0.0161	-0.0728	0.0046	-0.0278	39.2597	33.59	47.8845
4	0.4878	0.1337	-0.0523	1.6546	0.4955	2.0621	-0.003	0.0466	-0.0036	-0.0675	-0.0556	0.1305	-0.3132	-0.1972	0.0586	-0.0078	0.0479	-0.0164	-0.0838	-0.003	-0.0443	44.5733	47.5787	32.2183
5	1.1619	0.0033	1.0775	2.1453	0.6706	3.8374	0.0185	0.093	-0.0267	0.0188	-0.0149	-0.1928	0.2665	0.3065	-0.0035	-0.0544	0.0351	0.0093	-0.0373	0.013	-0.032	57.7048	32.612	28.6319
6	19.6097	3.2553	-7.7622	22.4364	21.8266	56.1073	0.3604	0.2606	1.463	0.8691	0.1595	-0.0254	-0.6439	-0.9586	-0.5199	-0.2017	0.0875	-0.1051	-0.1386	0.0564	0.2088	15.6208	27.8723	-7.5893
7	8.6206	1.1754	-1.0111	2.346	-0.005	3.9373	-0.0255	0.4336	0.141	-0.0536	0.0655	0.1361	-0.1504	0.3558	-0.04	-0.1093	-0.0098	-0.0223	-0.0148	0.0054	-0.1496	40.0993	29.9539	-11.2918
8	29.7504	6.967	-7.7466	19.666	-21.7113	36.8399	-0.6306	3.4063	1.5551	0.3881	0.684	1.1258	-1.9765	-2.6037	-0.0534	0.0136	0.0196	-0.1137	-0.0119	-0.0345	0.2278	19.1556	31.2594	-9.3168
9	1.188	0.0782	0.7322	1.485	0.0996	1.4284	-0.0047	-0.0009	-0.0716	0.0907	-0.0343	0.1193	0.0518	-0.0749	0.039	-0.1172	-0.0016	0.0117	-0.0407	-0.0272	-0.0367	36.1016	20.7785	0.5506
10	1.175	0.1675	1.3141	1.0891	0.9195	4.1964	-0.2211	0.3134	0.1327	-0.132	0.0949	0.0193	-0.59	0.471	0.1262	-0.0129	-0.0797	-0.0181	0.0187	0.0471	-0.053	47.0409	37.0098	-3.9865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	489 - 503	25 - 39
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	504 - 527	40 - 63
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	528 - 547	64 - 83
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	548 - 663	84 - 199
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	664 - 743	200 - 279
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	489 - 503	25 - 39
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	504 - 527	40 - 63
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	B	528 - 547	64 - 83
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	B	548 - 663	84 - 199
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	B	664 - 743	200 - 279

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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