PDB-4bwv: Structure of Adenosine 5-prime-phosphosulfate Reductase apr-b fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4bwv

タイトル

Structure of Adenosine 5-prime-phosphosulfate Reductase apr-b from Physcomitrella Patens

要素

PHOSPHOADENOSINE-PHOSPHOSULPHATE REDUCTASE

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SULFATE ASSIMILATION / SULFONUCLEOTIDE

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)
類似検索 - 分子機能

生物種

PHYSCOMITRELLA PATENS (植物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Stevenson, C.E.M. / Hughes, R.K. / McManus, M.T. / Lawson, D.M. / Kopriva, S.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2013
タイトル: The X-Ray Crystal Structure of Apr-B, an Atypical Adenosine 5-Prime-Phosphosulfate Reductase from Physcomitrella Patens
著者: Stevenson, C.E.M. / Hughes, R.K. / Mcmanus, M.T. / Lawson, D.M. / Kopriva, S.

履歴

登録	2013年7月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2013年11月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年5月8日	Group: Data collection / Experimental preparation / Other カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval
改定 1.2	2019年5月29日	Group: Data collection / Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / Item: _exptl_crystal_grow.method
改定 1.3	2023年12月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4bwv.cif.gz	210.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4bwv.ent.gz	168.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4bwv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/4bwv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2oq2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2vef-d 3rss-d 1an8-1 4nl1-1 5mn0-d 4nil-1 3ckj-1 3tri-d 4la7-d 3rt7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PHOSPHOADENOSINE-PHOSPHOSULPHATE REDUCTASE

B: PHOSPHOADENOSINE-PHOSPHOSULPHATE REDUCTASE

ヘテロ分子

64.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.990, 82.420, 127.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	PHOSPHOADENOSINE-PHOSPHOSULPHATE REDUCTASE / ADENOSINE 5-PRIME-PHOSPHOSULFATE REDUCTASE 分子量: 32106.154 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 65-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PHYSCOMITRELLA PATENS (植物) / プラスミド: PET14B-APR-B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q8L5D0, adenylyl-sulfate reductase (thioredoxin)
#2: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	DI(HYDROXYETHYL)ETHER (PEG): COMPONENT OF PRECIPITANT

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.4 % / 解説: NONE
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: CRYSTALLIZED AT 20 DEGREES C BY HANGING-DROP VAPOUR DIFFUSION USING A PRECIPITANT CONSISTING OF 25% PEG 5000 MME IN 100 MM BIS-TRIS PH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976
検出器	タイプ: ADSC CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→43.53 Å / Num. obs: 54939 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.3 % / B_iso Wilson estimate: 29.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2OQ2

2oq2

解像度: 1.8→37.8 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.972 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.961 / SU B: 4.829 / SU ML: 0.076 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.101 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19433	2780	5.1 %	RANDOM
R_work	0.16255	-	-	-
obs	0.16419	52105	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.7 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→37.8 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3695	0	14	389	4098

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	3868
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	3609
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.943	5240
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.102	3	8293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.565	5	470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.093	23.237	207
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.732	15	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.272	15	33
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	4402
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	967
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.399	1.911	1832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.396	1.91	1831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2	2.857	2291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.12	2.161	2036
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.802→1.849 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.331	194	-
R_work	0.31	3819	-
obs	-	-	99.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	11.701	7.101	7.6628	7.49	6.0077	8.324	0.2024	-0.5094	-0.3459	0.4143	-0.2621	-0.0632	0.4719	-0.4077	0.0597	0.0988	0.0038	0.0429	0.1194	0.0316	0.0445	10.1854	8.7333	25.0532
2	4.9307	2.2407	0.8022	5.3614	0.125	1.1877	-0.0225	-0.5544	0.2147	0.6689	-0.0888	-0.2943	-0.2756	0.0448	0.1114	0.159	-0.0025	-0.0748	0.2261	-0.0534	0.0511	15.1181	24.9269	33.3846
3	4.5225	-0.1762	1.0925	2.4949	-1.4107	6.006	-0.1408	-0.3404	0.7079	0.4533	-0.0432	0.1958	-0.7238	-0.0691	0.184	0.2421	0.034	-0.0626	0.1852	-0.1485	0.2202	9.5576	38.1388	31.3434
4	6.8605	-1.8072	2.7147	8.876	-4.0109	6.207	-0.2485	0.8215	1.2641	-0.2908	-0.1665	0.1313	-0.7844	0.3491	0.415	0.3895	-0.1063	-0.1206	0.3089	0.0752	0.5303	18.0302	46.1438	20.8225
5	2.3252	-0.4441	0.6143	1.9276	0.0616	2.0558	-0.118	-0.0846	0.263	0.0453	-0.0104	-0.0738	-0.2235	0.028	0.1284	0.0502	-0.0007	-0.0196	0.0901	-0.0134	0.0325	12.4063	24.0724	21.6535
6	13.782	-4.0867	0.2592	5.8875	1.9754	6.5021	-0.3472	0.4213	0.5649	-0.2492	0.0002	0.2688	-0.4708	-0.2726	0.3471	0.0891	0.0315	-0.0551	0.0659	0.0203	0.0676	5.4172	24.3286	11.3804
7	10.5103	8.93	5.1973	10.7702	5.8887	5.6522	0.265	-0.3483	-0.421	0.577	-0.031	-0.5717	0.5893	0.2429	-0.234	0.1357	0.091	-0.0086	0.1307	0.0383	0.0515	18.3213	3.1981	19.6157
8	6.3944	0.3873	0.8393	1.3744	0.7779	3.3959	-0.0151	-0.164	-0.691	0.24	0.032	0.0141	0.8149	-0.2541	-0.0169	0.2736	-0.0263	0.0305	0.0495	0.0132	0.1324	10.0431	-9.8681	6.8482
9	2.6139	0.6441	0.5463	2.4108	0.2815	4.5639	0.0496	0.2872	-0.3284	-0.0436	0.0874	-0.0309	0.46	0.3039	-0.137	0.1818	0.0294	0.0291	0.0702	-0.0724	0.1271	13.7954	-10.3374	-10.2448
10	8.6558	5.5667	-4.6966	10.2781	-6.74	11.281	-0.1066	0.5794	0.73	-0.3389	0.3606	0.3031	-0.3569	-0.1249	-0.254	0.194	-0.0262	-0.0143	0.1643	-0.0337	0.1572	6.1386	-0.4308	-17.4294
11	1.3438	0.4171	-0.2384	2.1922	0.7592	2.8289	-0.1082	0.0841	-0.1027	-0.0401	0.0471	0.0149	0.2361	-0.0709	0.0612	0.0651	0.0003	0.0162	0.0282	0.0116	0.0258	11.9049	0.8603	3.5097
12	8.1609	-0.5446	-5.1316	4.456	1.9759	9.973	-0.0289	0.339	0.0976	-0.5553	0.2225	-0.2155	-0.4349	0.0517	-0.1936	0.1	-0.033	0.0328	0.0531	0.0105	0.0304	19.9217	11.8512	-1.0584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	77 - 109
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	110 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	145 - 180
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	181 - 213
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	214 - 289
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	290 - 303
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	77 - 105
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	106 - 139
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	140 - 188
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	189 - 211
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	212 - 285
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	286 - 303

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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