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Yorodumi- PDB-2oq2: Crystal structure of yeast PAPS reductase with PAP, a product complex -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2oq2 | ||||||
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Title | Crystal structure of yeast PAPS reductase with PAP, a product complex | ||||||
Components | Phosphoadenosine phosphosulfate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / sulfate reduction / PAPS reductase | ||||||
Function / homology | Function and homology information 3'-phosphoadenylylselenate reductase activity / phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) activity / sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / hydrogen sulfide biosynthetic process / glutathione biosynthetic process / cysteine biosynthetic process / methionine biosynthetic process / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Yu, Z. / Fisher, A.J. | ||||||
Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2008 Title: Crystal structure of Saccharomyces cerevisiae 3'-phosphoadenosine-5'-phosphosulfate reductase complexed with adenosine 3',5'-bisphosphate. Authors: Yu, Z. / Lemongello, D. / Segel, I.H. / Fisher, A.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2oq2.cif.gz | 219.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2oq2.ent.gz | 175.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2oq2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2oq2_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2oq2_full_validation.pdf.gz | 2.1 MB | Display | |
Data in XML | 2oq2_validation.xml.gz | 39.7 KB | Display | |
Data in CIF | 2oq2_validation.cif.gz | 55.5 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oq2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/2oq2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a dimer formed by chain A and B or C and D in the deposited coordinates. |
-Components
#1: Protein | Mass: 30420.291 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharomyces cerevisiae (brewer's yeast) Strain: CRY1 / Gene: MET16 / Plasmid: pTYB2 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 DE3 Codon+ References: UniProt: P18408, phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) #2: Chemical | ChemComp-A3P / #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 40.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 30% w/v PEG 6000, 0.1 M HEPES pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | D res high: 3.1 Å / D res low: 50 Å / Redundancy: 6.9 %
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.05→107.833 Å / Num. all: 64994 / Num. obs: 62580 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / Redundancy: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 30.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 7.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.1 Å / Redundancy: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.373 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 3655 / Rsym value: 0.373 / % possible all: 78.2 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MR |
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Phasing dm | FOM : 0.71 / FOM acentric: 0.71 / FOM centric: 0.72 / Reflection: 18467 / Reflection acentric: 15478 / Reflection centric: 2989 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.1→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 10.125 / SU ML: 0.146 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.287 / ESU R Free: 0.215 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 36.637 Å2
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Refine analyze |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→40 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Selection: ALL
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