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- PDB-2r6g: The Crystal Structure of the E. coli Maltose Transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r6g
タイトルThe Crystal Structure of the E. coli Maltose Transporter
要素
  • (Maltose transport system permease protein ...) x 2
  • Maltose-binding periplasmic protein
  • Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
キーワードHYDROLASE/TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / catalytic intermediate / E. coli maltose transporter / MBP / maltodextrin binding protein / MalK / ATP binding cassette / ATP-binding / Hydrolase / Inner membrane / Membrane / Nucleotide-binding / Sugar transport / Transmembrane / HYDROLASE-TRANSPORT PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding ...ABC-type maltose transporter / ABC-type maltose transporter activity / negative regulation of maltose transport / enzyme IIA-maltose transporter complex / negative regulation of transmembrane transport / detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / DNA-binding transcription factor binding / periplasmic space / DNA damage response / ATP hydrolysis activity / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain ...MalF N-terminal region-like / Periplasmic binding protein-like II / D-maltodextrin-binding protein, MBP / MalF N-terminal region-like / MalF N-terminal region-like / Maltose transport system permease protein MalF, P2 domain / MalF, N-terminal / : / : / Maltose transport system permease protein MalF P2 domain / MalF, N-terminal region, transmembrane helices / Maltose/Maltodextrin import ATP-binding protein malK family profile. / MetI-like fold / MetI-like / Transport-associated OB, type 2 / TOBE domain / : / MalK OB fold domain / ABC transporter, maltose/maltodextrin import, MalK-like / : / Molybdate/tungstate binding, C-terminal / ABC transporter type 1, transmembrane domain MetI-like / MetI-like superfamily / Binding-protein-dependent transport system inner membrane component / ABC transporter integral membrane type-1 domain profile. / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Nucleic acid-binding proteins / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Periplasmic binding protein-like II / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Roll / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalF / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin transport system permease protein MalG / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK / Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein MalK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Oldham, M.L. / Khare, D. / Quiocho, F.A. / Davidson, A.L. / Chen, J.
引用ジャーナル: Nature / : 2007
タイトル: Crystal structure of a catalytic intermediate of the maltose transporter.
著者: Oldham, M.L. / Khare, D. / Quiocho, F.A. / Davidson, A.L. / Chen, J.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
B: Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK
E: Maltose-binding periplasmic protein
F: Maltose transport system permease protein malF
G: Maltose transport system permease protein malG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,7768
ポリマ-214,4195
非ポリマー1,3573
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.260, 95.860, 109.990
Angle α, β, γ (deg.)87.13, 82.43, 75.75
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 , 2種, 3分子 ABE

#1: タンパク質 Maltose/maltodextrin import ATP-binding protein malK


分子量: 42183.551 Da / 分子数: 2 / 変異: E159Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: malK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HN741 / 参照: UniProt: Q1R3Q1, UniProt: P68187*PLUS, EC: 3.6.3.19
#2: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein / Maltodextrin-binding protein / MBP


分子量: 40753.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: malE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BAR1000 / 参照: UniProt: P0AEX9

-
Maltose transport system permease protein ... , 2種, 2分子 FG

#3: タンパク質 Maltose transport system permease protein malF


分子量: 57052.898 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: malF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HN741 / 参照: UniProt: P02916
#4: タンパク質 Maltose transport system permease protein malG


分子量: 32246.227 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / : K12 / 遺伝子: malG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HN741 / 参照: UniProt: P68183

-
/ 非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#6: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 27% PEG 400, 500mM NaCl, 100mM Sodium Hepes pH 7.5, 10mM betaine hydrochloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月30日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochromator. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 3.6 % / Av σ(I) over netI: 8.3 / : 236250 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.09 / D res high: 2.8 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 66520 / % possible obs: 91.4
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
6.035099.110.0431.0423.9
4.796.0399.510.071.0234
4.184.7999.310.0791.0724
3.84.189910.1171.1353.9
3.533.89910.1621.123.8
3.323.5398.710.241.13.6
3.153.3295.410.3431.1353.3
3.023.1585.910.4061.1153
2.93.0273.510.4691.0982.8
2.82.964.910.471.0412.6
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 66520 / Num. obs: 66520 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 8.3
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 1.54 / Rsym value: 0.47 / % possible all: 64.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å14.98 Å
Translation4 Å14.98 Å
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 60264
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
13.97-10063.40.632509
10.21-13.97530.893889
8.43-10.2147.80.921137
7.35-8.4347.50.8991311
6.59-7.3546.60.8911489
6.03-6.5947.30.8941625
5.6-6.0347.30.8951771
5.24-5.646.70.9091896
4.95-5.2444.70.9121997
4.7-4.9545.70.9292132
4.48-4.746.40.9362202
4.29-4.4846.10.9312284
4.13-4.2945.70.9282371
3.98-4.1347.60.9212449
3.84-3.98490.9282486
3.72-3.8448.10.9322587
3.61-3.7248.90.9322628
3.51-3.6152.20.9212642
3.42-3.5151.20.9152687
3.33-3.4252.20.9182691
3.25-3.33520.92757
3.18-3.2553.40.9012610
3.11-3.1853.90.8912640
3.04-3.1153.70.8962453
2.98-3.0452.60.8852267
2.93-2.9853.80.8812120
2.87-2.9353.40.8752063
2.82-2.8756.20.851855
2.76-2.8255.20.8111716

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
直接法6位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 1Q12 and 1OMP
解像度: 2.8→47.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.899 / SU B: 40.785 / SU ML: 0.361 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.408 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2714 1185 2 %RANDOM
Rwork0.24164 ---
obs0.24223 58103 83.76 %-
all-59288 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 83.877 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.95 Å23.16 Å25.32 Å2
2---2.54 Å2-2.06 Å2
3----4.16 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→47.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14628 0 85 0 14713
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02215045
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9741.97520472
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.46851880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.75824.226620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.378152500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.1721577
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.22353
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0211236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1760.27470
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2960.210425
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1070.2480
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1670.249
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0750.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1431.59633
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.257215112
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.22836172
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.3864.55360
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.36 50 -
Rwork0.33 2595 -
obs--50.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.99621.2838-0.29761.06610.22710.7725-0.20780.03630.41930.098-0.13090.14140.6217-0.4160.33880.45620.07720.01410.38150.09740.4217-19.1057-10.754916.9514
20.74570.018-0.03882.60381.12151.7660.047-0.0461-0.0949-0.13390.018-0.23250.19590.1322-0.0650.2530.02520.01240.19770.06910.311-5.3096-6.57314.1614
32.41130.1754-0.57091.9850.40281.76760.0650.1310.0613-0.49570.0388-0.3526-0.30490.1072-0.10380.4077-0.00890.10370.12540.07460.2167-1.419916.5103-1.7983
43.55252.2461-0.19514.2545-0.9082.2540.08620.0665-0.3202-0.32120.0182-1.56280.04720.7272-0.10440.37460.05710.30170.3488-0.10010.68320.9404-2.4292-3.8597
50.9323-0.3410.04361.1543-0.54362.55760.15670.15950.139-0.0124-0.02710.0828-0.5914-0.5183-0.12960.36390.14360.04260.18790.02740.2008-46.736762.938257.4496
60.0090.0269-0.02650.0803-0.07910.07790.1708-1.0568-0.66551.20040.3481-0.13930.91480.8805-0.51890.6082-0.00370.00030.60290.00090.6091-30.508411.642761.1635
70.3068-0.2984-0.62751.0670.95592.3398-0.16460.1153-0.13770.4212-0.16280.30680.4401-0.46310.32740.4149-0.12750.08130.203-0.02060.3001-50.003438.15678.234
80.516-0.3936-0.95251.22470.49742.55260.18790.22190.0234-0.291-0.19880.0963-0.1684-0.54370.0110.18410.0396-0.05690.30630.02520.1857-35.148341.389327.7415
91.7327-0.66990.30523.9694-1.57050.9065-0.25620.1873-0.0907-0.5825-0.11760.00350.0543-0.58160.37390.1028-0.0726-0.05790.5366-0.08150.2143-51.095541.4438.5284
100.8512-0.6095-0.76872.35971.09772.54130.09530.15130.0623-0.0867-0.06930.0398-0.1099-0.0862-0.02590.137-0.048-0.04920.2770.07490.3593-24.803842.701339.4226
110.8492-0.9237-0.72611.8321.36722.150.0148-0.05880.03540.1533-0.0453-0.05480.2117-0.01670.03050.2539-0.0509-0.04240.26860.06510.3155-22.127131.803541.7299
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 292 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2AA30 - 37230 - 372
3X-RAY DIFFRACTION3BB2 - 2672 - 267
4X-RAY DIFFRACTION4BB268 - 373268 - 373
5X-RAY DIFFRACTION5EC1 - 3701 - 370
6X-RAY DIFFRACTION6FD13 - 5313 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7FD54 - 24854 - 248
8X-RAY DIFFRACTION8FD249 - 441249 - 441
9X-RAY DIFFRACTION9FD442 - 504442 - 504
10X-RAY DIFFRACTION10GE7 - 1457 - 145
11X-RAY DIFFRACTION11GE146 - 296146 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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