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万見
- PDB-2r4o: Crystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r4o
タイトルCrystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL mutant delta NPA
要素Long-chain fatty acid transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta barrel / outer membrane protein / Lipid transport / Phage recognition / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain fatty acid transporting porin activity / ligand-gated channel activity / cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Outer membrane protein transport protein (OMPP1/FadL/TodX) / Porin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Long-chain fatty acid transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Hearn, E.M. / Patel, D.R. / Lepore, B.W. / Indic, M. / van den Berg, B.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2009
タイトル: Transmembrane passage of hydrophobic compounds through a protein channel wall
著者: Hearn, E.M. / Patel, D.R. / Lepore, B.W. / Indic, M. / van den Berg, B.
#1: ジャーナル: Science / 年: 2004
タイトル: Crystal structure of the long-chain fatty acid transporter FadL
著者: van den Berg, B. / Black, P.N. / Clemons Jr., W.M. / Rapoport, T.A.
履歴
登録2007年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Long-chain fatty acid transport protein
B: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,2056
ポリマ－93,2882
非ポリマー9184
水00
1
A: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1033
ポリマ－46,6441
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Long-chain fatty acid transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,1033
ポリマ－46,6441
非ポリマー4592
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.050, 146.618, 151.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Long-chain fatty acid transport protein / Outer membrane fadL protein / Outer membrane flp protein


分子量: 46643.801 Da / 分子数: 2 / 変異: N33G,P33G,A33G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fadL, ttr / プラスミド: pBAD22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: P10384
#2: 化合物
ChemComp-LDA / LAURYL DIMETHYLAMINE-N-OXIDE / ドデシルジメチルアミンオキシド


分子量: 229.402 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H31NO / コメント: LDAO, 可溶化剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.75 %
結晶化温度: 295 K / pH: 5.5
詳細: 35% PEG 2000, 0.05M magnesium acetate, 0.05M cacodylate, pH 5.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月17日
放射モノクロメーター: SI(111) CHANNEL CUT MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→41.54 Å / Num. obs: 16885 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.287 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.593 / % possible all: 97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1T16

1t16


解像度: 3.6→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.314 1602 -RANDOM
Rwork0.243 ---
obs0.243 15827 98.7 %-
all-16034 --
原子変位パラメータBiso mean: 12.86 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.153 Å20 Å20 Å2
2---14.122 Å20 Å2
3----1.031 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.44 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.68 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6488 0 64 0 6552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.55
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.6→3.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.027
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 196 -
Rwork0.319 --
obs--97.1 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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