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万見
- PDB-2r3z: Crystal structure of mouse IP-10 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r3z
タイトルCrystal structure of mouse IP-10
要素Small-inducible cytokine B10
キーワードATTRACTANT / IP-10/CXCL10 / chemokine / chemotaxis / inflammatory response
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of T cell chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / CXCR3 chemokine receptor binding / negative regulation of myoblast fusion / regulation of endothelial tube morphogenesis / cellular response to interleukin-17 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of myoblast differentiation / T cell chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway ...regulation of T cell chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / CXCR3 chemokine receptor binding / negative regulation of myoblast fusion / regulation of endothelial tube morphogenesis / cellular response to interleukin-17 / G alpha (i) signalling events / negative regulation of myoblast differentiation / T cell chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of monocyte chemotaxis / chemokine activity / endothelial cell activation / chemoattractant activity / positive regulation of T cell migration / antiviral innate immune response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / negative regulation of angiogenesis / response to bacterium / cellular response to virus / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemotaxis / heparin binding / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / regulation of apoptotic process / defense response to virus / G protein-coupled receptor signaling pathway / inflammatory response / external side of plasma membrane / extracellular space
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 ...CXC chemokine / CXC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-x-C subfamily signature. / CXC Chemokine domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-X-C motif chemokine 10
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Jabeen, T. / Leonard, P. / Jamaluddin, H. / Acharya, K.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure of mouse IP-10, a chemokine
著者: Jabeen, T. / Leonard, P. / Jamaluddin, H. / Acharya, K.R.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small-inducible cytokine B10
B: Small-inducible cytokine B10
C: Small-inducible cytokine B10
D: Small-inducible cytokine B10


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7014
ポリマ－30,7014
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4230 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.957, 71.530, 39.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.08, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit of the structure contains two biological units in the form of two dimers

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要素

#1: タンパク質
Small-inducible cytokine B10 / CXCL-10 chemokine / CXCL10 / Interferon-gamma-induced protein CRG-2 / Gamma-IP10 / IP-10 / C7


分子量: 7675.205 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 23-89 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cxcl10, Crg2, Ifi10, Inp10, Scyb10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P17515
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.96 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl, 0.2M CaCl2, 35% PEG3350, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月7日 / 詳細: mirror
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2si 111SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 9824 / Num. obs: 9824 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 41.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rsym value: 0.0696
反射 シェル解像度: 2.5→2.57 Å / Rmerge(I) obs: 0.304 / Mean I/σ(I) obs: 3.26 / Num. unique all: 725 / % possible all: 89.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1O7Y

1o7y


解像度: 2.5→19.79 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Data cutoff high absF: 386160.66 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3082 507 5.3 %RANDOM
Rwork0.2753 ---
all0.2754 ---
obs0.2754 9481 94.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.7046 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 59.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.99 Å20 Å2-12.64 Å2
2---8.71 Å20 Å2
3---16.7 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.56 Å0.43 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.69 Å0.47 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2042 0 0 81 2123
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.37
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.51.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.552
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.442.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.056 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.472 72 5.1 %
Rwork0.37 1342 -
obs--84.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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