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万見
- PDB-2r3v: The Biochemical and Structural Basis for Feedback Inhibition of M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r3v
タイトルThe Biochemical and Structural Basis for Feedback Inhibition of Mevalonate Kinase and Isoprenoid Metabolism
要素Mevalonate kinase
キーワードTRANSFERASE / Mevalonate Kinase / Farnesyl thiodiphophate / ATP-binding / Cataract / Cholesterol biosynthesis / Cytoplasm / Disease mutation / Lipid synthesis / Nucleotide-binding / Peroxisome / Polymorphism / Steroid biosynthesis / Sterol biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / intracellular membrane-bounded organelle ...mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / Cholesterol biosynthesis / isoprenoid biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / intracellular membrane-bounded organelle / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Fu, Z. / Voynova, N.E. / Miziorko, H.M. / Kim, J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Biochemical and Structural Basis for Feedback Inhibition of Mevalonate Kinase and Isoprenoid Metabolism.
著者: Fu, Z. / Voynova, N.E. / Herdendorf, T.J. / Miziorko, H.M. / Kim, J.J.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mevalonate kinase
B: Mevalonate kinase
C: Mevalonate kinase
D: Mevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,9914
ポリマ－169,9914
非ポリマー00
水4,053225
1
A: Mevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4981
ポリマ－42,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Mevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4981
ポリマ－42,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Mevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4981
ポリマ－42,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Mevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4981
ポリマ－42,4981
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Mevalonate kinase
B: Mevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9962
ポリマ－84,9962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area33150 Å2
手法PISA
6
C: Mevalonate kinase
D: Mevalonate kinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9962
ポリマ－84,9962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area32980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.030, 78.200, 109.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.33, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Mevalonate kinase / MK


分子量: 42497.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MVK / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 DE3 / 参照: UniProt: Q03426, mevalonate kinase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.85 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: MES buffer, PEG5k MME, ammonium sulfate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年8月25日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→29.37 Å / Num. obs: 46347 / % possible obs: 84.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.18 / % possible all: 44.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MERLOT位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1kvk

1kvk


解像度: 2.5→29.37 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 404877.72 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 3916 8.5 %RANDOM
Rwork0.239 ---
obs0.239 46301 84.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.6162 Å2 / ksol: 0.269456 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 48.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.52 Å20 Å2-5.55 Å2
2--27.2 Å20 Å2
3----12.68 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.37 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.61 Å0.58 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→29.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11710 0 0 225 11935
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.91
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 197 8.2 %
Rwork0.372 2216 -
obs--44.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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