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万見
- PDB-2r42: The Biochemical and Structural Basis for feedback Inhibition of M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r42
タイトルThe Biochemical and Structural Basis for feedback Inhibition of Mevalonate Kinase and Isoprenoid Metabolism
要素Mevalonate kinase
キーワードTRANSFERASE / Mevalonate Kinase / Farnesyl Thiodiphosphate / ATP-binding / Cholesterol biosynthesis / Cytoplasm / Lipid synthesis / Nucleotide-binding / Peroxisome / Steroid biosynthesis / Sterol biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


Cholesterol biosynthesis / isoprenoid metabolic process / mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / regulation of cholesterol biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / sequence-specific mRNA binding / cholesterol biosynthetic process ...Cholesterol biosynthesis / isoprenoid metabolic process / mevalonate kinase / mevalonate kinase activity / regulation of cholesterol biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / sterol metabolic process / isoprenoid biosynthetic process / sequence-specific mRNA binding / cholesterol biosynthetic process / negative regulation of inflammatory response / peroxisome / negative regulation of translation / mRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Mevalonate kinase / GHMP kinase, ATP-binding, conserved site / GHMP kinases putative ATP-binding domain. / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases C terminal / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinase N-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FPS / Mevalonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Fu, Z. / Voynova, N.E. / Miziorko, H.M. / Kim, J.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Biochemical and Structural Basis for Feedback Inhibition of Mevalonate Kinase and Isoprenoid Metabolism.
著者: Fu, Z. / Voynova, N.E. / Herdendorf, T.J. / Miziorko, H.M. / Kim, J.J.
履歴
登録2007年8月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mevalonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4553
ポリマ－42,0331
非ポリマー4232
水1,31573
1
A: Mevalonate kinase
ヘテロ分子

A: Mevalonate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,9116
ポリマ－84,0652
非ポリマー8454
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-47.7 kcal/mol
Surface area31660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.990, 118.430, 42.860
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Mevalonate kinase / MK


分子量: 42032.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mvk / プラスミド: pET-3d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P17256, mevalonate kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FPS / S-[(2E,6E)-3,7,11-TRIMETHYLDODECA-2,6,10-TRIENYL] TRIHYDROGEN THIODIPHOSPHATE / FARNESYL THIOPYROPHOSPHATE


分子量: 398.392 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H28O6P2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.76 %
結晶化温度: 277 K / pH: 7.5
詳細: HEPES buffer, PEG5000 MME, MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.50

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年6月15日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→28.03 Å / Num. obs: 13785 / % possible obs: 84.4 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.5 % / Biso Wilson estimate: 43 Å2 / Rsym value: 0.111 / Net I/σ(I): 12.23
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 1.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Rsym value: 0.327 / % possible all: 48.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.4→28.03 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 1072536.65 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 1391 10.2 %RANDOM
Rwork0.235 ---
obs0.235 13651 84.4 %-
all-12847 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 45.81 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 52.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.59 Å20 Å20 Å2
2---2.83 Å20 Å2
3----6.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.58 Å0.52 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2804 0 21 73 2898
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.98
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.491.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.572
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it4.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.332.5
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / Rfactor Rfree error: 0.04 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.379 91 11 %
Rwork0.387 740 -
obs--52.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4FSP.PARFSP.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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