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- PDB-2r1h: met-Trout IV hemoglobin at pH 6.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2r1h
タイトルmet-Trout IV hemoglobin at pH 6.3
要素
  • Hemoglobin subunit alpha-4
  • Hemoglobin subunit beta-4
キーワードOXYGEN BINDING / trout hemoglobin / autoxidation / hemin loss / heme pocket / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


haptoglobin binding / organic acid binding / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / blood microparticle / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily ...Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit beta-4 / Hemoglobin subunit alpha-4
類似検索 - 構成要素
生物種Oncorhynchus mykiss (アルビノ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Aranda IV, R. / Worley, C.E. / Richards, M.P. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of fish versus mammalian hemoglobins: Effect of the heme pocket environment on autooxidation and hemin loss.
著者: Aranda, R. / Cai, H. / Worley, C.E. / Levin, E.J. / Li, R. / Olson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Richards, M.P.
履歴
登録2007年8月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22013年1月30日Group: Database references / Structure summary
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha-4
B: Hemoglobin subunit beta-4
C: Hemoglobin subunit alpha-4
D: Hemoglobin subunit beta-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,55613
ポリマ－63,7804
非ポリマー2,7769
水6,341352
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13530 Å2
ΔGint-89.7 kcal/mol
Surface area22070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.063, 62.998, 77.016
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.200, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha-4 / Hemoglobin alpha-4 chain / Alpha-4- globin


分子量: 15851.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 参照: UniProt: P14527
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta-4 / Hemoglobin beta-4 chain / Beta-4-globin / Hemoglobin beta-IV chain


分子量: 16038.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Oncorhynchus mykiss (アルビノ) / 参照: UniProt: P02141
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 352 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.33 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 20% PEG 4K, 0.1 M BisTris , pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→76.9 Å / Num. obs: 42904

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.9→76.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 6.917 / SU ML: 0.113 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22 2132 5 %RANDOM
Rwork0.17 ---
obs0.172 42596 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.883 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20 Å2-0.91 Å2
2---2.1 Å20 Å2
3---1.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→76.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4496 0 192 352 5040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0224933
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4082.0646773
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0955605
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.85124.184196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.24315807
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4151520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2743
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023704
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.22675
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23421
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1480.2347
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1790.233
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1390.212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7281.53028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.04324770
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.86632189
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6914.51978
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 126 -
Rwork0.218 2673 -
all-2799 -
obs--87.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.2371-5.6768-1.426610.86550.67330.9244-0.1902-0.6217-0.21931.14960.34730.5733-0.07880.0603-0.15720.32150.04840.07140.06040.0411-0.17118.9412-1.240640.7044
23.5067-1.43760.412.0150.04354.6516-0.01080.1739-0.0680.1914-0.0053-0.39060.01830.26440.01620.0228-0.0034-0.06020.08560.01640.070719.8426-4.318523.9476
32.0147-0.4453-1.36762.9456-0.11492.8898-0.0663-0.1663-0.02240.4974-0.0028-0.5870.14520.24080.06920.07190.0229-0.13060.07380.01490.039225.3896-2.936731.7061
414.44292.0602-7.87035.0836-1.91269.14110.1492-0.55830.28641.0245-0.168-0.321-0.74830.35440.01880.2775-0.0227-0.2077-0.07-0.0516-0.071122.323311.524339.0238
51.64540.70170.00583.8239-0.48880.8221-0.073-0.0437-0.00740.63420.1038-0.0041-0.0496-0.0709-0.03080.15140.02280.00950.08790.0186-0.037812.29751.256730.3609
65.24543.4688-2.1825.5718-2.39821.7090.0499-0.14080.26821.0933-0.0008-0.0388-0.5198-0.0241-0.04910.2107-0.0006-0.10280.031-0.0393-0.014319.078113.679232.941
725.2659-16.42370.155231.07027.017323.05070.82871.89371.1883-1.3476-1.0788-0.9653-0.14620.9980.25010.02010.0780.05260.10010.0854-0.092215.5392-8.61365.0103
80.6397-1.34590.48052.9958-0.63771.21160.016-0.0528-0.18920.03560.21030.61720.0882-0.2317-0.2263-0.024-0.03630.02290.07310.05650.1482-1.0427-2.513119.0094
96.6156-0.4314-0.78423.8706-5.51358.15160.1867-0.6847-0.60550.55130.6050.9497-0.6308-0.9154-0.7917-0.04490.07870.13710.28650.25520.4624-12.26561.509925.4145
1017.3833-5.6084-15.8344.1893.455420.584-0.26240.5461-0.442-0.50130.16281.19020.8379-0.63830.09960.0116-0.0728-0.1722-0.04330.01410.2083-1.4039-6.59698.4628
116.5854-7.4072-4.817214.75797.94076.60750.0820.0804-0.1484-0.6495-0.14190.67-0.0585-0.10620.060.1041-0.0012-0.16590.03170.03630.0123-0.67484.60053.2545
120.9897-1.15120.57854.4054-0.66840.86020.07920.06-0.0752-0.2109-0.03220.25170.0754-0.0008-0.04690.0333-0.0144-0.02760.08990.00140.04096.0549-0.008615.0777
135.7825-4.45034.5588.6745-9.447220.5351-0.1831-0.56170.60270.34840.3374-0.05020.4198-0.1055-0.15440.09010.0245-0.2625-0.0289-0.10140.149121.561731.814930.7208
141.569-0.67690.93326.71371.97732.58520.0450.07330.1127-0.1385-0.0765-0.34-0.1395-0.10490.03150.01840.00280.03420.08910.00650.0319.686632.730614.1549
151.6857-0.36541.00724.6783-0.22251.4165-0.10980.00250.06340.06050.07270.4477-0.0964-0.06630.03710.00680.00970.02770.11210.00380.04231.279129.758616.6284
165.44524.44023.631112.66012.83524.20320.1052-0.51050.31971.8274-0.07080.7042-0.0624-0.1402-0.03430.26770.03240.17320.06070.0136-0.11392.78824.246430.69
171.8772-0.2026-0.1494.9252-0.06880.9319-0.04980.00780.13950.21770.0305-0.7614-0.0378-0.01950.0192-0.00350.0082-0.0430.0509-0.01720.107417.393428.169418.99
183.98582.4796-1.036612.4837-1.35321.81690.052-0.0791-0.16661.7741-0.0018-0.0445-0.3967-0.0417-0.05020.28230.06190.00810.0650.002-0.13477.153519.206430.0738
199.53150.73351.430310.63722.0182.28310.40250.431-0.1082-1.4906-0.3997-0.4688-0.0064-0.0388-0.00290.36040.13120.170.05920.0383-0.095116.915920.4536-4.2753
202.1943-2.8707-0.1933.8060.55671.8588-0.15110.03160.67050.08380.0325-1.405-0.05830.15360.1185-0.1489-0.01680.0149-0.02360.02360.469431.971619.899915.6502
217.58783.15545.04857.22473.4636.50950.2692-0.13150.229-0.0625-0.2574-1.9650.26330.4131-0.01180.07990.04550.21560.04480.13250.685534.215219.88468.6301
222.4464-0.40851.31252.81012.11386.71090.05780.1179-0.1413-0.3447-0.1136-0.47490.07350.29640.0559-0.01570.02060.13330.00020.02380.179728.23515.57057.6528
231.6467-1.80050.49365.70240.10080.71750.15170.14140.1385-0.638-0.1806-0.60980.02770.06840.02890.02720.01760.1560.06960.03780.076719.229121.58896.6597
243.94093.0985-3.13218.3056-8.542511.04320.24930.8262-0.8397-0.94340.3804-0.1190.9409-0.622-0.62970.14540.02680.00770.0325-0.04540.20724.4601-0.32649.6028
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 232 - 24
2X-RAY DIFFRACTION2AA24 - 3925 - 40
3X-RAY DIFFRACTION3AA40 - 7341 - 74
4X-RAY DIFFRACTION4AA74 - 9075 - 91
5X-RAY DIFFRACTION5AA91 - 13092 - 131
6X-RAY DIFFRACTION6AA131 - 142132 - 143
7X-RAY DIFFRACTION7BB1 - 61 - 6
8X-RAY DIFFRACTION8BB7 - 447 - 44
9X-RAY DIFFRACTION9BB45 - 6445 - 64
10X-RAY DIFFRACTION10BB65 - 7865 - 78
11X-RAY DIFFRACTION11BB79 - 9579 - 95
12X-RAY DIFFRACTION12BB96 - 14796 - 147
13X-RAY DIFFRACTION13CC1 - 132 - 14
14X-RAY DIFFRACTION14CC14 - 3715 - 38
15X-RAY DIFFRACTION15CC38 - 7239 - 73
16X-RAY DIFFRACTION16CC73 - 9574 - 96
17X-RAY DIFFRACTION17CC96 - 13097 - 131
18X-RAY DIFFRACTION18CC131 - 142132 - 143
19X-RAY DIFFRACTION19DD1 - 181 - 18
20X-RAY DIFFRACTION20DD19 - 4419 - 44
21X-RAY DIFFRACTION21DD45 - 7845 - 78
22X-RAY DIFFRACTION22DD79 - 10279 - 102
23X-RAY DIFFRACTION23DD103 - 142103 - 142
24X-RAY DIFFRACTION24DD143 - 147143 - 147

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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