+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2qss | ||||||
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Title | Bovine hemoglobin at pH 6.3 | ||||||
Components |
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Keywords | OXYGEN BINDING / hemoglobin / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport | ||||||
Function / homology | Function and homology information Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding ...Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / organic acid binding / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bos taurus (cattle) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Aranda IV, R. / Richards, M.P. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
Citation | Journal: Proteins / Year: 2008 Title: Structural analysis of fish versus mammalian hemoglobins: Effect of the heme pocket environment on autooxidation and hemin loss. Authors: Aranda, R. / Cai, H. / Worley, C.E. / Levin, E.J. / Li, R. / Olson, J.S. / Phillips, G.N. / Richards, M.P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2qss.cif.gz | 143.6 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb2qss.ent.gz | 114.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2qss.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2qss_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 2qss_full_validation.pdf.gz | 1.8 MB | Display | |
Data in XML | 2qss_validation.xml.gz | 32.7 KB | Display | |
Data in CIF | 2qss_validation.cif.gz | 46.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qss ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qs/2qss | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 2qspSC 2r1hC 3bj1C 3bj2C 3bj3C S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15077.171 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P01966 #2: Protein | Mass: 15977.382 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Bos taurus (cattle) / References: UniProt: P02070 #3: Chemical | ChemComp-CMO / #4: Chemical | ChemComp-HEM / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.1 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.3 Details: 0.3 M Na Cacodylate 17% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 93 K |
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Diffraction source | Source: ROTATING ANODE / Type: BRUKER AXS MICROSTAR / Wavelength: 1.5418 Å |
Detector | Type: BRUKER PROTEUM-R / Detector: CCD / Date: Jul 1, 2006 / Details: MONTEL OPTICS |
Radiation | Monochromator: GRADED MULTILAYER / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→63.63 Å / Num. obs: 59622 / % possible obs: 98.6 % |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.8 Å / Redundancy: 4 % / % possible all: 83.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Starting model: 2QSP Resolution: 1.75→63.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.721 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 23.193 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→63.63 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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