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- PDB-2qss: Bovine hemoglobin at pH 6.3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qss
タイトルBovine hemoglobin at pH 6.3
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN BINDING / hemoglobin / Heme / Iron / Metal-binding / Oxygen transport / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex ...Scavenging of heme from plasma / Heme signaling / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Cytoprotection by HMOX1 / Neutrophil degranulation / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Aranda IV, R. / Richards, M.P. / Phillips Jr., G.N.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2008
タイトル: Structural analysis of fish versus mammalian hemoglobins: Effect of the heme pocket environment on autooxidation and hemin loss.
著者: Aranda, R. / Cai, H. / Worley, C.E. / Levin, E.J. / Li, R. / Olson, J.S. / Phillips, G.N. / Richards, M.P.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,68712
ポリマ－62,1094
非ポリマー2,5788
水11,115617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.999, 78.381, 109.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin alpha chain / Alpha-globin


分子量: 15077.171 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P01966
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin beta chain / Beta-globin


分子量: 15977.382 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02070
#3: 化合物
ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#4: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 617 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 0.3 M Na Cacodylate 17% PEG 3350, pH 6.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PROTEUM-R / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月1日 / 詳細: MONTEL OPTICS
放射モノクロメーター: GRADED MULTILAYER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→63.63 Å / Num. obs: 59622 / % possible obs: 98.6 %
反射 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4 % / % possible all: 83.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
SAINTデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化開始モデル: 2QSP

2qsp


解像度: 1.75→63.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 4.721 / SU ML: 0.088 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.129 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2878 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
all0.18 ---
obs0.18 56091 98.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.193 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.31 Å20 Å20 Å2
2--0.39 Å20 Å2
3----0.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→63.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4386 0 180 617 5183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0214823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.382.0086626
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9175599
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90624.031191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.03115774
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.8431516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2720
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023666
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2180.22571
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3040.23328
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1520.2509
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1070.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2090.265
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1520.237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8291.52958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.23524676
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99532124
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.9244.51930
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 171 -
Rwork0.275 3291 -
all-3462 -
obs--83.5 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.95873.35643.4276.37555.51336.73070.1742-0.1428-0.16020.2422-0.17960.04350.3136-0.09580.00540.01570.00110.02920.0413-0.03130.049930.9722-14.093712.3713
24.0479-1.01510.11081.9180.17931.77140.0177-0.12780.13930.02960.0383-0.0679-0.03380.1315-0.0560.0396-0.00140.00820.0614-0.01170.032729.48881.402825.4964
312.48713.38054.94412.9358-0.95754.5666-0.0268-0.49780.3310.1635-0.2118-0.0858-0.2849-0.08120.23860.0010.0087-0.01510.0656-0.0524-0.011222.66154.123435.1724
40.64260.53110.06736.48015.2095.6532-0.0429-0.1967-0.08070.069-0.01020.0220.1207-0.03680.05310.03370.0143-0.00970.08830.0160.012729.2401-6.944630.5715
56.7817-3.667-5.19553.01912.37317.4219-0.2388-0.1724-0.8547-0.05190.03370.25160.8606-0.07450.20510.0789-0.03440.0054-0.04680.010.044121.137-17.172724.4429
61.66980.1633-0.63340.5227-0.04931.5136-0.0357-0.0419-0.05370.03170.02020.00830.0762-0.08310.01550.0433-0.00180.0050.04340.00160.032923.5028-4.737318.5416
732.4946-12.0456-14.12759.10099.71710.4717-1.1072-0.6836-1.69710.22920.48131.61031.0977-0.5870.62590.005-0.07930.10290.12520.01850.13438.8968-12.520224.7982
827.88621.9155-19.121917.1971-6.233914.53080.3492-2.35450.76841.1473-0.15960.747-1.2613-0.604-0.18950.35270.2477-0.22360.2012-0.16130.166324.49222.986720.8741
93.9768-0.9799-0.98864.28673.21192.4238-0.06140.41850.2425-0.49150.0583-0.5212-0.50340.15530.00310.1312-0.0792-0.0139-0.04350.05270.025933.794316.89159.1165
101.07110.57170.53371.3694-0.43322.4276-0.05050.2321-0.0331-0.2190.0102-0.0228-0.07450.07380.04030.0372-0.02520.01940.07110.0087-0.012123.95640.1599-2.5356
110.7058-1.4061-1.43814.89776.57669.5013-0.210.24490.352-0.40550.0945-0.1207-0.8980.28690.11550.2237-0.1236-0.0434-0.00350.0841-0.01426.743515.00910.3705
125.9733-1.34790.13428.412510.430414.0197-0.5944-0.02151.0903-0.6207-0.62271.3999-1.4657-0.98481.2170.2480.0949-0.2331-0.06790.03850.126516.63821.93466.9593
132.1550.7790.83080.9760.57051.7562-0.18360.03610.2591-0.14530.0390.1262-0.2588-0.07820.14470.0944-0.0015-0.01280.00870.02510.062422.774910.186910.0667
1424.55525.036410.414213.809-4.14869.7842-1.5495-1.28881.69450.78080.93751.3234-0.7345-1.27490.6120.02890.2389-0.11480.0132-0.00680.1517.693114.74765.5975
155.016-1.66613.84962.0026-2.17165.97090.05260.0566-0.10720.0722-0.1646-0.00630.16680.10740.1120.0304-0.00450.01480.00060.00250.0833-4.5031-20.03813.5659
162.3121-0.2227-0.8672.57391.75812.10580.13820.20990.1001-0.108-0.10240.0192-0.2064-0.1314-0.03580.06490.01170.0190.06940.00150.0102-4.9432-3.46341.0562
171.00610.2564-0.53971.8619-1.37821.9885-0.01060.2054-0.0488-0.09910.01630.0170.0188-0.0335-0.00570.0347-0.01770.01730.0823-0.04040.0284-2.2123-9.1658-4.8439
186.67431.7051-2.407210.1472-5.04732.8910.05330.1924-0.5506-0.5939-0.4996-1.19010.24180.16060.4464-0.05020.04620.0628-0.0444-0.0010.28136.7334-23.42577.2612
194.54830.1756-1.77130.57190.07511.7338-0.04820.1854-0.2785-0.03910.0133-0.1022-0.0320.07530.03490.0513-0.00850.00710.0417-0.02750.05223.3301-8.54784.2188
204.4322-0.4507-2.522.34730.46162.7093-0.07360.0382-0.08710.05620.0417-0.27020.16980.080.03180.0203-0.0182-0.0110.01430.01520.08260.0479-12.926814.4547
2132.8534-13.6404-19.959521.421211.235912.6778-0.3326-0.47021.4291-2.72810.1833-0.95850.17121.02790.14940.1878-0.05810.11110.2044-0.13240.166318.049-12.46272.0325
223.0317-0.6514-1.27983.1984-2.37694.96780.1437-0.01580.3789-0.3971-0.1888-0.4617-0.17690.16480.04510.06320.01480.0741-0.0302-0.00490.0731-15.026910.828711.3795
231.6127-0.08190.8331.28280.3912.51820.1211-0.36910.00240.125-0.06770.0113-0.0631-0.0015-0.05350.0275-0.04640.0060.0925-0.00910.0083-1.99-2.343728.2742
242.4614-0.67040.63422.8185-0.89792.00950.1579-0.450.17010.0227-0.15310.13570.073-0.177-0.00480.0176-0.05820.03320.1099-0.08540.0211-8.54222.621628.6872
257.6373-5.49758.29955.2906-5.079312.2878-0.02270.26390.2106-0.0042-0.0538-0.1892-0.76420.45940.07650.1004-0.02020.0678-0.0015-0.04920.04150.586916.820822.7531
266.17551.29552.03421.45230.83441.60250-0.00620.1926-0.01520.0022-0.0482-0.04160.1022-0.00220.0661-0.0040.03110.0289-0.01810.0221-3.09461.680218.5359
272.79540.91421.47141.86541.29672.40430.10920.14270.07860.06290.0267-0.0054-0.1449-0.0098-0.13590.06880.00830.04350.02240.0080.045-7.82456.402910.326
28109.387190.1741-24.3412237.63110.932911.30111.2258-3.74630.092-4.13261.0688-5.13680.3363-0.0418-2.29460.2-0.3069-0.00630.1559-0.09220.20659.736615.515320.0268
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 161 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2AA17 - 3917 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3AA40 - 5140 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4AA52 - 6952 - 69
5X-RAY DIFFRACTION5AA70 - 8770 - 87
6X-RAY DIFFRACTION6AA88 - 13688 - 136
7X-RAY DIFFRACTION7AA137 - 141137 - 141
8X-RAY DIFFRACTION8BB1 - 61 - 6
9X-RAY DIFFRACTION9BB7 - 227 - 22
10X-RAY DIFFRACTION10BB23 - 5623 - 56
11X-RAY DIFFRACTION11BB57 - 7657 - 76
12X-RAY DIFFRACTION12BB77 - 8777 - 87
13X-RAY DIFFRACTION13BB88 - 13988 - 139
14X-RAY DIFFRACTION14BB140 - 145140 - 145
15X-RAY DIFFRACTION15CC1 - 201 - 20
16X-RAY DIFFRACTION16CC21 - 4021 - 40
17X-RAY DIFFRACTION17CC41 - 7041 - 70
18X-RAY DIFFRACTION18CC71 - 8171 - 81
19X-RAY DIFFRACTION19CC82 - 11582 - 115
20X-RAY DIFFRACTION20CC116 - 136116 - 136
21X-RAY DIFFRACTION21CC137 - 141137 - 141
22X-RAY DIFFRACTION22DD1 - 191 - 19
23X-RAY DIFFRACTION23DD20 - 4620 - 46
24X-RAY DIFFRACTION24DD47 - 7547 - 75
25X-RAY DIFFRACTION25DD76 - 9576 - 95
26X-RAY DIFFRACTION26DD96 - 11896 - 118
27X-RAY DIFFRACTION27DD119 - 140119 - 140
28X-RAY DIFFRACTION28DD141 - 145141 - 145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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