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- PDB-1buw: CRYSTAL STRUCTURE OF S-NITROSO-NITROSYL HUMAN HEMOGLOBIN A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1buw
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF S-NITROSO-NITROSYL HUMAN HEMOGLOBIN A
要素(PROTEIN (HEMOGLOBIN)) x 2
キーワードOXYGEN STORAGE/TRANSPORT / OXYGEN TRANSPORT AND VASODILATION / OXYGEN STORAGE-TRANSPORT COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


: / haptoglobin binding / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport ...: / haptoglobin binding / nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / haptoglobin-hemoglobin complex / renal absorption / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / inflammatory response / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / OTHER / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chan, N.-L. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of the S-nitroso form of liganded human hemoglobin.
著者: Chan, N.L. / Rogers, P.H. / Arnone, A.
履歴
登録1998年9月6日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01998年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
B: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
C: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
D: PROTEIN (HEMOGLOBIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,72512
ポリマ－62,1394
非ポリマー2,5868
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11150 Å2
ΔGint-118 kcal/mol
Surface area23570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.100, 101.200, 61.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.202601, -0.326635, 0.923181), (-0.333979, -0.909257, -0.248414), (0.920549, -0.257994, -0.293305)
ベクター: 39.80348, 43.16976, 33.84707)

-
要素

#1: タンパク質 PROTEIN (HEMOGLOBIN) / S-NITROSO-NITROSYLHB


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUDATED BLOOD DRAWN FROM HEALTHY NON-SMOKER. / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELL / 参照: UniProt: P69905
#2: タンパク質 PROTEIN (HEMOGLOBIN) / S-NITROSO-NITROSYLHB


分子量: 15919.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: OUDATED BLOOD DRAWN FROM HEALTHY NON-SMOKER. / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / Cell: RED BLOOD CELL / 参照: UniProt: P02023, UniProt: P68871*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物
ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide


分子量: 30.006 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS STRUCTURE PROVIDES THE FIRST DIRECT VISUALIZATION OF AN S-NITROSYLATED PROTEIN.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.06 %
結晶化pH: 5.8
詳細: 1% PROTEIN 100 MM SODIUM CACODYLATE, PH 5.8 16% PEG 6000
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Silva, M.M., (1992) J. Biol. Chem., 267, 17248.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 %protein solution1reservoir
2100 mMcacodylate1reservoirtitrating sodium cacodylate with HCl to pH5.8
316 %PEG60001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SDMS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1997年4月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→20 Å / Num. obs: 55671 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.9 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.77→1.9 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 77
反射
*PLUS
% possible obs: 93 % / Num. measured all: 273695 / Rmerge(I) obs: 0.07

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: OTHER
開始モデル: PDB ENTRY 1BBB

1bbb


解像度: 1.9→8 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 5063 10 %EVERY 10TH REFLECTION
Rwork0.184 ---
obs0.184 55671 93 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4342 0 180 196 4718
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARAM19X.PROTOPH19X.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19X.HEMETOPH19X.HEME
ソフトウェア
*PLUS
バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 1.9 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 10 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.010.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONx_planar_d0.0370.03
X-RAY DIFFRACTIONx_plane_restr0.010.01
X-RAY DIFFRACTIONx_chiral_restr0.1190.08

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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