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- PDB-2qsj: Crystal structure of a LuxR family DNA-binding response regulator... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qsj
タイトルCrystal structure of a LuxR family DNA-binding response regulator from Silicibacter pomeroyi
要素DNA-binding response regulator, LuxR family
キーワードTRANSCRIPTION / STRUCTURAL GENOMICS / DNA BINDING / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
: / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...: / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-binding response regulator, LuxR family
類似検索 - 構成要素
生物種Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Mendoza, M. / Romero, R. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a LuxR family DNA-binding response regulator from Silicibacter pomeroyi.
著者: Bonanno, J.B. / Freeman, J. / Bain, K.T. / Mendoza, M. / Romero, R. / Smith, D. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2007年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年8月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 300 BIOMOLECULE: 1, 2, 3 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY ... BIOMOLECULE: 1, 2, 3 SEE REMARK 350 FOR THE AUTHOR PROVIDED AND PROGRAM GENERATED ASSEMBLY INFORMATION FOR THE STRUCTURE IN THIS ENTRY. THE REMARK MAY ALSO PROVIDE INFORMATION ON BURIED SURFACE AREA. AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS POLYPEPTIDE IS PROBABLE.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-binding response regulator, LuxR family
B: DNA-binding response regulator, LuxR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1372
ポリマ－33,1372
非ポリマー00
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA-binding response regulator, LuxR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5691
ポリマ－16,5691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: DNA-binding response regulator, LuxR family


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5691
ポリマ－16,5691
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.459, 57.459, 111.354
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
詳細probable dimer

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要素

#1: タンパク質 DNA-binding response regulator, LuxR family


分子量: 16568.732 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 2-144 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Silicibacter pomeroyi DSS-3 (バクテリア)
生物種: Silicibacter pomeroyi / 株: DSS-3, DSM 15171 / 遺伝子: SPO2369 / プラスミド: modified pET26 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LQW4
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM Bis-Tris pH 5.5, 17% PEG 10000, 100 mM Ammonium acetate, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月29日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→57.459 Å / Num. all: 21057 / Num. obs: 21057 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.6 % / Biso Wilson estimate: 46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 24.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 12.6 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / Num. unique all: 3084 / Rsym value: 0.592 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 5.048 / SU ML: 0.136 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.267 1079 5.1 %RANDOM
Rwork0.228 ---
all0.23 21028 --
obs0.23 21028 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 60.255 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.33 Å20 Å20 Å2
2--0.33 Å20 Å2
3----0.66 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1825 0 0 29 1854
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0221847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5541.9892504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1325236
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.29424.28677
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.47515309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5261512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2312
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.021350
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2793
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.21277
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.276
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2840.236
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1270.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2411.51239
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1321907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7613672
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4434.5597
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 79 -
Rwork0.275 1459 -
all-1538 -
obs-1459 99.94 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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