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- PDB-2qqk: Neuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocki... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2qqk
タイトルNeuropilin-2 a1a2b1b2 Domains in Complex with a Semaphorin-Blocking Fab
要素
  • Antibody Heavy Chain
  • Antibody Light Chain
  • Neuropilin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / VEGF receptor / semaphorin receptor / Phage-Derived Antibody / Developmental protein / Differentiation / Glycoprotein / Membrane / Neurogenesis / Transmembrane / HORMONE
機能・相同性
機能・相同性情報


vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus ...vestibulocochlear nerve structural organization / dorsal root ganglion morphogenesis / ventral trunk neural crest cell migration / sympathetic neuron projection guidance / facioacoustic ganglion development / trigeminal ganglion development / trigeminal nerve structural organization / sensory neuron axon guidance / facial nerve structural organization / gonadotrophin-releasing hormone neuronal migration to the hypothalamus / branchiomotor neuron axon guidance / axon extension involved in axon guidance / sympathetic neuron projection extension / NrCAM interactions / Neurophilin interactions with VEGF and VEGFR / neural crest cell migration involved in autonomic nervous system development / sympathetic ganglion development / vascular endothelial growth factor receptor activity / nerve development / semaphorin receptor complex / semaphorin receptor activity / outflow tract septum morphogenesis / regulation of postsynapse organization / negative chemotaxis / growth factor binding / cytokine binding / semaphorin-plexin signaling pathway / positive regulation of endothelial cell proliferation / positive regulation of endothelial cell migration / axon guidance / cellular response to leukemia inhibitory factor / signaling receptor activity / heparin binding / angiogenesis / postsynaptic membrane / cell adhesion / axon / glutamatergic synapse / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Spermadhesin, CUB domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. ...Spermadhesin, CUB domain / Neuropilin / Neuropilin, C-terminal / C-terminal domain of neuropilin glycoprotein / Domain in meprin, A5, receptor protein tyrosine phosphatase mu (and others) / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / MAM domain, meprin/A5/mu / MAM domain / MAM domain profile. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / CUB domain / Domain first found in C1r, C1s, uEGF, and bone morphogenetic protein. / CUB domain / CUB domain profile. / Spermadhesin, CUB domain superfamily / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Galactose-binding domain-like / Galactose-binding-like domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Appleton, B.A. / Wiesmann, C.
引用ジャーナル: Embo J. / : 2007
タイトル: Structural studies of neuropilin/antibody complexes provide insights into semaphorin and VEGF binding
著者: Appleton, B.A. / Wu, P. / Maloney, J. / Yin, J. / Liang, W.C. / Stawicki, S. / Mortara, K. / Bowman, K.K. / Elliott, J.M. / Desmarais, W. / Bazan, J.F. / Bagri, A. / Tessier-Lavigne, M. / ...著者: Appleton, B.A. / Wu, P. / Maloney, J. / Yin, J. / Liang, W.C. / Stawicki, S. / Mortara, K. / Bowman, K.K. / Elliott, J.M. / Desmarais, W. / Bazan, J.F. / Bagri, A. / Tessier-Lavigne, M. / Koch, A.W. / Wu, Y. / Watts, R.J. / Wiesmann, C.
履歴
登録2007年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32020年7月29日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat ...chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuropilin-2
H: Antibody Heavy Chain
L: Antibody Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,0185
ポリマ-113,5763
非ポリマー4422
00
1
A: Neuropilin-2
ヘテロ分子

A: Neuropilin-2
ヘテロ分子

H: Antibody Heavy Chain
L: Antibody Light Chain

H: Antibody Heavy Chain
L: Antibody Light Chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)228,03710
ポリマ-227,1526
非ポリマー8854
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_453-x-1,y,-z-21
crystal symmetry operation3_444x-1/2,y-1/2,z-11
crystal symmetry operation4_444-x-1/2,y-1/2,-z-11
Buried area14470 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)148.277, 105.873, 92.400
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.830, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Neuropilin-2 / Vascular endothelial cell growth factor 165 receptor 2


分子量: 65385.332 Da / 分子数: 1 / 断片: CUB 1, CUB2, F5/8 type C 1, and C2 domains / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NRP2, VEGF165R2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O60462
#2: 抗体 Antibody Heavy Chain


分子量: 24847.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Antibody Light Chain


分子量: 23342.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / : C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.01 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes, 22% polyacrylic acid 5100, 0.02 M MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→50 Å / Num. obs: 36321 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 75.4 Å2 / Rsym value: 0.104 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 3599 / Rsym value: 0.527 / Χ2: 0.852 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QQJ (b1b2 domains), 2FJH (antibody), 1NT0 (a2 domain)
解像度: 2.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 25.301 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.723 / ESU R Free: 0.321 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1830 5 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.189 34487 98.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.912 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.09 Å20 Å2-2.82 Å2
2--4.17 Å20 Å2
3----7.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7593 0 28 0 7621
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0227828
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2581.95210646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8263.00312901
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8075962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.05123.902346
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.882151245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.5131543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21154
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.028695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021595
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21359
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1880.25162
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1850.23630
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.24384
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.2163
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1560.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2170.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1750.24
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2562.56180
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5042.51958
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.29757810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9172.53592
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.21252836
LS精密化 シェル解像度: 2.75→2.808 Å / Total num. of bins used: 25
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 93 -
Rwork0.27 1786 -
all-1879 -
obs--88.01 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.68290.2846-1.69841.839-1.25576.42-0.15410.231-0.06150.09190.0320.18791.3427-1.03270.12210.0566-0.28660.05050.014-0.0611-0.0872-4.7724-44.4553-42.877
27.9498-0.1591-0.13142.97080.11422.6234-0.33170.31910.6215-0.04120.07180.1517-0.67520.70010.25990.0352-0.7406-0.34330.006-0.1074-0.0622-24.2425-41.5606-72.3537
31.83490.00610.37972.26920.38473.42430.0855-0.0877-0.02370.1695-0.2087-0.09440.08390.55040.1232-0.1964-0.0668-0.03280.0478-0.0328-0.0975-33.7485-69.3803-73.9799
43.488-0.2208-0.47442.85140.20874.2845-0.2679-0.89280.35740.66090.1887-0.1353-0.43070.31440.07920.2543-0.0596-0.18250.1136-0.2654-0.209-40.5421-52.4504-47.1548
50.95850.31120.75981.12541.10243.1697-0.0821-0.0570.03820.09860.07070.00580.2444-0.0650.0114-0.0985-0.05710.0269-0.0461-0.0032-0.05395.0802-27.1663-10.9971
60.37230.57920.56044.3109-1.75317.8806-0.3555-0.41280.1967-0.06740.07590.1055-1.91420.08510.27950.2906-0.142-0.1572-0.1454-0.15710.079712.72948.2123-1.3523
70.9543-0.9180.11743.50760.86782.3485-0.1010.25970.1149-0.1978-0.0238-0.0062-0.18970.31170.1248-0.0989-0.1416-0.00140.01660.0416-0.10925.809-19.9234-31.2037
86.972-0.41356.78452.6717-1.873312.073-0.39010.64960.2698-0.48310.0649-0.3864-1.10041.71170.3252-0.0506-0.32530.05880.05060.0901-0.03319.63243.036-15.6522
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA27 - 1485 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2AA149 - 272127 - 250
3X-RAY DIFFRACTION2AD11
4X-RAY DIFFRACTION2AE6021
5X-RAY DIFFRACTION3AA273 - 428251 - 406
6X-RAY DIFFRACTION4AA429 - 594407 - 572
7X-RAY DIFFRACTION5LC1 - 1091 - 109
8X-RAY DIFFRACTION6LC110 - 211110 - 211
9X-RAY DIFFRACTION7HB1 - 1141 - 125
10X-RAY DIFFRACTION8HB115 - 213126 - 224

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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