PDB-2qac: The closed MTIP-MyosinA-tail complex from the malaria parasite in...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2qac

タイトル

The closed MTIP-MyosinA-tail complex from the malaria parasite invasion machinery

要素

Myosin A tail domain interacting protein MTIP
Myosin-A

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Malaria Invasion / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP

機能・相同性

機能・相同性情報

glideosome / inner membrane pellicle complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / actin filament organization / actin filament binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bosch, J. / Turley, S. / Roach, C.M. / Daly, T.M. / Bergman, L.W. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2007
タイトル: The Closed MTIP-Myosin A-Tail Complex from the Malaria Parasite Invasion Machinery.
著者: Bosch, J. / Turley, S. / Roach, C.M. / Daly, T.M. / Bergman, L.W. / Hol, W.G.

履歴

登録	2007年6月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年6月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2qac.cif.gz	49.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2qac.ent.gz	38.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2qac.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2qac_validation.pdf.gz	393.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2qac_full_validation.pdf.gz	393.9 KB	表示
XML形式データ	2qac_validation.xml.gz	5.6 KB	表示
CIF形式データ	2qac_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/2qac ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qa/2qac	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2auc
類似構造データ	4mzl-2 3so0-4 6flk-2 4ggn-3 4cu5-3 4mzj-d 3so1-2 4mzk-d 1ha4-d 6kq1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal002849BAT

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (6) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (1) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Myosin A tail domain interacting protein MTIP

T: Myosin-A

18.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.217, 54.120, 76.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Myosin A tail domain interacting protein MTIP 分子量: 16701.496 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 61-204 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PFL2225w / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21STAR(DE3) / 参照: UniProt: Q8I4W8
#2: タンパク質・ペプチド	Myosin-A 分子量: 1843.290 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminal tail, residues 803-817 / 由来タイプ: 合成詳細: Synthetic peptide containing the C-terminal residues of Plasmodium yoelii Myosin A, UNP entry Q7RQ71, MYOA_PLAYO, sequence position 803-817 参照: UniProt: Q7RQ71
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M KNO3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
1,2		1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.2	1	0.98
シンクロトロン	SSRL	BL9-2	2	0.97890, 0.97930, 0.90500

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 315	1	CCD	2006年3月20日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2006年4月22日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.98	1
2	0.9789	1
3	0.9793	1
4	0.905	1

反射

解像度: 1.7→20 Å / Num. all: 14110 / Num. obs: 14110 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.1 % / B_iso Wilson estimate: 26.26 Å² / R_sym value: 0.055 / Net I/σ(I): 15.2

反射シェル

解像度: 1.7→1.791 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 1073 / R_sym value: 0.643 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
ADSC	Quantum	データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 5.127 / SU ML: 0.084 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.131 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22828	739	5 %	RANDOM
R_work	0.16694	-	-	-
obs	0.16984	14109	100 %	-
all	-	14110	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.492 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.03 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1281	0	0	228	1509

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	914
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.942	1.97	1841
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.836	3	2258
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.89	5	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.746	25.857	70
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.59	15	264
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.643	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	208
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	258
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	358
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.175	0.2	1010
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	683
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	198
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.174	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.197	0.2	50
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.157	0.2	39
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.552	4	1086
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.302	4	334
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.805	6	1334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.277	6	623
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.284	10	497
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.791 Å / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	64	-
R_work	0.224	1073	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	17.2754	-3.4874	11.673	1.1079	-1.8259	8.5842	0.7991	0.5593	-1.9313	-1.2435	0.0043	0.0491	1.4183	0.9252	-0.8033	0.2773	0.122	-0.099	-0.0489	0.0153	0.1782	-16.8452	-15.2538	-8.1764
2	9.0443	-1.9552	-2.7608	14.7798	8.9012	33.3291	0.3584	-0.3768	-0.5716	0.3212	-0.1608	-0.5372	1.459	1.6457	-0.1976	0.0964	0.1897	-0.1058	0.0848	0.0185	0.0504	-12.7691	-10.698	0.4853
3	0.8689	0.3588	0.0079	0.9511	-0.1763	2.0822	0.0456	-0.0449	0.0228	0.0788	-0.0189	0.0287	-0.0069	-0.0161	-0.0267	0.077	0.0023	0.0012	0.0528	0.0027	0.0685	-21.3025	-1.1919	-2.5684
4	3.0591	-0.0916	1.1422	0.0612	-0.4983	4.1098	0.1941	-0.059	0.0653	-0.0102	-0.0103	0.0926	0.2546	-0.246	-0.1838	0.0792	-0.0237	-0.0227	0.0561	0.0423	0.0967	-29.3127	-4.705	-7.16
5	2.4308	0.5354	-1.7036	0.2166	-0.6715	2.0834	0.0831	0.0847	-0.2624	-0.056	-0.0611	-0.2032	0.1139	-0.1008	-0.022	0.0974	0.0053	0.0182	0.0367	-0.0043	0.1051	-17.0927	-6.2808	-10.6855
6	1.8552	-0.3784	0.3437	1.4509	-0.8465	2.0496	-0.1372	0.2367	-0.1441	-0.0946	0.1438	0.0881	-0.0387	0.0311	-0.0066	0.0637	-0.0035	0.019	0.0984	0.0029	0.0541	-2.4945	9.4277	-24.1777
7	1.7988	0.3048	0.0564	1.4254	-0.0627	0.5664	0.0779	-0.0058	0.2148	0.1146	-0.0038	0.0539	-0.069	0.0209	-0.0741	0.075	-0.0148	0.001	0.0521	0.0224	0.0762	-7.1648	17.032	-14.0656
8	1.7234	0.8588	-0.5176	3.1632	-0.3394	0.9963	0.0526	-0.0105	-0.1098	0.1462	-0.0164	-0.3335	-0.1279	-0.0501	-0.0362	0.0426	0.0163	-0.0059	0.0841	0.0301	0.0951	0.5324	9.9123	-13.6021
9	0.1418	0.1565	-0.6006	2.5179	-0.5463	2.5485	0.0533	0.1024	-0.0287	0.054	-0.105	-0.0395	0.0034	0.0084	0.0517	0.0548	0.0002	0.0036	0.0797	0.0134	0.0828	-11.9564	6.2308	-14.5075
10	16.5457	-4.6835	-7.6878	9.3634	15.9409	27.1449	-0.2367	-0.7043	-0.076	0.058	0.1231	0.0413	0.2612	0.7527	0.1136	0.1331	-0.034	-0.0412	0.0418	0.0129	0.0626	-9.2878	6.0796	-3.7786

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	61 - 70	3 - 12
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	71 - 76	13 - 18
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	77 - 113	19 - 55
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	114 - 125	56 - 67
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	126 - 140	68 - 82
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	141 - 155	83 - 97
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	156 - 189	98 - 131
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	190 - 204	132 - 146
9	X-RAY DIFFRACTION	9	T	B	803 - 812	1 - 10
10	X-RAY DIFFRACTION	10	T	B	813 - 817	11 - 15

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)