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- PDB-4mzj: Crystal Structure of MTIP from Plasmodium falciparum in complex w... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4mzj | ||||||
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Title | Crystal Structure of MTIP from Plasmodium falciparum in complex with pGly[801,805], a stapled myoA tail peptide | ||||||
![]() |
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![]() | PROTEIN BINDING/inhibitor / Actomyosin motor / Stapled peptides / PROTEIN BINDING-inhibitor complex | ||||||
Function / homology | ![]() pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / cytoskeletal motor activity ...pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / mitotic actomyosin contractile ring assembly / vesicle transport along actin filament / myosin complex / myosin II complex / microfilament motor activity / myosin heavy chain binding / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / actin cytoskeleton / actin binding / vesicle / calcium ion binding / ATP binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Douse, C.H. / Garnett, J.A. / Maas, S.J. / Cota, E. / Tate, E.W. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal Structures of Stapled and Hydrogen Bond Surrogate Peptides Targeting a Fully Buried Protein-Helix Interaction. Authors: Douse, C.H. / Maas, S.J. / Thomas, J.C. / Garnett, J.A. / Sun, Y. / Cota, E. / Tate, E.W. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 84.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 62.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 409.9 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 9.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 13.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4mzkC ![]() 4mzlC ![]() 4aomS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 16498.234 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: unp residues 61-204 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: 3D7 / Gene: MTIP, PFL2225w / Plasmid: pRSETA / Production host: ![]() ![]() |
---|---|
#2: Protein/peptide | ![]() Details: Synthesised peptide mimic of Plasmodium falciparum myosin A tail Source: (synth.) ![]() ![]() References: UniProt: Q8IDR3, Myosin-A, stapled peptide |
#3: Water | ChemComp-HOH / |
Sequence details | THE PEPTIDE CORRESPONDING TO CHAIN T IS A STAPLED PEPTIDE. THE NLE T 801 AND NLE T 805 ARE CYCLIZED ...THE PEPTIDE CORRESPOND |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.04 Å3/Da / Density % sol: 39.83 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: Reservoir solution: 20% PEG 3350, 0.2M NaCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 25, 2013 | |||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.47→37.8 Å / Num. all: 26670 / Num. obs: 26460 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 33.4 | |||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: pdb entry 4AOM Resolution: 1.474→37.8 Å / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.11 / Phase error: 19.08 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.73 Å / VDW probe radii: 1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 31.034 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.474→37.8 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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