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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4aom | ||||||
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タイトル | MTIP and MyoA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | MEMBRANE PROTEIN/MOTOR PROTEIN (生体膜) / MEMBRANE PROTEIN-MOTOR PROTEIN COMPLEX (生体膜) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / vesicle transport along actin filament / myosin II complex / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding ...pellicle / glideosome / inner membrane pellicle complex / vesicle transport along actin filament / myosin II complex / myosin complex / microfilament motor activity / cytoskeletal motor activity / actin filament organization / actin filament binding / マイクロフィラメント / actin binding / vesicle / calcium ion binding / ATP binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.939 Å | ||||||
データ登録者 | Salgado, P.S. / Douse, C.H. / Simpson, P.J. / Thomas, J.C. / Holder, A.A. / Tate, E.W. / Cota, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2012 タイトル: Regulation of the Plasmodium Motor Complex: Phosphorylation of Myosin a Tail Interacting Protein (Mtip) Loosens its Grip on Myoa 著者: Douse, C.H. / Green, J.L. / Salgado, P.S. / Simpson, P.J. / Thomas, J.C. / Holder, A.A. / Tate, E.W. / Cota, E. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4aom.cif.gz | 81.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4aom.ent.gz | 60.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4aom.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/4aom ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/4aom | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 2qacS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16701.496 Da / 分子数: 1 / 断片: MYOSIN-A INTERACTING DOMAIN, RESIDUES 60-204 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I4W8 |
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2137.680 Da / 分子数: 1 / 断片: TAIL, RESIDUES 799-816 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: N-TERMINAL ACETYLATED 由来: (合成) PLASMODIUM FALCIPARUM (マラリア病原虫) 参照: UniProt: Q9UAR6, UniProt: Q8IDR3*PLUS |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.5 / 詳細: 0.2M POTASSIUM THIOCYANATE, 20% PEG3350, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54187 |
検出器 | タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD |
放射 | モノクロメーター: CU / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54187 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.94→13.91 Å / Num. obs: 11754 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 5.4 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.21 / Net I/σ(I): 10.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.94→2.04 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.15 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 94.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2QAC 解像度: 1.939→13.218 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.12 / 位相誤差: 19.92 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.249 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.939→13.218 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -12.7346 Å / Origin y: -3.5085 Å / Origin z: 10.5338 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: ALL |