[日本語] English
万見
- PDB-2q8s: X-ray Crystal structure of the nuclear hormone receptor PPAR-gamm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q8s
タイトルX-ray Crystal structure of the nuclear hormone receptor PPAR-gamma in a complex with a PPAR gamma/alpha dual agonist
要素Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
キーワードhormone receptor / ligand-bound complex
機能・相同性
機能・相同性情報


prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / DNA binding domain binding / lipoprotein transport / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / response to nutrient / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / placenta development / negative regulation of angiogenesis / transcription coregulator binding / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / regulation of blood pressure / lipid metabolic process / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / double-stranded DNA binding / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type ...Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-L92 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ohren, J.F.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2008
タイトル: Effects of modifications of the linker in a series of phenylpropanoic acid derivatives: Synthesis, evaluation as PPARalpha/gamma dual agonists, and X-ray crystallographic studies.
著者: Casimiro-Garcia, A. / Bigge, C.F. / Davis, J.A. / Padalino, T. / Pulaski, J. / Ohren, J.F. / McConnell, P. / Kane, C.D. / Royer, L.J. / Stevens, K.A. / Auerbach, B.J. / Collard, W.T. / ...著者: Casimiro-Garcia, A. / Bigge, C.F. / Davis, J.A. / Padalino, T. / Pulaski, J. / Ohren, J.F. / McConnell, P. / Kane, C.D. / Royer, L.J. / Stevens, K.A. / Auerbach, B.J. / Collard, W.T. / McGregor, C. / Fakhoury, S.A. / Schaum, R.P. / Zhou, H.
履歴
登録2007年6月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4093
ポリマ－61,9942
非ポリマー4141
水1,06359
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-12.2 kcal/mol
Surface area25030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.455, 62.016, 118.660
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細Forms a homdimer in this crystal form that mimics the functional RXR heterodimer.

-
要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma


分子量: 30997.021 Da / 分子数: 2 / 断片: Ligand binding domain (residue 235-505) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物 ChemComp-L92 / (2S)-3-{4-[3-(5-METHYL-2-PHENYL-1,3-OXAZOL-4-YL)PROPYL]PHENYL}-2-(1H-PYRROL-1-YL)PROPANOIC ACID


分子量: 414.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H26N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Immidizole, 860 mM Sodium Citrate, Glycerol 5 % (v/v) , pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→35 Å / Num. all: 29706 / Num. obs: 28675 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.056 / Net I/σ(I): 26
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique all: 3509 / Rsym value: 0.375 / % possible all: 52.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry 2CRK

2crk


解像度: 2.3→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 19.306 / SU ML: 0.235 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / σ(I): 1 / ESU R: 0.352 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28223 1420 5.2 %RANDOM
Rwork0.22239 ---
obs0.2254 26150 92.81 %-
all-29706 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 74.217 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.53 Å20 Å2-1.76 Å2
2--7.23 Å20 Å2
3----5.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 0 31 59 4136
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224162
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.9985599
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.12439164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2035501
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.65825.464183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.03815809
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3451515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.060.2646
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024467
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02784
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2010.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.160.23841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1780.22046
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0860.22333
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.120.292
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2270.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.1810.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0390.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.611.53312
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0691.51022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.6924083
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.88231918
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3594.51516
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 53 -
Rwork0.312 1315 -
obs--62.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19070.193-1.52532.0149-3.69988.1767-0.31960.2062-0.1709-0.16510.28960.106-0.0285-0.71770.03-0.20450.07810.0174-0.19520.01810.00210.47149.72714.042
217.65792.63280.21025.0371-1.36947.09230.18231.33540.97970.40710.31240.4812-0.96080.2298-0.4947-0.1545-0.10870.0872-0.10270.0453-0.254615.15365.677-2.735
335.445213.5162-28.076310.5857-9.6822.43330.38790.96941.70570.11910.37850.4608-0.8896-0.3305-0.7664-0.10550.0031-0.1235-0.070.0135-0.056519.19169.80912.973
42.02721.0072-1.8760.5613-1.08357.6517-0.1532-0.24360.02820.15390.1145-0.0255-0.51350.21820.0387-0.06790.1501-0.0017-0.26310.0125-0.04449.59156.9621.355
56.21366.5032-2.51410.7176-3.60365.5415-0.1968-0.135-0.59370.15380.0478-0.8089-0.17471.28950.149-0.24480.05560.01090.061-0.0371-0.07224.25256.7739.255
61.3769-0.23041.72041.66871.07127.6384-0.2786-0.1853-0.33220.32660.26780.09590.23010.10740.0108-0.11350.21550.0718-0.2010.10110.04786.56145.41126.969
72.99593.8765-0.118211.42971.74661.16360.1335-0.5206-0.26990.4934-0.1252-0.83240.1290.5013-0.0083-0.21550.1617-0.0953-0.0368-0.0265-0.151621.53357.77422.443
82.86320.59032.39253.87132.462711.36620.2189-0.3272-0.60110.4819-0.0457-0.33410.988-0.153-0.1732-0.02680.08460.0679-0.41670.0763-0.052424.04321.61135.023
918.1485-0.41333.145110.75076.144820.32960.6275-0.8213-0.8181.0211-0.3863-0.76290.67321.5127-0.2412-0.33660.1678-0.01340.00450.1225-0.51637.42632.08255.09
106.33488.89428.828144.30334.734835.7062-0.385-0.6836-0.0421-0.08370.91470.1318-0.96642.2093-0.5297-0.1117-0.03540.09780.02420.0216-0.194244.36437.55740.717
111.835-0.3113-0.79780.95171.37317.73280.0319-0.0071-0.09330.14350.0967-0.01520.05310.2933-0.1286-0.07990.13580.0268-0.31960.0107-0.018432.04730.09629.118
1219.75777.67629.73186.24844.28279.1586-0.68820.04671.27940.0390.15920.5317-1.36650.52540.5290.24340.04450.0806-0.29380.0057-0.146930.36242.83443.133
134.25961.669-2.19121.6865-2.24936.17950.08210.3159-0.0605-0.0775-0.08420.219-0.0142-0.26840.0021-0.07330.17560.0155-0.3481-0.03670.032321.43629.27321.598
1419.26252.73172.75592.13410.13651.68890.20380.30881.51960.1521-0.09870.1989-0.28580.2288-0.10510.00520.1110.1058-0.35410.0347-0.163936.37541.95531.035
1524.8459.0852-11.882169.9395-82.377897.0873-0.2759-0.5744-3.2460.7412-0.4555-1.1287-3.6547-1.21170.7314-0.0092-0.052-0.1082-0.22220.07150.156818.17364.01912.906
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA207 - 2381 - 32
2X-RAY DIFFRACTION2AA240 - 26034 - 54
3X-RAY DIFFRACTION3AA276 - 29170 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4AA297 - 34591 - 139
5X-RAY DIFFRACTION5AA348 - 378142 - 172
6X-RAY DIFFRACTION6AA381 - 424175 - 218
7X-RAY DIFFRACTION7AA430 - 474224 - 268
8X-RAY DIFFRACTION8BB210 - 2374 - 31
9X-RAY DIFFRACTION9BB240 - 26034 - 54
10X-RAY DIFFRACTION10BB276 - 29170 - 85
11X-RAY DIFFRACTION11BB297 - 34591 - 139
12X-RAY DIFFRACTION12BB348 - 378142 - 172
13X-RAY DIFFRACTION13BB381 - 424175 - 218
14X-RAY DIFFRACTION14BB430 - 474224 - 268
15X-RAY DIFFRACTION15AC10011

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る