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- PDB-2q7n: Crystal structure of Leukemia inhibitory factor in complex with L... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q7n
タイトルCrystal structure of Leukemia inhibitory factor in complex with LIF receptor (domains 1-5)
要素(Leukemia inhibitory ...) x 2
キーワードCYTOKINE receptor/CYTOKINE / CYTOKINE CELL SURFACE RECEPTOR COMPLEX LIFR LIF / CYTOKINE receptor-CYTOKINE COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / oncostatin-M receptor activity / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway ...leukemia inhibitory factor receptor binding / spongiotrophoblast differentiation / oncostatin-M receptor activity / positive regulation of mesenchymal to epithelial transition involved in metanephros morphogenesis / meiotic nuclear division / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / leukemia inhibitory factor receptor activity / muscle organ morphogenesis / negative regulation of meiotic nuclear division / leukemia inhibitory factor signaling pathway / ciliary neurotrophic factor receptor binding / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / lung lobe morphogenesis / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation of STAT protein / trophoblast giant cell differentiation / negative regulation of hormone secretion / cell surface receptor signaling pathway via STAT / lung vasculature development / negative regulation of muscle cell apoptotic process / positive regulation of macrophage differentiation / positive regulation of astrocyte differentiation / IL-6-type cytokine receptor ligand interactions / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / cytokine receptor activity / lung alveolus development / regulation of cell differentiation / cytokine binding / growth factor binding / Interleukin-10 signaling / somatic stem cell population maintenance / macrophage differentiation / decidualization / blood vessel remodeling / neuron development / animal organ regeneration / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / embryo implantation / neuron projection morphogenesis / cytokine activity / stem cell differentiation / growth factor activity / cell morphogenesis / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytokine-mediated signaling pathway / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / positive regulation of fibroblast proliferation / positive regulation of peptidyl-serine phosphorylation / gene expression / fibroblast proliferation / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / positive regulation of MAPK cascade / receptor complex / response to hypoxia / immune response / negative regulation of cell population proliferation / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family ...Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor receptor, D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor, N-terminal / : / Leukemia inhibitory factor receptor D2 domain / Leukemia inhibitory factor receptor N-terminal domain / Leukemia inhibitory factor receptor, Ig-like domain / Leukemia inhibitory factor /oncostatin / Leukemia inhibitory factor /oncostatin, conserved site / LIF / OSM family / LIF / OSM family signature. / leukemia inhibitory factor / Long hematopoietin receptor, Gp130 family 2, conserved site / Long hematopoietin receptor, gp130 family signature. / : / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Leukemia inhibitory factor / Leukemia inhibitory factor receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4 Å
データ登録者Huyton, T. / Zhang, J.G. / Nicola, N.A. / Garrett, T.P.J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2007
タイトル: An unusual cytokine:Ig-domain interaction revealed in the crystal structure of leukemia inhibitory factor (LIF) in complex with the LIF receptor.
著者: Huyton, T. / Zhang, J.G. / Luo, C.S. / Lou, M.Z. / Hilton, D.J. / Nicola, N.A. / Garrett, T.P.
履歴
登録2007年6月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02020年5月13日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.type / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_prop.biol_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id
改定 3.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _database_PDB_caveat.text / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id
改定 3.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Leukemia inhibitory factor receptor
B: Leukemia inhibitory factor
C: Leukemia inhibitory factor receptor
D: Leukemia inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,37922
ポリマ－149,5164
非ポリマー8,86318
水00
1
A: Leukemia inhibitory factor receptor
B: Leukemia inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,44511
ポリマ－74,7582
非ポリマー4,6879
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6900 Å2
ΔGint65 kcal/mol
Surface area36210 Å2
手法PISA
2
C: Leukemia inhibitory factor receptor
D: Leukemia inhibitory factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,93411
ポリマ－74,7582
非ポリマー4,1769
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint50 kcal/mol
Surface area36320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.476, 240.131, 202.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12A
22C
13A
23C
14A
24C
15A
25C
16B
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 5

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPLYSLYSAA7 - 829 - 84
21ASPASPLYSLYSCC7 - 829 - 84
12ASPASPTHRTHRAA83 - 20285 - 204
22ASPASPTHRTHRCC83 - 20285 - 204
13GLUGLUCYSCYSAA203 - 293205 - 295
23GLUGLUCYSCYSCC203 - 293205 - 295
14GLUGLUTHRTHRAA294 - 380296 - 382
24GLUGLUTHRTHRCC294 - 380296 - 382
15GLUGLUTHRTHRAA381 - 486383 - 488
25GLUGLUTHRTHRCC381 - 486383 - 488
16SERSERPHEPHEBB1 - 1801 - 180
26SERSERPHEPHEDD1 - 1801 - 180

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

-
Leukemia inhibitory ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Leukemia inhibitory factor receptor / LIF receptor / LIF-R / D-factor/LIF receptor / CD118 antigen


分子量: 55018.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Lifr / プラスミド: pCHO1/mLIFR
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
株 (発現宿主): CHO-K1 / 参照: UniProt: P42703
#2: タンパク質 Leukemia inhibitory factor / LIF / Differentiation-stimulating factor / D factor / Melanoma-derived LPL inhibitor / MLPLI / Emfilermin


分子量: 19739.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LIF, HILDA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15018

-
糖 , 6種, 18分子

#3: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-2/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 732.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_a6-d1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 894.823 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpa1-4DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5][a1221m-1a_1-5]/1-1-2-2-3/a4-b1_a6-e1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#8: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.866101 Å3/Da / 溶媒含有率: 84.363281 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1.5M sodium malonate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.968 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年3月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.968 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4→20 Å / Num. all: 37104 / Num. obs: 37104 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.226 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 4→4.14 Å / Rmerge(I) obs: 0.857 / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 72.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PVH CHAIN B

1pvh


解像度: 4→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 91.108 / SU ML: 0.596 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0.857 / ESU R Free: 0.663 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28696 1852 5 %RANDOM
Rwork0.23724 ---
all0.23978 35239 --
obs0.23978 35239 93.63 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 102.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.49 Å20 Å20 Å2
2---2.61 Å20 Å2
3----7.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10252 0 587 0 10839
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.02211166
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7392.00515341
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.33451316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.18824.375448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.328151650
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2221548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21871
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.028128
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2790.24950
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3270.27249
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2040.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1330.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5271.56759
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.964210772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0234963
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.774.54569
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-IDAuth asym-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
1A304medium positional0.490.5
2A480medium positional0.460.5
3A364medium positional0.310.5
4A348medium positional0.230.5
5A424medium positional0.320.5
6B720medium positional0.280.5
1A280loose positional0.885
2A480loose positional0.925
3A313loose positional0.625
4A323loose positional0.475
5A424loose positional0.575
6B667loose positional0.615
1A304medium thermal0.662
2A480medium thermal0.392
3A364medium thermal0.362
4A348medium thermal0.432
5A424medium thermal0.352
6B720medium thermal0.322
1A280loose thermal1.4210
2A480loose thermal110
3A313loose thermal0.8910
4A323loose thermal1.0910
5A424loose thermal0.9210
6B667loose thermal1.1810
LS精密化 シェル解像度: 4→4.105 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 89 -
Rwork0.349 1703 -
obs-1792 63.86 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4473-4.24554.01717.0558-8.369720.1816-0.51480.4930.54590.9829-0.6225-0.8329-1.67291.45961.1374-0.39680.1728-0.38460.69120.25260.294561.74564.39179.579
25.3315-1.5137.72251.2522-4.256516.368-0.4774-0.79690.18980.8532-0.494-0.2892-0.8415-0.15180.9713-0.17560.2901-0.14590.28250.35020.282645.58974.95350.459
33.1242-2.1060.73120.01952.56562.75690.0798-0.1164-0.72840.5703-0.1537-0.3740.83580.91180.0739-0.53450.3959-0.0442-0.09950.1091-0.123134.04672.54920.676
42.1344-3.10741.592113.5076-3.72563.42210.2103-0.1401-0.04340.6743-0.31230.09590.20090.70880.1019-0.6619-0.1092-0.0381-0.07640.1176-0.445326.47108.80423.275
56.5207-1.42094.91658.9957-7.19610.39550.08530.060.5810.3328-0.14880.08910.0261-0.47120.0634-0.735-0.15550.1327-0.4761-0.1965-0.207612.94135.9036.651
617.05871.67781.40093.72-0.09143.43010.05550.0393-0.317-0.3244-0.13290.38190.9993-0.24080.0774-0.1961-0.05790.0567-0.5412-0.0791-0.42034.7175.0378.976
76.80939.96422.321320.47352.26172.54890.4468-0.1357-0.55320.2696-0.1908-0.14880.17940.1195-0.256-0.6087-0.30770.0802-0.06540.0636-0.0789-62.18926.4494.383
811.632510.13634.912413.91567.74634.4376-0.23160.2872-0.3598-0.66520.2463-0.4959-0.50980.4776-0.0148-0.5277-0.49570.05080.06840.2072-0.0635-43.11554.71710.576
91.74232.4467-1.71499.0121-7.199214.66430.2539-0.57570.3321.127-0.28361.13510.1452-1.14730.0297-0.5418-0.54330.20680.2727-0.2890.1943-29.61877.21228.471
102.79254.494-1.255610.0968-4.26084.8427-0.0286-0.0518-0.0858-0.5635-0.18890.41410.9155-0.17770.2176-0.2246-0.2182-0.1794-0.2278-0.15910.3249-22.11994.517-3.268
118.2033.13091.323715.2053-2.06787.53220.23430.1268-0.217-0.68870.06340.21280.35260.0474-0.2977-0.56040.2075-0.0784-0.1867-0.0663-0.2413-8.455123.288-16.927
1216.5218-0.78533.05783.80890.61314.2387-0.3511-0.296-0.11510.2642-0.17170.25730.4407-0.20.5229-0.4196-0.22260.134-0.4602-0.0379-0.4516-0.2787.98832.753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA50 - 12552 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2AA126 - 245128 - 247
3X-RAY DIFFRACTION3AA246 - 326248 - 328
4X-RAY DIFFRACTION4AA327 - 423329 - 425
5X-RAY DIFFRACTION5AA424 - 486426 - 488
6X-RAY DIFFRACTION6BB1 - 1801 - 180
7X-RAY DIFFRACTION7CC50 - 12552 - 127
8X-RAY DIFFRACTION8CC126 - 245128 - 247
9X-RAY DIFFRACTION9CC246 - 326248 - 328
10X-RAY DIFFRACTION10CC327 - 423329 - 425
11X-RAY DIFFRACTION11CC424 - 486426 - 488
12X-RAY DIFFRACTION12DD1 - 1801 - 180

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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