PDB-2q62: Crystal Structure of ArsH from Sinorhizobium meliloti

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2q62

タイトル

Crystal Structure of ArsH from Sinorhizobium meliloti

要素

arsH

キーワード

FLAVOPROTEIN / alpha/beta

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN reductase (NADPH) activity / : / 酸化還元酵素 / response to metal ion / FMN binding / protein homotetramerization
類似検索 - 分子機能

生物種

Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Ye, J. / Yang, H. / Bhattacharjee, H. / Rosen, B.P.

引用

ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure of the flavoprotein ArsH from Sinorhizobium meliloti
著者: Ye, J. / Yang, H. / Rosen, B.P. / Bhattacharjee, H.

履歴

登録	2007年6月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2q62.cif.gz	385.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2q62.ent.gz	312.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2q62.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2q62_validation.pdf.gz	515.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2q62_full_validation.pdf.gz	550.7 KB	表示
XML形式データ	2q62_validation.xml.gz	84.1 KB	表示
CIF形式データ	2q62_validation.cif.gz	120.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q62 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q6/2q62	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5wpk-d 1rr8-d 3fsy-1 6g3u-2 1zyz-1 1k5s-d 6h77-1 1ltt-d 1mf1-1 1lt3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: arsH

B: arsH

C: arsH

D: arsH

E: arsH

F: arsH

G: arsH

H: arsH

ヘテロ分子

224 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: arsH

B: arsH

C: arsH

D: arsH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: arsH

F: arsH

G: arsH

H: arsH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
112 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.534, 158.534, 87.953
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

詳細

The asymmetric unit contains two biological units.

#1: タンパク質	arsH 分子量: 27945.811 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti (根粒菌) / 遺伝子: arsH / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q92R45
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1682 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.24 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 17% PEG 6000, 0.1 M calcium acetate, 0.1 M cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 32-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2005年7月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→39.633 Å / Num. obs: 176155 / % possible obs: 92.1 % / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_sym value: 0.088 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.532 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. measured all: 227608 / Num. unique all: 24428 / R_sym value: 0.532 / % possible all: 83.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
REFMAC	5.2.0005	精密化
PDB_EXTRACT	2	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SnB		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換 / 解像度: 1.8→39.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / SU B: 5.156 / SU ML: 0.083 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.122 / ESU R Free: 0.12 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.212	9123	4.9 %	RANDOM
R_work	0.173	-	-	-
obs	0.175	176155	91.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.67 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.67 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14072	0	35	1682	15789

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	14415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.652	1.971	19529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.115	5	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.644	22.5	640
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.86	15	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.594	15	153
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.226	0.2	2151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10897
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	7281
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.307	0.2	9872
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.169	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.871	1.5	9190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.273	2	14399
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.417	3	5975
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.603	4.5	5130

LS精密化シェル

解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.324	599	-
R_work	0.253	11812	-
obs	-	12411	83.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6532	0.2324	0.7191	1.0321	0.3376	1.7514	0.1449	0.2589	-0.1307	0.0362	0.1178	-0.1095	0.3663	0.5775	-0.2627	-0.0729	0.1546	-0.0885	0.0577	-0.1472	-0.1524	40.815	7.978	6.112
2	0.9121	-0.5969	0.4323	1.0793	-0.1738	1.4338	0.1687	-0.1229	-0.2642	-0.0633	0.0384	0.1836	0.33	-0.0217	-0.2071	-0.0114	0.0209	-0.0833	-0.1596	-0.0231	-0.1476	23.15	-0.974	30.618
3	0.7904	-0.0494	0.2136	0.7797	0.1547	1.3175	0.023	-0.1	0.0047	0.07	-0.0088	0.0324	-0.0077	-0.0758	-0.0142	-0.1396	0.0146	0.004	-0.1357	-0.0267	-0.2404	21.147	20.437	35.631
4	0.6483	0.1332	0.3983	0.7168	-0.1374	1.4944	0.0379	0.1723	-0.002	0.0455	0.047	-0.0629	-0.03	0.4432	-0.0849	-0.1547	-0.026	-0.0091	0.0089	-0.0464	-0.1809	44.26	27.34	15.399
5	0.7755	-0.0608	0.1451	1.4164	-0.1699	0.6871	-0.014	-0.0161	-0.0268	-0.0378	-0.0155	-0.0814	0.1828	-0.052	0.0294	-0.0239	-0.0432	0.0285	-0.1859	-0.0043	-0.225	34.876	51.635	55.966
6	1.0385	-0.3309	0.5736	1.2872	-0.6052	1.2803	-0.1073	-0.0957	0.1279	0.0625	-0.0473	-0.2617	0.0083	0.0454	0.1546	-0.1157	0.0052	-0.0531	-0.149	0.0331	-0.1083	57.304	58.346	76.561
7	0.8401	-0.7033	0.2008	1.6837	-0.5626	0.9802	-0.1672	-0.0547	0.3652	0.2028	-0.0564	-0.488	-0.1861	0.0806	0.2236	-0.0413	-0.0189	-0.1363	-0.1665	0.0312	0.0392	54.028	79.811	72.024
8	0.6133	0.2273	-0.0525	1.8872	-0.4438	0.9879	-0.028	0.0707	0.0728	-0.1579	-0.0707	-0.1896	0.0333	-0.052	0.0987	-0.0683	0.0063	0.0342	-0.1846	0.0333	-0.1736	39.186	70.924	46.064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	8 - 227	8 - 227
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	8 - 229	8 - 229
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	9 - 229	9 - 229
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	8 - 242	8 - 242
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	9 - 229	9 - 229
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	F	9 - 227	9 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	G	8 - 226	8 - 226
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	H	9 - 229	9 - 229

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