+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2q4d | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Ensemble refinement of the crystal structure of a lysine decarboxylase-like protein from Arabidopsis thaliana gene At5g11950 | ||||||
![]() | Lysine decarboxylase-like protein At5g11950 | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Ensemble Refinement / Refinement Methodology Development / AT5G11950 / LYSINE DECARBOXYLASE-LIKE PROTEIN / Protein Structure Initiative / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics / CESG | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytokinin riboside 5'-monophosphate phosphoribohydrolase activity / : / cytokinin biosynthetic process / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Levin, E.J. / Kondrashov, D.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application. 著者: Levin, E.J. / Kondrashov, D.A. / Wesenberg, G.E. / Phillips, G.N. #1: ![]() タイトル: X-ray crystal structures of the conserved hypothetical proteins from Arabidopsis thaliana gene loci At5g11950 and AT2g37210. 著者: Jeon, W.B. / Allard, S.T.M. / Bingman, C.A. / Bitto, E. / Han, B.W. / Wesenberg, G.E. / Phillips Jr., G.N. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 979.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 700.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 726.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 248.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 342.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2q3mC ![]() 2q3oC ![]() 2q3pC ![]() 2q3qC ![]() 2q3rC ![]() 2q3sC ![]() 2q3tC ![]() 2q3uC ![]() 2q3vC ![]() 2q3wC ![]() 2q40C ![]() 2q41C ![]() 2q42C ![]() 2q43C ![]() 2q44C ![]() 2q45C ![]() 2q46C ![]() 2q47C ![]() 2q48C ![]() 2q49C ![]() 2q4aC ![]() 2q4bC ![]() 2q4cC ![]() 2q4eC ![]() 2q4fC ![]() 2q4hC ![]() 2q4iC ![]() 2q4jC ![]() 2q4kC ![]() 2q4lC ![]() 2q4mC ![]() 2q4nC ![]() 2q4oC ![]() 2q4pC ![]() 2q4qC ![]() 2q4rC ![]() 2q4sC ![]() 2q4tC ![]() 2q4uC ![]() 2q4vC ![]() 2q4xC ![]() 2q4yC ![]() 2q4zC ![]() 2q50C ![]() 2q51C ![]() 2q52C ![]() 1ydhS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
単位格子 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
モデル数 | 16 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24239.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: cv. Columbia / 遺伝子: AT5G11950, F14F18.120 / プラスミド: PVP-13 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-NO3 / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % 解説: AUTHOR USED THE SF DATA FROM ENTRY 1YDH. UNMODELED DENSITY BETWEEN ASP 94A AND ILE 133B IS POSSIBLY DUE TO THE PRESENCE OF A L-LYSINE MOLECULE. |
---|
-データ収集
検出器 | タイプ: APS-1 |
---|---|
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: Re-refinement using ensemble model 開始モデル: PDB entry 1YDH 解像度: 2.152→34.35 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 2526756.75 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: maximum likelihood using amplitudes 詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 1ydh and the first data set in the deposited structure factor file for 1ydh ...詳細: This PDB entry is a re-refinement using an ensemble model of the previously deposited single-conformer structure 1ydh and the first data set in the deposited structure factor file for 1ydh along with the R-free set defined therein. The coordinates were generated by an automated protocol from an initial model consisting of 16 identical copies of the protein and non-water hetero-atoms assigned fractional occupancies adding up to one, and a single copy of the solvent molecules. Refinement was carried out with all the conformers present simultaneously and with the potential energy terms corresponding to interactions between the different conformers excluded. The helix and sheet records were calculated using coordinates from the first conformer only. The structure visualization program PYMOL is well-suited for directly viewing the ensemble model presented in this PDB file.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 72.046 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.152→34.35 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
|