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万見
- PDB-2q1o: Crystal Structure Analysis of the RNA Dodecamer CGC-NF2-AAUUGGCG,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2q1o
タイトルCrystal Structure Analysis of the RNA Dodecamer CGC-NF2-AAUUGGCG, with an Incorporated 2,4-Difluorotoluyl Residue (NF2)
要素RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')
キーワードRNA / 2 / 4-Difluorotoluyl Nucleoside / Chemical Modification / RNAi / Hydrogen Bond
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.1 Å
データ登録者Li, F. / Pallan, P.S.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2007
タイトル: Crystal structure, stability and in vitro RNAi activity of oligoribonucleotides containing the ribo-difluorotoluyl nucleotide: insights into substrate requirements by the human RISC Ago2 enzyme.
著者: Li, F. / Pallan, P.S. / Maier, M.A. / Rajeev, K.G. / Mathieu, S.L. / Kreutz, C. / Fan, Y. / Sanghvi, J. / Micura, R. / Rozners, E. / Manoharan, M. / Egli, M.
履歴
登録2007年5月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3774
ポリマ－15,3774
非ポリマー00
水5,819323
1
A: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6892
ポリマ－7,6892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1210 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6892
ポリマ－7,6892
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)22.900, 32.060, 42.930
Angle α, β, γ (deg.)96.24, 83.87, 93.91
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*CP*GP*CP*(NF2)P*AP*AP*UP*UP*GP*GP*CP*G)-3')


分子量: 3844.353 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically synthesized
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.18 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Droplets containing 0.5 mM oligonucleotide, 0.8 M ammonium sulfate, 0.05 M MES, pH 6.0, were equilibrated against a reservoir of 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0. , VAPOR DIFFUSION, ...詳細: Droplets containing 0.5 mM oligonucleotide, 0.8 M ammonium sulfate, 0.05 M MES, pH 6.0, were equilibrated against a reservoir of 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.0. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
10.8 M ammonium sulfate11
20.05 M MES11
31.6 M ammonium sulfate12
40.1 M MES12

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9199 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9199 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.1→42.45 Å / Num. all: 48767 / Num. obs: 45791 / % possible obs: 93.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射 シェル解像度: 1.1→1.14 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.239 / Num. unique all: 4414 / % possible all: 90.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
EPMR位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model of Native A-RNA

解像度: 1.1→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 4 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.142 2152 -RANDOM
Rwork0.108 ---
all0.114 45752 --
obs0.11 43113 94.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.1→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1016 0 324 1340
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.029

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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