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- PDB-4rby: First X-ray structure of RNA containing guanosine phosphorodithioate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4rby
タイトルFirst X-ray structure of RNA containing guanosine phosphorodithioate
要素5'-R(*CP*GP*CP*(2SG)P*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*G)-3'
キーワードRNA / phosphorodithioate RNA / guanosine phosphorodithioate / phosphorothioate / guanosine analogue / hydrophobic / backbone
機能・相同性STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.19 Å
データ登録者Pallan, P.S. / Egli, M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure, Stability and siRNA Activity of Phosphorodithioate-Modified RNAs
著者: Pallan, P.S. / Yang, X. / Sierant, M. / Abeydeera, N.D. / Hassell, T. / Martinez, C. / Janicka, M. / Nawrot, B. / Egli, M.
履歴
登録2014年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月12日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_refine
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(*CP*GP*CP*(2SG)P*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,0613
ポリマ－3,8861
非ポリマー1752
水1,802100
1
A: 5'-R(*CP*GP*CP*(2SG)P*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子

A: 5'-R(*CP*GP*CP*(2SG)P*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*G)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1216
ポリマ－7,7712
非ポリマー3504
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area2490 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area3990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.932, 35.015, 31.873
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 128.80, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-579-

HOH

21A-586-

HOH

31A-591-

HOH

41A-596-

HOH

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*CP*GP*CP*(2SG)P*AP*AP*UP*UP*AP*GP*CP*G)-3'


分子量: 3885.507 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Guanosine phosphorodithioate RNA / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-SR / STRONTIUM ION


分子量: 87.620 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20 mM sodium cacodylate, 40 mM sodium chloride, 10 mM barium chloride, 6 mM spermine tetrahydrochloride, 5% v/v MPD, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月11日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.19→50 Å / Num. all: 11477 / Num. obs: 11213 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): 5 / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 16.49
反射 シェル解像度: 1.19→1.23 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Mean I/σ(I) obs: 20.71 / Num. unique all: 1012 / % possible all: 88.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2diffractometer software from EMBL (with LS-CAT developed extensions)データ収集
MOLREP(CCP4)位相決定
SHELXL-97精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2Q1R

2q1r


解像度: 1.19→50 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.213 554 -RANDOM
Rwork0.181 ---
obs-11213 97.7 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.19→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 255 2 100 357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.028

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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