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Yorodumi- PDB-5ay4: Crystal structure of RNA duplex containing C-C base pairs obtaine... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5ay4 | ||||||||||||||||||||
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Title | Crystal structure of RNA duplex containing C-C base pairs obtained in the presence of Hg(II) | ||||||||||||||||||||
Components | RNA (5'-R(*Keywords | RNA / X-Ray analysis / metallo base pair / Ag(I) / Hg(II) | Function / homology | RNA / RNA (> 10) | Function and homology information Biological species | synthetic construct (others) | Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.7 Å | Authors | Kondo, J. / Tada, Y. / Dairaku, T. / Saneyoshi, H. / Okamoto, I. / Tanaka, Y. / Ono, A. | Citation | Journal: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / Year: 2015 | Title: High-Resolution Crystal Structure of a Silver(I)-RNA Hybrid Duplex Containing Watson-Crick-like CSilver(I)C Metallo-Base Pairs Authors: Kondo, J. / Tada, Y. / Dairaku, T. / Saneyoshi, H. / Okamoto, I. / Tanaka, Y. / Ono, A. History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5ay4.cif.gz | 29.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5ay4.ent.gz | 17.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5ay4.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ay4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/5ay4 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5ay2C 5ay3SC C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 3850.208 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #2: Chemical | ChemComp-NA / | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.08 Å3/Da / Density % sol: 40.73 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 / Details: MPD, Spermine, Sodium Nitrate, MOPS |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 0.98 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Dec 9, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.98 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.7→26 Å / Num. obs: 6831 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 23.161 Å2 / Rmerge F obs: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rrim(I) all: 0.096 / Χ2: 0.939 / Net I/σ(I): 13.38 / Num. measured all: 45309 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5AY3 Resolution: 1.7→26 Å / FOM work R set: 0.8766 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0
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Solvent computation | Bsol: 36.2882 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 58.96 Å2 / Biso mean: 18.972 Å2 / Biso min: 9.2 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→26 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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