PDB-2pw0: crystal structure of trans-aconitate bound to methylaconitate iso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2pw0

タイトル

crystal structure of trans-aconitate bound to methylaconitate isomerase PrpF from Shewanella oneidensis

要素

PrpF methylaconitate isomerase

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / propionate catabolism / diaminopimelate epimerase like / aconitate binding

機能・相同性

機能・相同性情報

intramolecular oxidoreductase activity, transposing C=C bonds / propionate catabolic process, 2-methylcitrate cycle / 異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Garvey, G.S. / Rayment, I.R.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2007
タイトル: The three-dimensional crystal structure of the PrpF protein of Shewanella oneidensis complexed with trans-aconitate: insights into its biological function.
著者: Garvey, G.S. / Rocco, C.J. / Escalante-Semerena, J.C. / Rayment, I.

履歴

登録	2007年5月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2007年8月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月18日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2pw0.cif.gz	166.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2pw0.ent.gz	128.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2pw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2pw0_validation.pdf.gz	465.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2pw0_full_validation.pdf.gz	473 KB	表示
XML形式データ	2pw0_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	2pw0_validation.cif.gz	57.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/2pw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pw/2pw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pvzC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6yum-d 5t1h-3 5oni-d 3qa0-d 4d9k-2 5ku8-d 4ptv-d 4p7o-d 1lkt-d 3q9z-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PrpF methylaconitate isomerase

B: PrpF methylaconitate isomerase

ヘテロ分子

84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: PrpF methylaconitate isomerase

ヘテロ分子

B: PrpF methylaconitate isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
84.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: PrpF methylaconitate isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

B: PrpF methylaconitate isomerase

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
42.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.879, 104.054, 78.212
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 103.85, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is a homodimer. There is one homodimer in the asymetric unit.

#1: タンパク質	PrpF methylaconitate isomerase 分子量: 41702.402 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis (バクテリア) 遺伝子: PrpF / プラスミド: pPRP196 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8EJW4
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-TRC / TRICARBALLYLIC ACID / トリカルバリル酸分子量: 176.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₆ / コメント: 阻害剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.92 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 19% methyl ether poly(ethyleneglycol) 5000 buffered with N-(2-hydroxyethyl)-piperazine-N9-2-ethanesulfonic acid (HEPES) buffer (100 mM, pH 7.5 at 25 C)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.964107 Å
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.964107 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→76.03 Å / Num. all: 463390 / Num. obs: 463390 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / B_iso Wilson estimate: 15.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 13.25
反射シェル	解像度: 1.57→1.61 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.266 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6264 / % possible all: 88.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
SBC-Collect	COLLECT	データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.57→76.03 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 1.662 / SU ML: 0.061 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.096 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23208	5191	5 %	RANDOM
R_work	0.20223	-	-	-
obs	0.20372	98622	92.55 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14.598 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.17 Å²	0 Å²	-0.4 Å²
2-	-	0.32 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.34 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.57→76.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5298	0	48	880	6226

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.022	5490
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.293	1.96	7465
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.694	5	734
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.396	24.126	206
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.639	15	834
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	10.417	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	866
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4168
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	2698
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	3807
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	716
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.159	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.112	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.689	1.5	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.04	2	5796
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.691	3	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.537	4.5	1661
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.57→1.611 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.306	320	-
R_work	0.266	6264	-
obs	-	6264	80.16 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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