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- PDB-3q9z: Crystal structure of human CK2 alpha in complex with Quinalizarin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q9z
タイトルCrystal structure of human CK2 alpha in complex with Quinalizarin at pH 6.5
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / protein kinase / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / Condensation of Prometaphase Chromosomes / WNT mediated activation of DVL / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / Maturation of hRSV A proteins / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / histone H4S1 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H2AS121 kinase activity / histone H3S57 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / histone H3S10 kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / Hsp90 protein binding / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / kinase activity / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / positive regulation of cell population proliferation / DNA damage response / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2,5,8-tetrahydroxyanthracene-9,10-dione / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Battistutta, R. / Ranchio, A. / Papinutto, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and functional analysis of the flexible regions of the catalytic alpha-subunit of protein kinase CK2
著者: Papinutto, E. / Ranchio, A. / Lolli, G. / Pinna, L.A. / Battistutta, R.
履歴
登録2011年1月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02012年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,57613
ポリマ－80,3082
非ポリマー1,26811
水4,972276
1
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8387
ポリマ－40,1541
非ポリマー6856
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7376
ポリマ－40,1541
非ポリマー5835
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.956, 127.956, 125.739
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDRefine codeAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROGLUGLU2AA4 - 274 - 27
21PROPROGLUGLU2BB4 - 274 - 27
12LEULEULYSLYS6AA45 - 4945 - 49
22LEULEULYSLYS6BB45 - 4945 - 49
13SERSERILEILE2AA51 - 10051 - 100
23SERSERILEILE2BB51 - 10051 - 100
14THRTHRILEILE2AA129 - 226129 - 226
24THRTHRILEILE2BB129 - 226129 - 226
15ILEILEVALVAL2AA245 - 328245 - 328
25ILEILEVALVAL2BB245 - 328245 - 328

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK2alpha / CK II alpha


分子量: 40153.820 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / プラスミド: pT7-7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase

-
非ポリマー , 5種, 287分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-TXQ / 1,2,5,8-tetrahydroxyanthracene-9,10-dione / 1,2,5,8-tetrahydroxy-anthraquinone / キナリザリン


分子量: 272.210 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H8O6 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.61 % / Mosaicity: 0.37 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 5000 MME, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Mes pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976234 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976234 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→89.68 Å / Num. all: 50758 / Num. obs: 50758 / % possible obs: 95.6 % / 冗長度: 2.2 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.2-2.322.10.8150.6360.51385765210.4990.8150.6361.385
2.32-2.462.30.4870.3811.81636672230.2970.4870.3811.999.3
2.46-2.632.30.3270.2562.71540267920.1990.3270.2562.999.2
2.63-2.842.30.2550.1980.91434063300.1580.2550.1984.399
2.84-3.112.30.1280.1016.21312358100.0770.1280.1016.698.7
3.11-3.482.30.0890.074.71193252550.0530.0890.079.798.1
3.48-4.022.30.0750.0596.11039246030.0450.0750.05912.197.2
4.02-4.922.30.0750.068.7870738510.0440.0750.0613.595.8
4.92-6.962.20.0590.0479.9640728580.0350.0590.04718.890.9
6.96-57.2242.40.0550.0437.9363315150.0330.0550.04330.885

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
ProDCデータ収集
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2PVR

2pvr


解像度: 2.2→57.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.214 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2666 2564 5.1 %RANDOM
Rwork0.2126 ---
obs0.2153 50723 94.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.76 Å2 / Biso mean: 44.8147 Å2 / Biso min: 22.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1 Å20 Å2
3----2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→57.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5608 0 79 276 5963
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0225853
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8671.9597927
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4555668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.12923.06317
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.896151027
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5831553
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1310.2811
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9421.53327
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.72725410
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.90732526
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6254.52514
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
1024TIGHT POSITIONAL0.090.05
1137MEDIUM POSITIONAL0.190.5
36LOOSE POSITIONAL0.165
1024TIGHT THERMAL0.260.5
1137MEDIUM THERMAL0.292
36LOOSE THERMAL0.3710
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 152 -
Rwork0.335 2848 -
all-3000 -
obs--77.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8538-0.3604-0.59320.37560.05060.87660.07180.08010.1185-0.0351-0.0474-0.0007-0.0849-0.0697-0.02450.1981-0.023-0.01420.1618-0.00990.19731.266347.43179.3611
22.3667-1.0898-1.58611.19410.44263.02670.0202-0.09650.11360.14820.02360.067-0.08220.0119-0.04380.16890.0145-0.03040.13880.01880.1468-7.123350.871517.907
33.1867-1.4958-0.17644.4960.37382.18350.00050.01570.12280.0110.01220.3727-0.2221-0.2334-0.01260.1451-0.0275-0.00530.2079-0.00860.1312-10.2349.602216.5523
40.9301-0.13690.03351.6731-0.51381.75660.0422-0.2616-0.06550.2977-0.00650.21630.0039-0.1327-0.03560.15130.0033-0.01730.171-0.02030.18133.793238.64523.3081
50.96930.05210.35551.0433-0.06810.89130.0205-0.14030.08050.1199-0.0146-0.0569-0.10370.1103-0.00590.1660.004-0.00230.1567-0.00420.168820.131144.603526.1161
60.1832-0.1630.2472.3388-1.80172.0843-0.01360.06990.22140.2128-0.0614-0.1146-0.41840.17990.0750.24770.00950.02340.28310.00180.334330.352547.573729.2159
71.03890.1138-0.2281.6587-0.44742.53680.012-0.1083-0.14770.07-0.03870.12610.2418-0.16790.02670.16150.0340.00460.1735-0.00410.20415.080828.461528.107
80.40780.2735-0.02970.96040.74551.0183-0.04370.02450.0115-0.08210.078-0.1354-0.09080.0934-0.03420.12120.0224-0.01640.16190.01920.1551-16.719360.688-20.3933
91.16570.94320.18912.28511.70023.02630.0137-0.16010.05620.11240.0233-0.0990.02740.068-0.0370.1382-0.01630.01610.17040.02840.1508-13.917469.4489-11.2639
103.92071.12890.4552.91820.35852.22840.0661-0.38330.02980.2699-0.0817-0.0509-0.16770.16270.01550.2090.041-0.0180.13820.00230.162-17.100871.4205-10.2179
111.9996-0.3481-1.40451.2312-0.10351.57060.0146-0.35730.13760.36190.0252-0.007-0.12850.071-0.03980.1774-0.0079-0.01190.16150.00160.2003-32.191357.7127-5.429
120.66520.37740.0571.1617-0.40971.2373-0.03-0.1453-0.03810.18430.01080.00920.03250.01450.01930.1381-0.0054-0.00990.1782-0.00140.1645-21.098247.5918-5.8803
132.7190.1964-1.7730.1929-0.26331.7817-0.0632-0.2555-0.1209-0.0438-0.0181-0.22350.16580.39640.08140.2738-0.0071-0.00640.2395-0.02710.3221-18.030831.9384-0.1991
141.9189-0.0092-0.58591.09290.27592.9449-0.0458-0.03960.14840.09280.01420.1873-0.2013-0.28060.03160.1783-0.0369-0.00680.1623-0.00730.2092-37.077947.1999-3.1982
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2A47 - 89
3X-RAY DIFFRACTION3A90 - 115
4X-RAY DIFFRACTION4A116 - 191
5X-RAY DIFFRACTION5A192 - 262
6X-RAY DIFFRACTION6A263 - 281
7X-RAY DIFFRACTION7A282 - 333
8X-RAY DIFFRACTION8B2 - 46
9X-RAY DIFFRACTION9B47 - 89
10X-RAY DIFFRACTION10B90 - 121
11X-RAY DIFFRACTION11B122 - 153
12X-RAY DIFFRACTION12B154 - 262
13X-RAY DIFFRACTION13B263 - 281
14X-RAY DIFFRACTION14B282 - 333

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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