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- PDB-2psw: Human MAK3 homolog in complex with CoA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2psw
タイトルHuman MAK3 homolog in complex with CoA
要素N-acetyltransferase 13
キーワードTRANSFERASE / ACETYLTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal protein amino acid acetylation / NatA complex / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / protein-lysine-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion ...mitotic sister chromatid cohesion, centromeric / N-terminal methionine Nalpha-acetyltransferase NatE / N-terminal protein amino acid acetylation / NatA complex / protein N-terminal-methionine acetyltransferase activity / protein-N-terminal amino-acid acetyltransferase activity / histone H4 acetyltransferase activity / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / protein-lysine-acetyltransferase activity / mitotic sister chromatid cohesion / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleolus / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / N-alpha-acetyltransferase 50
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Walker, J.R. / Schuetz, A. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Bernstein, G. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. ...Walker, J.R. / Schuetz, A. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Bernstein, G. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of Human MAK3 homolog.
著者: Schuetz, A. / Walker, J.R. / Antoshenko, T. / Wu, H. / Bernstein, G. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N.
履歴
登録2007年5月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年8月31日Group: Atomic model
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase 13
B: N-acetyltransferase 13
C: N-acetyltransferase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,9056
ポリマ－58,6023
非ポリマー2,3033
水2,720151
1
A: N-acetyltransferase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3022
ポリマ－19,5341
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: N-acetyltransferase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3022
ポリマ－19,5341
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: N-acetyltransferase 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,3022
ポリマ－19,5341
非ポリマー7681
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.643, 102.913, 67.157
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.81, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 N-acetyltransferase 13 / hNAT5 / hSAN


分子量: 19534.098 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAT13, MAK3, NAT5 / プラスミド: pET28-LIC / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9GZZ1, EC: 2.3.1.88
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Reservoir: 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 16% PEG3350, 10 mM DTT, 0.1% Dioxane. Protein: 11.8 mg/mL + 3-fold molar excess of CoA in 20 mM HEPES pH 7.5, 0.1 M NaCl, 2.5% 1,2-Propanediol, and 10 ...詳細: Reservoir: 0.1 M Sodium acetate pH 5.0, 16% PEG3350, 10 mM DTT, 0.1% Dioxane. Protein: 11.8 mg/mL + 3-fold molar excess of CoA in 20 mM HEPES pH 7.5, 0.1 M NaCl, 2.5% 1,2-Propanediol, and 10 mM DTT. Cryo: 75% Reservoir + 25% MPD, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月19日
詳細: 1-M LONG, CYLINDRICALLY BENT ULE GLASS MIRROR WITH PT AND PD COATINGS
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) DOUBLE-CRYSTAL
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40.26 Å / Num. all: 36244 / Num. obs: 36244 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 3597 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OB0

2ob0


解像度: 2.1→40.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 14.158 / SU ML: 0.195 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.195 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS, ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26463 1833 5.1 %RANDOM
Rwork0.19709 ---
obs0.2006 34021 98.61 %-
all-35854 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.862 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.19 Å20 Å2-0.01 Å2
2---0.16 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→40.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3667 0 144 151 3962
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223923
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5121.9985331
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7755462
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.66624.247186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.44615658
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6521522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022918
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2080.21654
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3050.22707
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1350.2213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.214
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1920.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.81832367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.61643709
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.46251748
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.75671621
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 133 -
Rwork0.286 2515 -
obs--98.55 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.85567.2706-3.04678.66710.4043.07010.01440.13730.0276-0.15160.0795-0.1541-0.6456-0.3794-0.09380.107-0.03620.03320.05740.04550.074744.6733356.7083-95.0568
20.59120.50840.15657.60390.61922.81410.05580.11070.04710.6157-0.03560.8179-0.0224-0.3397-0.0202-0.0122-0.00480.11520.0924-0.01230.137531.4348347.0242-82.5139
33.74411.1876-1.70433.83650.37137.7159-0.1389-0.0196-0.44470.6503-0.06280.35960.6147-0.19880.20170.0529-0.0050.1209-0.01470.04760.116733.0631337.4739-80.1302
40.8273-0.18890.32611.80830.6130.3962-0.13480.04370.08370.2338-0.02930.04430.0279-0.01080.16410.0358-0.00190.05820.1076-0.00070.070338.7218349.8333-85.3738
513.8701-7.375712.24976.8914-8.003911.56620.2296-0.0917-0.38540.5341-0.22160.40340.3159-0.107-0.0080.18280.00330.04220.11430.0444-0.079248.0932334.8826-75.7833
61.3747-1.50710.9852.6775-0.14241.5627-0.22080.0253-0.03090.16360.13970.0907-0.1506-0.04920.0811-0.0346-0.01150.03420.12730.01710.075143.1363341.8128-90.3438
710.3005-9.800812.640912.801-9.424317.463-0.30480.07220.64470.5822-0.339-0.6222-0.29670.07580.64380.0793-0.0844-0.08730.082-0.03770.01353.3472345.4849-80.4494
86.99843.63227.43155.43384.51278.0125-0.2677-0.1126-0.27990.10280.11230.1910.00390.2410.15540.01040.04970.04580.12310.02580.000750.1294333.4415-81.436
91.42710.9547-0.62263.4862-1.62980.78860.14880.33040.06060.0781-0.21930.30910.16060.00480.0705-0.01270.03560.01720.1463-0.06560.077646.6851332.0644-95.2782
105.02612.9819-2.12798.4975-1.60314.2818-0.13070.0046-0.1830.45770.0865-0.41370.29410.40170.04420.0130.06770.02390.0981-0.029-0.028651.2103328.3745-88.9907
1131.39892.4233-0.010728.712-24.567621.15790.5144-1.81530.64051.08691.35492.32330.25520.6889-1.86930.1230.12020.27780.114-0.13790.509334.9868322.5072-87.2
126.39878.31562.524911.67234.7823.5981-0.04050.0289-0.34750.2054-0.1263-0.10230.36930.45310.16680.0050.03250.00960.07510.00850.091851.0069329.374-86.0298
132.51421.71751.9018.3711.40081.4387-0.32980.47870.1576-0.93960.00330.5237-0.31650.11420.32660.23030.0427-0.14110.11240.1217-0.10618.4009347.0703-127.1777
149.5077-2.57833.450812.7654-11.333216.3639-0.4384-0.20740.8989-0.0601-0.20390.60520.0719-0.5580.64230.02970.0388-0.09410.0449-0.03580.086514.8901349.8725-115.3962
1510.31251.993-3.17357.33340.012919.9979-0.392-0.52451.3851-1.3644-0.00140.5114-2.35870.04210.39340.45370.0776-0.2146-0.38630.1766-0.011318.9521359.0324-120.225
160.74571.78310.9436.17830.26443.2617-0.35310.22080.0431-0.57470.0620.09920.00230.17970.29110.1347-0.0573-0.07120.1070.05820.015221.3543344.6475-123.7949
1721.87128.97387.16877.9544.36347.4478-0.2062-0.46461.3329-0.3829-0.0688-0.3174-1.1901-0.19090.2750.4281-0.2392-0.1432-0.22230.15290.175835.1324364.9236-117.64
181.26381.52470.16151.84310.10972.0472-0.09650.13070.0549-0.0287-0.03440.104-0.1898-0.1030.13090.0551-0.0085-0.05250.05970.04760.064825.711347.4103-115.0445
197.8263.21465.69524.72752.20374.15-0.87230.69550.0741-0.88020.45410.2679-0.11350.59340.41820.1473-0.12730.01830.14790.0551-0.041730.9909345.3553-121.0622
205.75021.9831-1.65051.5784-2.41357.2332-0.72840.22860.4589-0.49530.24840.0824-0.21030.21350.480.1826-0.19380.0178-0.02080.06630.053435.3879355.326-117.1099
219.35211.13465.25092.19593.63937.32750.2354-0.3985-0.01990.0304-0.3253-0.09480.2109-0.22090.08990.0075-0.0337-0.02040.08940.01790.046532.0223345.6856-106.8594
224.4878-1.53730.748612.69323.50878.0915-0.37930.39480.0154-0.19280.385-0.0804-0.73230.8225-0.0057-0.0839-0.0939-0.04970.09590.04930.095938.0647351.0195-108.6592
2314.48490.8731.628910.37041.0427.54881.1284-0.07090.2709-0.1962-0.99411.0957-1.2267-0.594-0.1342-0.01280.2564-0.08050.0694-0.13520.121924.0376359.0724-100.3681
245.4383-2.139-6.54783.79123.619913.17530.0185-0.17670.095-0.1656-0.2382-0.4454-0.83880.03510.2197-0.0049-0.0285-0.07150.01980.06390.116335.9913355.7057-108.4738
258.8031-3.8905-2.16028.4921-10.643220.3908-0.03090.3633-0.136-0.65070.21510.25040.5116-0.7009-0.18420.0331-0.0394-0.02750.0778-0.03190.052847.5096366.354-97.6402
262.45314.1548-3.243121.36294.334111.0286-0.5123-0.70170.0346-0.52150.3241-1.13520.47891.03670.1882-0.14320.0988-0.03630.1410.01130.146958.4089364.6246-85.2384
272.0472-2.9003-0.26339.6983-2.75976.1632-0.2603-0.68670.29640.29590.4768-0.92370.23320.7314-0.2165-0.09290.112-0.19210.1414-0.05330.129255.7149369.1877-76.7831
280.7743-0.2704-0.42850.33990.5721.3818-0.1257-0.0791-0.1220.00130.0828-0.24890.07840.20850.04290.00260.00190.02130.08560.03080.114650.7282364.8585-89.8397
293.34821.1766-2.71551.9860.63074.6-0.3234-0.24830.09050.36930.3379-0.11880.6490.1715-0.01450.1280.1496-0.02160.06320.07460.033241.6403365.0749-72.2469
301.30620.5625-2.38082.5795-1.26894.3649-0.0511-0.08560.11680.02870.0669-0.19570.09520.0638-0.0157-0.04330.0199-0.01630.08790.03650.097945.5946373.0501-84.7242
315.32844.0551-3.27954.8244-3.99243.307-0.28980.1047-0.0578-0.13650.069-0.02730.1995-0.01250.2209-0.00340.00810.00340.1351-0.03270.083539.2615366.3854-87.3754
321.86582.86480.78049.01261.28591.3797-0.1584-0.1529-0.06950.28770.0376-0.02790.0120.01540.1207-0.02110.0160.02760.07660.01310.064437.1446366.3955-76.8458
332.9534-0.81760.35255.20084.32153.96780.04070.02270.24530.03980.0673-0.1280.071-0.0095-0.1080.0240.0189-0.00760.1075-0.01380.065641.1038382.2169-81.5778
341.1126-2.26442.01568.123-2.633914.6520.05240.26260.0380.2746-0.08110.42420.3138-0.45890.0287-0.08310.0121-0.00340.14370.00770.038333.4737377.5254-80.9445
3526.57960.9518-4.5153.50713.99939.9273-0.418-1.65710.44480.50950.8893-0.4198-0.04671.0179-0.47130.04750.0691-0.20990.1014-0.19610.021346.5416381.9876-68.4218
369.47084.8389-0.03512.77960.77833.3109-0.3917-0.68920.0032-0.15430.00630.1124-0.1726-0.27020.38540.03480.0231-0.01610.0915-0.0210.008336.6143375.4116-73.8171
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 72 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2AA8 - 249 - 25
3X-RAY DIFFRACTION3AA25 - 4026 - 41
4X-RAY DIFFRACTION4AA41 - 5642 - 57
5X-RAY DIFFRACTION5AA57 - 7058 - 71
6X-RAY DIFFRACTION6AA71 - 9472 - 95
7X-RAY DIFFRACTION7AA95 - 10396 - 104
8X-RAY DIFFRACTION8AA104 - 114105 - 115
9X-RAY DIFFRACTION9AA115 - 125116 - 126
10X-RAY DIFFRACTION10AA126 - 136127 - 137
11X-RAY DIFFRACTION11AA137 - 144138 - 145
12X-RAY DIFFRACTION12AA145 - 155146 - 156
13X-RAY DIFFRACTION13BB4 - 195 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14BB20 - 2721 - 28
15X-RAY DIFFRACTION15BB28 - 4429 - 45
16X-RAY DIFFRACTION16BB45 - 6046 - 61
17X-RAY DIFFRACTION17BB61 - 7062 - 71
18X-RAY DIFFRACTION18BB71 - 8772 - 88
19X-RAY DIFFRACTION19BB88 - 9689 - 97
20X-RAY DIFFRACTION20BB97 - 11698 - 117
21X-RAY DIFFRACTION21BB117 - 125118 - 126
22X-RAY DIFFRACTION22BB126 - 133127 - 134
23X-RAY DIFFRACTION23BB134 - 144135 - 145
24X-RAY DIFFRACTION24BB145 - 155146 - 156
25X-RAY DIFFRACTION25CC4 - 95 - 10
26X-RAY DIFFRACTION26CC10 - 2311 - 24
27X-RAY DIFFRACTION27CC24 - 4025 - 41
28X-RAY DIFFRACTION28CC41 - 5642 - 57
29X-RAY DIFFRACTION29CC57 - 6958 - 70
30X-RAY DIFFRACTION30CC70 - 8871 - 89
31X-RAY DIFFRACTION31CC89 - 9890 - 99
32X-RAY DIFFRACTION32CC99 - 114100 - 115
33X-RAY DIFFRACTION33CC115 - 124116 - 125
34X-RAY DIFFRACTION34CC125 - 131126 - 132
35X-RAY DIFFRACTION35CC132 - 144133 - 145
36X-RAY DIFFRACTION36CC145 - 155146 - 156

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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